HsaINT1012916 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000188107 | EYS
Description
eyes shut homolog (Drosophila) [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:21555]
Coordinates
chr6:63720136-63726680:-
Coord C1 exon
chr6:63726519-63726680
Coord A exon
chr6:63721798-63726518
Coord C2 exon
chr6:63720136-63721797
Length
4721 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
5' ss Score
10.77
3' ss Seq
TACTGTTTGCTTTCTTGCAGGTG
3' ss Score
11.48
Exon sequences
Seq C1 exon
CTTTATCCATAAGTGATCCATCTTTCAGAAGCAATGAGTTATCCTGGATGTCTTTTGCTTCCTTTCATGTTCGAAAAAAGACACATATTCAATTGCAGTTTCAGCCTCTCGCTGCAGATGGTATCCTATTTTATGCTGCACAACACTTAAAAGCCCAATCAG
Seq A exon
GTAAGATTGGCAGGCTGTTTGTTTGCAGAATGAATTCCTAATAGTCTATTAAGTAATGTATGATAGTGTTTGTGTCACCTAGTATTTAAATATGTAAACATTTGATGCTTTTATGTTCTATTGTCACTGCAAGTGTATGCGTATGAATTTAGAAGCCCTAGATATTCTAATAAAATAGCAACAGATTTGTTGGAATTAAAGTTTGCAAAATCTAAATATAGTATATGCTCAACTTAAAAACAATACCATCAAAAAAGACATTAAAGCCATGCACGATAGTACTATGTCAAAGGAGACAAAATATGCATATAAAAGATTTTTTAAAAGGAAGGCATGGCTGATACATTTCCTGTAGATTCAACCACATTTATAGCTCCAAAAATTCTCTTTAAGTTGTTCTGTCATCCAAACAGTAAACCCAGGATTTGTGTTCTGAAATGCTTACAAAAACATTTTAGGATTTTAAAAGGTACATATTTATCATAAAATATGAAATAAAGTATCCAATTAGTGTTTTAAAATTTAATTTTTTAGGTTTTACTTTACCCTTGATATCCATTTTCATTCATTTCTCCAAAATTCTGACAAAGACATCTGCACATATAGTTACATCTCTATTGCTAAGTATTTTTAAAATCTTACATTTGACTTTCTTTGATCTTGTCTCTCAGAAAATGAGAAACAATTTTGATATTGAGAAATAATTACATTTGCTAAATTTCACATCATTAGCAAAAATGGTGCTCTAATGATCATAATCTAAGTAGTTCTTATAGAAGTGTCTTGACTTGCTTCTAAATGATAAGAATATCAGGGAATTCGACCAAAGTGGTTCCACCTCAATGCACTTCTGAAATACCCTCAAAATAATTTCAAAGAGAAAAAGTACAATTGAGCTATAAAATACAGCTCAGAAGAAATTTGTTCTCCTGAGATATTTGGTTTTAAATTCATGATTAAATCTCCCTGTGAAAATGTCAAATAGGAGAACCACATACAAACATAAATTTTCTATTTATAAATCAAGAGACATTAAAAGACAATCAGCTTCAGTTATATTGCTAATAAAACTCAAAATTAATGTTAAGTGGGACCTATGTAAGAGGGCAGAAAATCAAGGTATATTCAGGATTGTGACTGGCTGGGAATATTGTACTACAGTTTTATAATCAGTACAACGATACATATTTGTTTGTGTATATGAAATATAAAGCTCATACACACTAATACACATAGGAGGGCAAGAGCACATCTTCTTACATCTGTTATTCAATGCATGTAGTTCAAGACAATCAAGAGTTTCCTTTTTTATGCCATCAGACACTACTTACAGAGATTCATTAGTTTCACACGATTGATGCTGCATTTGACACTTATATAAGAAAATCATGAAAATTTTTAAATATTAAAAATATAAGTTCTACATGCTTAAACCTAGATTAACCAAAAACAATTATCAGATGAAAGGCATAAACTTATTTTTTAGTAATCAAGTGATATAACAAGTTTATTTGAAGTCTCTCATTTATTTAAGGTTGCAGAAAATGCAGCTGACAGTCCTGTACTTTGTACCTTCTCTAAGAACTGTGCCTGATGTAAACATTAACCAAGTCTTCATAGTTGATCCTCTGCTAAGAGGACCTATTAGTAAAAACTAACCAAACAATACACAAAGTTAAAATCCAAAAATTTTAATAAAAGCAGCCAATGTGGTTTTCACATATTGAAAACCAAATTCTAAATTAACATGGTTTCTGTATCTCTTTAGAGGTTAATAATTTGAGTACTCTCAAGTAGTGTAAAATTTAAAACAAAATGATAACTTGAAAATTATACTAGATGATCTCAGATCTCTGATTTTTGAAAGATATTTTAAAGAAATAAGACTCTGGTCCCTTTTCATCTATTTCTGCTAAAAATTTAACACCTTTAAAAGATTTTTGATATATAAAAATTATCAACATTTTGTTAAGCACAAATTAATCAAAGCCTGAATTCATCTGATATAGTTATAATCCTCCCAACGTGTATAAAAAGGCCTAGTCATTGCAATGTGAAGTTAAAACATACTCAAATAATTAAACTATATTAAAAATATATAAATAAGTTTAAATTACCATTGCTTTCCTTTTCTACAGAAAAAAATGTATATACAATTCCCCTGATATGCTGATTCTGTAGTCTCTTCACAAATATTAGGTCCTACAAGGTTTCTCTTATCTATAATAAAGCACGGTGGGATAGCAGATGATGAGGTAGAAACAATAGCAGAACAAAGGTGGGAGAAGCCTCAGCCATGGTTGAGTGGGCATTAAATAGCCAAAGTGAATTCATTTATGATCTTTATCCTATTTGAGCTCTGTTTCTTGTAAGGACTGTTCATTACATTTTCTTACTCTAATGCGAATCCAAGGCCAGGTGCAGTGGCATATGCCTGTAATCCCACCACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGCGGATCACCTGAAGTCAGGAGGTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTAAAACCTCGCTCTACCCAAAATACAAAAATTAGCCGGCCGTGATGGCCAGTGCCTGTAGTCCCAGATACTCGGGAAACTGAGGCAGCCCGGGAGATGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATTGCACCATTGCACTCCAGCTTGGGGGACAGAGCAGGACTCTGGTCTCAAAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATGCCAATGTGTACTTATGACCCATAACTAGAGCATCATATCCTAACGCAATGAAATTTAAAAGTCTATGATTTTTTAAGCTAATACAGCTTTTAGCTTCCATAGCCACAGAAAGAAAACTTTTTGTCAATTTTTCGTAAGAACATACTAGCTGAGTTAAAATAATCCTTTCTTCGCAGAAGCTATCCTTGCTCTTTCTTCTGGTTGGCAACATGACCAGTGATAGTATAGATCACAGCTTCAGCTTTCCTAATCATTTCTTAGATATTTTTTATTCTAATGTAGCTCTTCACTATAAAATTGTTTACTACAGGAACACTCTACAACACAAGGAGCAAGAAAAGCTTCCTCCATAATCTTGCAAAAGATAACTGGTTTGTGTTCACTTGCAGGCCACAAAGTATATTTAGGTTGCTATAAATTTTTTGAACTTAATTATCAATTATGTTTACTTGTTCCAGTTTTTGGTGGTATAACCCAATGTATATTTTTTCTTTCCTAATCTGAAAGTTTATAATGTTGCTTCTCTTTCCTTATAGTTAAAAATGCTATACATGTTAGAAATTATGCAAATAAACTGAGTTTCTTTGTTATGAATTTTTAAAACAATTTTCATGTCATTATAGGAAAAAAGTTTTTGCTTTCAAGCTAAAACTATTATTTGAGAAATATTCTGAGTCATCTCAACCCACAACCCTACAAACGTATTTCTTTATTTAATAATTATTTAGCATCTATTTATGGGCCAGATACCGTTTTGGGTGCTGGGAATCAACTGTTGGACCAAACCAAACACAGACCCTGTTCTCATAAAGCTTACAACCTAGTGGATAAAGCAGCTGTTAACCAAATATCACATATGTAACGACATAGTATACTCACTAAAAATTCCCTATGAGGAAAATAAAGCTAGAGAACGTAGTTTGATAGGTGAAGAACTATAGAGCTGCCAAACATTCCAACCAGTCTAGAATGGCTTGGTATAGACCACAATGGAGAATAGAAGGAAAGAACACCATTTGCAGGAGGGAGGTGTGGAAATAGGCACTCTGGAGGGAGGAAGAAGTAGTGTAGCATAATGCCGAATATCCCTGGATGAGAAAAGAAAAAGGTTGGGAAATTTCAGAGGGAGAAGAAAATGTTTCGTGGAGACTTCTGCGTGGTTCATTATTAATAAGTCATTTTGCTATCCTCTTCAAGCAATCTTACAGTGAAGAACATGCTTTTTCCAAGCTTGCAGAATTGCCTTTACTTTTCTTCTGAATGCCTCATTGCAACTTCAGATGCTGGATGGTATTTGTTCCTATTTCTTCACACGACTATATAATTATAAAATGAGATATACTGTAATGGAGGGAAACCTAGTGATATTAAGGCACTGACAGAAAAAAATTCCTGACCAGCTCTGGGAAATCAAGGAAAACTTCTCTGAGGAAGTGACACTTGATCTGAAACCTGAAGGACAGGTAGGAGTTATCTAGTTGAGGTGGAATGGGGTGGCGGAGTGTTCCTAGAAAACAGGCGAATGAAATCCTTAATTAACAAAGTCAGTGTTGTTGAAGTAAAGAGAGTGTAAGGATGGGGAAAGAGAACATTCCAGGTAAGGTTGGAGAGACAGGAAAGGAGCCAGGAATGTGCAGAGAATTTATAGGTACCTAGCCTGACAATAGTGAATGCCATTAAATGGTATCATAAGGAACAGGCTTTCATTTGAAGAAAAACCTCACTTTAACTTACTACCACAATATATTCATTCAATGAGAACTGTCCACAACTAGAGAAAATTTATGTAGCCAATTGCTGAACAAAATGAAAGAATACAGGATATATGCATTTTGCTCTGTGAGTGGAAACAAAACTAACACAATTGTGCTCAAGATCTGTTACTTTTTTCCCCATAACTAAAACTTATCCAACTTGGCCAGAAACAGCAAAAGTTTTCAATGGAAACTTTTACTGTTGCTAATCAAACTTACTGTTTGCTTTCTTGCAG
Seq C2 exon
GTGATTTTTTATGCATCTCTTTAGTAAATAGTTCCGTTCAACTTCGCTACAACCTTGGCGACAGAACTATCATTCTAGAAACTCTCCAAAAAGTAACTATAAACGGAAGTACTTGGCATATAATAAAAGCAGGAAGAGTTGGTGCAGAAGGCTACCTGGATCTAGATGGGATAAATGTAACAGAAAAGGCCTCCACTAAAATGAGTTCTCTGGACACAAATACAGACTTCTATATTGGAGGAGTATCTTCTTTAAATCTTGTAAATCCCATGGCAATAGAAAATGAACCTGTAGGTTTTCAAGGCTGTATCCGACAAGTTATCATAAATAATCAAGAATTACAATTAACTGAATTTGGAGCAAAAGGTGGCTCAAATGTAGGTGACTGTGATGGGACAGCCTGTGGGTACAACACATGCAGAAATGGAGGTGAATGTACAGTAAATGGCACAACTTTTTCTTGCAGATGTTTGCCAGATTGGGCTGGAAATACATGTAACCAGTCTGTGTCCTGTTTGAATAATCTTTGCCTCCACCAATCTTTATGTATACCTGACCAATCATTTTCTTACAGTTGCCTGTGTACTTTGGGTTGGGTGGGAAGGTATTGTGAAAACAAAACTTCATTTTCAACTGCAAAATTTATGGGTAATTCTTACATTAAATACATTGATCCAAATTATAGAATGAGAAACCTCCAGTTCACTACTATATCCTTAAATTTCAGTACCACTAAAACAGAAGGTCTAATTGTATGGATGGGAATAGCTCAAAATGAAGAAAATGATTTTCTGGCAATTGGTCTCCATAATCAGACCTTGAAAATAGCAGTTAACTTGGGAGAAAGAATCTCTGTGCCTATGAGCTATAACAATGGCACATTCTGTTGTAATAAATGGCACCATGTAGTTGTAATTCAAAATCAGACTCTTATCAAGGCCTACATAAATAACAGTCTAATTCTTTCCGAGGATATTGATCCACATAAAAACTTTGTGGCTCTAAACTATGATGGCATTTGTTATCTAGGGGGCTTTGAATATGGTAGAAAGGTAAATATCGTTACTCAAGAGATTTTTAAAACCAATTTTGTTGGCAAAATTAAAGATGTTGTATTTTTTCAGGAACCAAAAAACATTGAACTAATTAAATTAGAAGGATACAATGTTTATGATGGAGATGAACAAAATGAGGTTACATAAGTTAACACTAGAGATTTTAGTACACACTATACATAAATGCAGTTATTTTGATAGTTATTTCTTTGATACATTGCTTACGGGGAATCAACTGTTTACTATATTACCTGAAATAGTCTAAATGCTAACATATCTTTTTGATAAGATTGTAAAATGTCACTGAAGGTTCTGATTGTTTTTCCTACATCTAATTTATCTGTATATATTTTGATTCATGTTTTAACTCCATTAGTTCAGTGCTTATTCACAGAATGTGCTTATTCACTTTGCTTATTCACTTTTTACCTATCCCTAATGCTTACATTTTAAAATCAACGTGTAAACACAATTTTAAAAATCAATGTGTAAGCTGAACTTTAAAATGTTTAAAATTCAGTTGGGAATGAATTAGGGATAGGTACAAATAAGAAAAAAATCAAGTTATTAATCAAAGGAAAAATAAAAATTATACAAAGCAATGTAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000188107:ENST00000370621:43
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0005418=Laminin_G_1=PU(15.4=38.2)
A:
NA
C2:
PF0005418=Laminin_G_1=PD(83.8=28.4),PF0221019=Laminin_G_2=WD(100=33.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains