HsaINT0188510 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000167766 | ZNF83
Description
zinc finger protein 83 [Source:HGNC Symbol;Acc:13158]
Coordinates
chr19:53117014-53138406:-
Coord C1 exon
chr19:53138319-53138406
Coord A exon
chr19:53118051-53138318
Coord C2 exon
chr19:53117014-53118050
Length
20268 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGA
5' ss Score
9.22
3' ss Seq
GGGATCCTTATATCTTGTAGGTA
3' ss Score
6.76
Exon sequences
Seq C1 exon
GATTGACTTCTAAGGACTCTTGGTACATGAGGAAGAAACCCGGAAGGGGAAGAGGAAAGCAAAGGCGTCAGGAATGGTTCTTCCTCAG
Seq A exon
GTGAGATGATATTCTCGGTGGATTGTTCTGTCTCTTTCCTTTCAGAAACCCTGGGCCTTGGAGTTGGGAATCTTCTCTGGGTCTCAAGAAGTGTCCTGCCTGACAGGTTTGCTCACACTCACCCATGCCTTCCCTCAGTCCCTCTCATCTCACTTAGATTCCATCTCTTGTGACCCAATCACATGAACTTGGGAAGAGGCTGCACTGGGCATGGTCCTGGTAAGGGCCCACACCCAGACATGGATGGAGACGGGGTGAGGGTCCCGTGGTGTCAGTGCTGTTGGGCAGCAGGGATTGTTCAGGGGCCACATCTGGATGCTCTGTCAACTCTCTGTGGACCAGGATTAGAGCAGCTGCCAATGGAAGTCACGTATTAATGTCCACGAAGTATGTGGTAAATTCTAGAAAAGGAGACAAATAAGGGGAAATCTTTTCTCCCTGATTTTATACTATATTTTTAGGTAATTTAGTGAGTTACTTTGTTTCTGACTCCAAAAATCTTACTAATTAGAATGGAAAGTTCATACACAGACATGCATGATACAAGGTGTTTTATTCCATCATTATTTTAAGAATAGGAAATCAACCTGAATAATAGCAGGAGATTCTTTAAACCATTCTTAGCACATTAAGCTCGTGGAGATTGTGGTGTTAAGAGGCTTCTGAAACAGGTGTTTTTGGTAAAAATAGTTACTATTTTTCTCAACTATGGGAGAAGCACTTTTGTATCCTAGAGGATGGAGCCATATTCTCATTCCACCTATTATTATTATTATTATTATTGTTGTTGCTTTGAGATGGAGTCTTGCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAACGGCCTGATCTTGGCTTACTGCAACCTCTGCCTTCTGAGTTCAAGTGATTCTCCTACCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGAGATTACAGGTACATGCCACCACACCCGGCTAATCTTTTTGTATTTTTAGTAGACACAGGGTTTCATCACGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAAGTCCTGACCTCAGGTGATCCTTCTGCCTCAGCCTCCTATAGTGCTGTGATTACAGGCGCGAGCCACGGTGCCCAGCCCCACCAATTAATAATGAATATATATTTTTATATTTGAACATCACATGATGTATATATTTGTTATTTATTTATTTATTTTGAGAGAGTTTCACTCTTGTTGCCCAGTCTGGAGTGCAATGGCGTGATCTTTGCTCACCGCAACCTCCACCTTTTGGGTTCAAGTGATTCGCCTTCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGTACTCCAGGCATGCGTCACCATGCCCGGCTAATTTTGTATTTTTAGAAGAAATGAGGTTTCTCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCCGACCTCAGGTGATCCGCCTGCCTTGGGCCTCCCGAAGTGCTGGAATTACAGGCATGAGCCACCACACCTGACCAATGAATATATTTGTTTTGTGGTAAAACTCTAAGCAAAGCTGCATCTTAGGCCCTTGGCCATAAAGCGTCTCCTTTCCCTGTCACATCCTCCACCCTCCTTCCAGCCTCACTGGGGAGCCGCTACTGTCAGTTCTGTGCCAGGTTATCAGAGCAAGTCTCGTACACGTGTATTTTTGCATCATTATGAGACTTTAGGAAAAAACGGCAGTAAATTAAAAGAAATTATATTTTTCATGCACGTCCGTGTGAAGAGACTACCAAACAGGCTTTGTGTGAGCAATAAAGCTGTTTATTTCACCTGGGTGCAGGTGGGCTGAGTCTGAAAAGAGAGTCAGCGAAGGGAGATGGGGTGGGGCCGTTTTATAGGATTTGGGTAGGTAAAGGAAAAAGGGGGGTTGTTCTCTGGTGGGCAGGGGTGGGGGCCACAAGGTGCCCAGTAGGGGAGCTTTTGAGCCAGGATGAGCCAGGAGAAGGAATTTCACAAGACGATGTCATCAGTTAAGGCAGGAACAGGCCATCTGGATGTGTATGTGCAGGTCACAGGGGATATGATGGCTTAGCTTGGGCTCAGAGGCCTGATATTCCTGTCTTCTTATATTAATAAGAAAAATAAAACGAAATAGTGGTAAAGTGTTGGGACGGTGAAAATTTTTGGGGGTGGTATGGAGAGAGAATGGACGATGTTTCTCTGGGCTGCTTCGAGCGGGATTAGGGGTGGCGTGGGAACCTAGAGTGGGAGAGACTAAGCTGAAGGAAGATTTTGTGGTAAGGGGTGATATTGTGGGGCTGTTGGAAGAAACATTTATCATTTAGAATTATTGGTGATGGCCTGGATACAGTTTTGTATGAATAGAAAAACTAAACGGAATAAGAGAAGGAGAAAAACAGGTATTAAAGGACTAAGAATTGGGAGGAACTACGACATCTAATACTAGAGAGTGCCTAAGGAGGTTCAGCATAGCCTTGCCAGTAAAGATTATTTATTTACTTTAAGAGTTAAGAGTGGCGGTTTGTGGACAGCACTAGGAGATATCAGCTGTGCTGGCTTGGAGAAACAGTGTAAACTGGCAGTGTAAAGAAGAGCAGGGCATTTATGAGTAGTTGACAAGGGTGAATAGGAGCATGACTAGACAGAAGATAGTAGGGATGACAAGTTTTTTGGGGCACAGTCCAAGTTGGTCTGGTGTCTGGAATGAGACTGGGGCCTAATAAAAAGGAGCTCAAATGGGCTGTACCTTGTAGCATTCTGAGGACAGGCCTGAATTCTGAGAAGCGAAAGTGGTAAAAGTATTGTCCAGTCCTTTTTAAGTTGGTGGCTGAGCTTGGTGAGGTGTGTTTTTAAAAGACTTTTAGTCCGTTCTACTTTTCTTGAAGATGGAGGACCATAAGGGTTCACTGAATACTAAGCCTGAAAAACTGCTTGGCTGATTTGACTAATAAAGTCTGGTCTGCTGTCAGACTGTATAGAGGTGGGAAGGCCAAACTGAGGAATTATGTCTGACAGAAGGGAAGAAATGACTGCAGTGGCCTTCTCAGACCCTGTAGGAAAGGCCTCTACCTATCCAGTGAAAGTATCTACCTAGACTAAGAGATATTTTAGTTCCTGACTCAGGGCACGTTGAGTAAAGCTAATTTGCCAGTCCTGGGTGGGGGCAAATCCTCGAGCTTGATGTGTAGGGAAGGGAGGGGGGCCTGAATAATCCCTGAGGAGTAGTAGAATAGCAGATGGAACACTGAGAAGTTATTTCCTTGAGGATAGATTTCCACGATGGAAAGGAAATGAGAGGTTCTAAGAGGCGGGCTAGTGGCTTGTACTATAGCATAGCCTGCCTTTGCTGGTGTGTGGCGATTAGGCCTGGTGGAACCGCCATCAATAAATCAAGCGTGATCAGGTGAAGAACAGGAAAGAAGGAAATATGGGGAAATGGTGTGAATGTCAGATGGATCAGAGAGATACAGTCATGAGGGTCAGGTGTGGTATCCAGAATAATGTGGGAGGCCGGATTGAAGTCCGGGCCAGGAACAATGGTAATTGTGGGACTTAACAAAGAGTGAGTGCAGCTGAAGGAGCCAGGGAGCAGAAAGTATATGCATCAGGTATGAGGAAGAAAATAGATTTTGGAAGTTATGAGAAATGTAGAGAGTAAGTTGAGCATAGTTTGTGATTTTGAGGGCCTCTAAAAGTATTAGGGCGGCAGCAGCTGCTGCACGCAGACATCATGGCCAGCCTAAAACAGTAAGGTCAAGTTGTTTGGACAGAAAGGCTACAGGGTGCCGTTCTGGCTCTTGTGTAAGAATTCTGACCACACTAACTATGCCTAGGAAGGAAAGGAGTTGTTGTTTTGTAAGGGATTGAGGTTTGGGAGATTAATTGGACACGATCAGCAGGGAGAGCACATGTGTTTTTATGAGAATTATGCTGAGATAGGTAACAGATGAGGAAGAAATTTGGGCTTGACTGAAGTAATGGGGGCTGTCTGTGAAGCCTTGCGGCAGTACAGCCCCAGGTAATTTGCTGAGCCTAATGGGTGTCAGGGTCAGTCCAAGTGAAAGCGAAGAGAGGCTGGGATGAAGGGTGCAAAGGAATAGTAAAGAAAGCATGTGTGAGATCCAGAACAGAATAATGGGTAGTAGAGGCAGGTACTGAGGATAGGAGAGTATATGGGTTTGGCACCATGGGGTGGATAGGCAAAACAATTTGGTTGATAAGGTGCAGATCCTGAACTAACCTATTAAGTCTTATCTGGTTTTAGGACAGGTAAAATGGGGGAGTTGTAAGGAGAGTTTATAGGCTTTAAAAGGCCATGCTGTAACAGGCGAGTGATAACAGGCTTTAATATTTTTAAAGCGTGCTGTGGGATGGGATACTGGCGTTGAGTGGGGTAAGGGTGATTAGGTTTTAATGGGATGGTAACGGGCATGTGAGCAGTTGCCAGGGAAGGAGTGGAGATGTCCCATACTTGTGGGTTAAGGTGGGGGGATACGAGAGGAGGATGCGAAGGAAGCTTTGGGTTGGGGAGAAGGGCAGCAGTGAGATGCGGCTGTAGTCCAGGAATAGTCAGGGAAGCAGATAATTTGGTTAAAATATCTCAGCCTAACAAGGGAACTGGGCAGGTGGGGATAACTAAAAAAGAGTGCATAAAAGAGTGTTGTCCAAGTTGGCACCAGAGTGGGGGAGTTTTAAGAGGCTTAGAAGCCTGGCTGTCAATACCCACAACAGTTATGGAGGCAAGAGAAACAGGCCCTTGAAAAGAAGGTAATGTGGAGTGGGTAGCCTCCGTATTGATTAAGAAGGGGACAGACTGACTTTCCACTGTGAGAGTTACTTAGAGCATCTGTGATGGTCCTGTAGGCTTCCGAGGCGATCGGGCAGTGTCAGTCTTCAGCCACTAAGCCAAGAAGATCTGGGAAGGAGTCAGTCAGAGAGCCATGGGCCAGCGTTCCAGGGGCTCTGGGAGTGGTTGCCAAGTGAGTTGAACGGTCCGATTTTCAGTGGGGTCCCACACAGATGGGACACGGCTTAGGAGGAATCCTGGGCTGCGGGCATTCCTTGGCCCAGTG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Seq C2 exon
GTATTTTTTCTAAATGTGAGATCAAGGAATTACCACCAAAAAAGGAGAGTAATACAGGAGAAATATTCCAGACAGTAATGTTGGAAAGACATGAAAGCCACGACATACAAGATTTTTGCTTCAGAGAAACCCAGAAAAATGTACATGACTCTCAGTGTCTGTGGAAACATGATTGAAGACATTATAAGCGAGTGCGTGTGACCTATAAGGAAAGTCTCATTGGTAGAAGAGACATGCATGGGAGAAAGGATGATGCACAAAAGCAGCCTGTTAAAAATCAGCTTGGATTAAACCCGCAGTCACATCTACCAGAACTGCAGCTATTTCAAGCTGAAGGGAAAATATATAAATATGATCACATGGAAAAATCTGTCAACAGTAGTTCCTTAGTTTCCCCACCCCAACGTATTTCTTCTACTGTCAAAACCCACATTTCTCATACATATGAATGTAATTTTGTGGATTCATTATTCACACAAAAAGAGAAAGCAAATATTGGGACAGAACACTACAAATGTAGTGAGCGTGGCAAGGCCTTTCATCAAGGCTTACATTTTACTATACATCAAATAATCCATACTAAAGAGACGCAATTTAAATGTGATATATGTGGCAAGATCTTCAATAAAAAATCAAACCTTGCAAGTCATCAAAGAATTCATACTGGAGAGAAGCCATATAAATGTAATGAATGTGGCAAGGTCTTCCATAATATGTCACACCTTGCACAGCATCGCAGGATTCATACTGGAGAGAAACCATATAAATGTAATGAATGTGGCAAGGTCTTTAATCAAATTTCACACCTTGCACAACATCAAAGAATTCATACCGGAGAGAAACCTTATAAATGTAATGAATGTGGAAAGGTCTTCCATCAAATTTCACACCTTGCACAACATCGGACAATTCATACTGGAGAAAAACCTTACGAATGTAACAAATGTGGCAAGGTGTTCAGTCGCAATTCCTACCTTGTACAACATCTGATCATTCATACTGGAGAGAAACCTTACAGATGTAATGTATGTGGAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000167766-ZNF83:NM_001105554:2
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.138
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=9.7),PF0013017=C1_1=WD(100=20.9),PF0172213=BolA=WD(100=18.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=9.7),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=9.7),PF0013017=C1_1=WD(100=20.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=9.7),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=9.7),PF134651=zf-H2C2_2=PU(80.8=7.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)