HsaINT1015434 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000019991 | HGF
Description
hepatocyte growth factor [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:4893]
Coordinates
chr7:81745000-81752262:-
Coord C1 exon
chr7:81752120-81752262
Coord A exon
chr7:81745121-81752119
Coord C2 exon
chr7:81745000-81745120
Length
6999 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAT
5' ss Score
8.88
3' ss Seq
CCATACTTTAATTTTATTAGTTG
3' ss Score
3.23
Exon sequences
Seq C1 exon
CTTTTTGCCTTCGAGCTATCGGGGTAAAGACCTACAGGAAAACTACTGTCGAAATCCTCGAGGGGAAGAAGGGGGACCCTGGTGTTTCACAAGCAATCCAGAGGTACGCTACGAAGTCTGTGACATTCCTCAGTGTTCAGAAG
Seq A exon
GTAAATAAACCTGAATGCCATGTGGGCCATTCTATTCCCCCTATGTGTAGAACTGTAACTCACATTAAAGGTTAACAGCAACGAATCAATCATAACAAATATGTTGTTCGTGCAAATGCAACTACAAATAATTATTTAAACATTTTTATACAATGTTTTTAAAACTGTTGGATTATCACCAGATTAATGCAAAATAACAGAGCGAGTTATCAGTTTGAATTTCAACACTGCCTGAGACATCCCTCTGGGGAAAGTGAAAGAGAGGGTTTACTTACCTACTGTCTTGAGCTCACATACCTCAAAATCTACTACTGTGTGGCACCTGAAAGGAGTTGAATGAAGCTTAGCCTTTCATTAGCAATGTTAATTCTATTCAACCAGCACCTGCTTCCACAGAAATTCTGTCCAAACTATCATGAAGTGGTGTGACAAGGGTATATGGACCCAGAAGATAATACAATATAAGAAGGGATCACTGGAAGCTTGACCCCATGCACATTTTGGTGAAAATGTGCCTAGAATCAAATGTGACACGTAGGCTGGAACTGAGTACCATTCAGAATAGGATCTGAAGAGATCAAAGCAATGGAGACCACCAAACTGTCTTGAAGGCATGTCTATGGACCTTAAGTCCATGTCTATGTTTTCAGCTCTTCTCACAGCATAAAAGGGCATTGTCCTTACTTTTGCAGTGGAAAACTGAATGGCTGACAAGATGGAAGAGTAACCATTTCAGCATTGTATGTGGTTTCATTTTTCTTAGTTATCTGGCTACTGAATAGCCGGATTTTTCAGTTCTGTCAGAAACTCTAAATTTCCAAAAATCTAAGTGAAACATGGATGAAACTCTGTTAGAAAATTGTTAGGATTTTGGAGTATTTGGGGAGGGGGACTACTGGAATGCTGTCCAAGTTTTATACTAAGATATCTTACCTGTTTGTTATTAACCAAATATTTTTAAAAATATTTCCTCCATAAATATTCATTTAATATTAGGTTGATATTTATCACATAAAAAGTAAAGGCTACTGTTAGCTAATTGTCACAGAGAAGGATTTGTTTTCTGTTGTTAGTGAATTTGAAATCCTTGACTTTATGTGCTACAGCCAGTTCCATCTCTGTTTGTAAATTCTTACTTTCCATTCCATATCATATTCTGTTCCCTATAACCTCTTCATTGTTTTCTTTTCTTTTAAAAATAATAAACTTTTCTATGATCACGTTTTGAACAAGTCTGTTTTGTATGAATAAGTCTGAACGAATTAATATTTGTCTTAAACTTGCACATGGAAGAAAAAAAACCCTACTTTTAGGGGAATCTCTCCTATTACAGTTTTCTGAGGTTGAAAATCATTGACAAGGGGTTTTGTTTGACCTGAAAACGTGTTTTCAAAGGCCGGTACCTTGGCCAAACTTTAAACAGCTTACTATTTTCGTTACCTGCCTGGTTCTTGTGAGAATATGATTTTTCCACTACGGGTTTATAAGGAAAACATTCATCAAAATATACTTACTTAACATAGGACTGGACTGCTAGGCGACATAGATTAAAAGTGCTAGAAAAGAAGTCCTTGAATAAATCCTATTTTCAGTTATTCTTATCTCATTAGAATGTAACTGTCTAGTATCTTTAATAATTTGAGATCATCACACCTCCCTTAGAAAAGGGCATTGCTCGTTGGTATTAATGGCACATGATGCTATTGGTCACCGCGGCACCAAAGGTTGCAGACATGTTCTTTCTGGAAATAATTAGTGGCCTGGCAATAGTGGAATAACTCTCCTGTGGGAGAAGGGAACCAACATCTGCCCTGTAGGTTAAACATATTTTGGAGACTATGAGTTAAACTGTGATATTTTAAATTCCAGCTAACACAAGCAATGTGTTAGCAGGATTTTAATGAAAAAGATCCAAAATAAGAAGCATTGTCAAAACATTGGCAGAGAAAAAGAGTGACTTATAAAATCAATAATATAAAATATACAAAATAATGTGACATGATATAAATTTCTTCTAAAATACATATAAGGGGGAAACCTCAAAATCCAGAATGCTTAAGTTGTATAATAGATGGGCCATTTCTATCCATGGATACAAATTAAATGGTAAGTTATAAAGGTTATTTTATTATGGCTAAGGTAGCAACTATAAAGTCATTTTGCATATTTAAAATTAAACAAGAAAAACACCCATAATCAAACTTTAGACTGTTCAAATGAAAAAGACATATAGAACAGTATATATTTTTTGAAATTTTTGTAATTATGCTTAAAACTTGGCTATATAATCACCTGAAATTTGTTTAAAATTAAAAGAATTGTATCTGATAGTCAATGATTAATATTATTTTCTTATAATTTAAAACTTGAAAATATAGTCAATATTCCAAAAGAAAACAAATATTCGTCTATCACATTTATCACCTTCCAGTTAGATAAGAGGAATAAGTTCAATAGATCTATTGTGTGAATGGTGACTATAGATAATAATATTATATTGTACATTTAAAAAATGCTAAGAGACTAGATGTTAAATGTTCTTACCACAAAATTGCTATGTGAAGTAATGCATATGTTAACTAGTTTGATTTAGTCCACTGACAATGTATATATGCTTCAAAACATCATGTCGTACATAATATGTAGACTTTTATTGGACAGTTTTAAGAAAGAACCTTATAGAGTTATACAGAGAAAATAATTAGTGCTTGATTCAAAAGTTTTAGAAAGTTGAGGTATGCAAAATCCATTTTCTTGCTTTAGCGTTTGCTTGAAATTTAAAATAAAACAATCATTGGTCATTGGAACAGATGTCATTTCTAATGATTGTCAAATGATCAAGTAAATATATTTTAATTAAGCCATAATCATTATTTTAAAAAATACAATACATTTAAAATCCCACATAATACTGACATAAGTTTATGTGTATAATTCGATACTCTGTGTGAAGACTTTTAAAAACAAAGATTAAATGGCAAGTTACAAAGATTAAATGGCAACTCATAATTTATTTGACAAACTTTTATTTATATATGTTAATTTGTGAGACTATTTATATTTTAAACATTCAGTTTTGTTGAAGTAATCACCTGTATGGATTTTTCTGAGACTGTCTTTAATGGAATAAAACAAACACTAATTAAAAATAGATTCAGATACTTTCAAAATAACTCTTTTAGTCTGTATACTCATATCACTCCTGTTTTATGACGGAGAAAAATGAAACACATTTTTAAAGTTTGGTTGGTTAGTATGATGAGAAAGCTGTTAAATTAATCCTCTGTGTTTTCTAATTCATATACAGTTTTTGTAGTATTCTACTATTATTCAGTCCAGAACTGTACTTAGAACAAATATTGAACCGATGAACAGAAACCATTACTCTGTGAGTTTTTGTGATCTATCTAGGGCAGTAGTTAGCTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTAGAGGAGAACTTGCTGGAGCAGGTAAATAATGTACTGACAGCAATAGACAGAGCCAAAGGGCACTCCTACATATAAACTGTTACATCGTTTATATGTTCACCTGTTTCCTTGAATACATGGACTTGGTTTCACCTGAACTGCTTGACTTTAAGAAAAATTAGAAGAATCTGAGAATTCCCAAAGCTTGAAAAGTGAATATGAGTTAAAAATTTGGCTTTCTTGAGATAATTCTTATGACTAACTTGATGGCTTGATTCCGTGGTAAAACAGCCAACTTTTCAGCCATTGACTTTGGATAAGGTGTCCAATCTAGTTACATTCCCATGCACTTTCCCTGCAATTCCTCCAATAGATGAGACTTCAACAGGAGAGCAAGTTAACTGTTGTAAACAAAAAAGCAGAGGGCAATGAGGACAATGTTGAAAAGGGTAGGGATACCAACTTTCTAAAGTTATTGCTATCAGTATATCATAAAGTATAACCAGTTAGAATATGTAGGAAATAAGTTAAAATATATAAAACAAAAAGGCAGTTTGGGATAATGCAAAAAAAATACTAAGACTATGGGTCAGAAGATTTGTGTTCCTGGCTCAGGTTTAACATTTTGTGTTTTAGGTAAGTCTCTTAAAACTTTTGTGAGACTTGTTTTCCTCACTGTAAGAATCAGATGATACTTTTCATGTTTTCATATTTATTTGTTTGTTTTTGTTTTTTGTTTTTTGTTTTTTAGACAGAGTCTTGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGGTGCAGTGGCACCATCTCGGCTCAGTGCAGCCTCCACCTCCTGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTTCCAAGTAGCTGGGACTACAGGCACGCACCACCAGACCCAAGGTGGTCTCAAACTCCTGACCTCAGGCAATCTGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTGCAGGCTTGAGCCACTGCACCTGGCCTATACCTTTTATGTTAAAAGTATGGTATAAACAATCAAATAATATGTAACTGTAATATATTTAAGTATCTCAATTCAATCATGGCATGTTTAATTCCCACCCCAACAATAACTTTCATTGCTTTCTAAAATGTAACATTATTCTTGCTAACTTTTATTTATTTATTTTTAGGCCCACAACTGCAATCATAACTCTCTCTTCCCTTTACTATCAACATAGTATACTTATGCTTCTGATTTTATGTTATTTTGTCCCTTTATAATTTATCCAACTCTCATCTATTCAAGATCCTAGTAAAATCTAGTCTCTCTTATAAAACTATTACGGCCAAATACTTAGAACTTCTTTTTTTTATTTTTTGAGACGGAGTCTCGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCCATCTCGGCTCACTGCAAGCTCCATCTCCCGGGTTCACGCCATTCTCCTGCATCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGTGCCCACCACCACACCTGATTAATTTTTTTATATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCG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Seq C2 exon
TTGAATGCATGACCTGCAATGGGGAGAGTTATCGAGGTCTCATGGATCATACAGAATCAGGCAAGATTTGTCAGCGCTGGGATCATCAGACACCACACCGGCACAAATTCTTGCCTGAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000019991:ENST00000222390:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.059
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0005113=Kringle=PD(57.0=91.8)
A:
NA
C2:
PF0005113=Kringle=PU(48.7=92.7)
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains