Special

HsaINT1001460 @ hg38

Intron Retention

Gene
ENSG00000226797 | AC015923.1
Description
NA
Coordinates
chr17:63387989-63414312:-
Coord C1 exon
chr17:63414154-63414312
Coord A exon
chr17:63388089-63414153
Coord C2 exon
chr17:63387989-63388088
Length
26065 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACTGTGAGT
5' ss Score
7.94
3' ss Seq
ATTGTTCCTTTTGATTACAGGCC
3' ss Score
7.23
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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TTGGTAGATAATGTAAAATATCTCCTTTACATAAATGGCATAGTAACTAGAGCAATTGCCTCCTATACTGTAGTGCTGAACATAGTCTCTACGAAGTGAGCTCTTGGTCAGAAAAGCTCCTACCAAGACAAAGGCTACCTGAGATCAATTTACTCTTTGGAACCAGCAGGACCTGATCCCATATGTCAGAGTCAGCTTATAGAAGTTAAGAGGACAATGGAGCTAGTCTCTAATTTATAGAATAAAATTTAACAATTTAAAATATATTAAATTATCAATAAAAGGCTAATAAGAAAGACAAGTCAAAGATCAACTAAATAGCTACTTAATGTCCTTCTAGTTTTATTTTTTCATAGTTAATTCCTTATCATATTTATAATTTCTTTATAAATTTACCTTTATATTTGGAGTGTAGAGATTTCGTAAAGACGCCAGTGCCATGGAAAGACCTTCTGTGCTATAAGAGATCCAGAGACCTTGGAGGATGGAGGATGATACACCAACTTTTTTACTCAAACCCTGAATAAGAAATACAGACAATTAAATTAGTAGCCCAGCAAAAAAAAGTAGCATCAGTGGTGAATTAGTGGCCTCTTTGTTTTTGGTACTAATGAATGAGAGCGGAGTCTCACCCTAACAATGTTCATGCCAAGCAAAGCCTAGGTGGGGGGACAAAGACCAGTCCTGCAGGAACAAGCTAACTGAAACAGTCTCCATCTCTGCAGCCCTTAGCAACACGTCTACTCAACACCTCTCTTTTCTATCTGGATATAATTTATTTTTCCATATCTTTTTTATTAGCCTTCTTCAATAAATCTCTTAAATTCAAGTTACTAAATTACACACTGTGGCAGAAATAATGCAATGTGATCACGGATTTCCATTTCATTTTCTTCCTGAACATTTGGAAAAACTCTATTTCCCAGGCTCCTTTACAGTTAGGTAGGCCATGTGACTGAATTCTGGTGAATAAAATTAGGGCATAAATAATATGTCATGTCCAGGCTTGGCTCCAAAACTTCCTGCATATTTCTCTACACTTTCTATTGTTCCTTTTGATTACAG
Seq C2 exon
GCCAGATGTAGAAGATCCAATGGAGAATTCTGAGGCCCAAGGTGATTTTAGAACTACTACACGGAAGGAGCCTGCCCAGACATCTGCACTGTACTGTGAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000226797:ENST00000431604:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

NonCoding

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):

C1:
NA
A:
NA
C2:
NA


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:
NA


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
NA
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains