HsaINT1000070 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000179869 | ABCA13
Description
ATP binding cassette subfamily A member 13 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:14638]
Coordinates
chr7:48171460-48193052:+
Coord C1 exon
chr7:48171460-48171552
Coord A exon
chr7:48171553-48192958
Coord C2 exon
chr7:48192959-48193052
Length
21406 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCGGTGAGT
5' ss Score
10.9
3' ss Seq
TTTTTTTTTTAATTTTCTAGGTC
3' ss Score
12.23
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTCCTTTTCCTTGCTGAATTCTTCTGGCCTTGTATCCTGTTTGTAATTCTGACAGTTCTTCGTTTTCAAGAACCTCCCAGATACAGAGACATTT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000179869:ENST00000435803:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0106119=ABC2_membrane=PU(35.4=73.9)
A:
NA
C2:
PF0106119=ABC2_membrane=PD(60.4=90.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains