HsaINT0188245 @ hg19
Intron Retention
Gene
NA
Description
NA
Coordinates
chr7:63505821-63529395:+
Coord C1 exon
chr7:63505821-63506002
Coord A exon
chr7:63506003-63529268
Coord C2 exon
chr7:63529269-63529395
Length
23266 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTGAGT
5' ss Score
10.13
3' ss Seq
AAATATGTTTTGTTTTTCAGCGA
3' ss Score
8.98
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
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Protein Impact
NonCoding
No structure available
Features
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Domain overlap (PFAM):
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A:
NA
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NA
Main Inclusion Isoform:
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NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
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(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)