HsaINT1022512 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000238133 | MAP3K20-AS1
Description
MAP3K20 antisense RNA 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:27935]
Coordinates
chr2:173197712-173207658:-
Coord C1 exon
chr2:173207547-173207658
Coord A exon
chr2:173198825-173207546
Coord C2 exon
chr2:173197712-173198824
Length
8722 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTAAGA
5' ss Score
9.21
3' ss Seq
TACCATGTTCTCTGATGTAGGCT
3' ss Score
9.09
Exon sequences
Seq C1 exon
GTAAGGACCACAAGTCTCAGAAGAGTAGGAAGTGCCCAGCATCACACAGGAAGCAAGTTACAGAACCAAGGGCTCTGTTCATAAACTGTTCAACATCTTTTATCACATAAGG
Seq A exon
GTAAGATACTACTTCCTATTGAACTTATGACTTCAACTTACTATTATTATTTGTGGAGACGGCGTCTTGCTCCATTGCCCAGGCAGGAGTGCAGTGGTGCAATCTCGGCTCAGTGCAACCTCTGCCTCCCAGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGACTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGAACGCGCCACCACGCCCAGCTAATCTTTTGTATTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACTGTGTTGCCTGGCTGGTGTCCAACTCCTGAGCTCAGGCAATCTGCCTGTCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACAGACGTGAGCCACTGCACGAGACCAACTTATTTTTTTCCCTATTTAGAAATGTCATTTTAGGACCTGAACCAATACCCACCTTTCCTTTTTTTCTCCTTCTCTTCAATAAAATATTTTGAGCACCTGTTGTAAGCCACTAGAAGGACTTGACATTTACCTAATATCAGCTTTCTCTTGCATACATCACCACCCCGCCCCCGACCCTCATTGCAAAAGAACAGCAGTTCTATAGGTGGGCTGAATATTTTAATCTAGATGTTTGTTAATACTCTAAAAATTTAAGGACTTAAAAAAAAAAAAAAAGAAAGTACTTTATTGCTCTACATATGTGCATAGGACTGGCACTAACTTCTGGTTGAATTGCTACGTATTTCTAGCCAGAAAATGGATGTACCACTCAGGAAATTTACTGTGGTCTGGCTACTTCAGGCAACAACAAATTTGGCATCCACTTTCCAAATTGATGTAATGTGCAATAGGCAAATACATGTAACAATTACCTCTACACCCTTATAAAGCTTGCCGTCCATCTAGGAAGAAAATATGTCTTTAAAAATACAGCTGTACCAGGTAAGGCCCAGACTGTGGTTTAGGAAAAGTGCTAAGCCTGGGGTGGGATAAATAGAATAACCAAGGAAGACTTGATGATGAAGTATTCAGAGGAGAAAGTAAAGAAGGAAGAGAACTTGTTTGGGAATGAAAGTATGTAAGGTGTGTCTAGAGGAGATCAGCAGTGAGAGAGTTGGAAATGTGGGCCGTGGCCAGGTATATAACCAAATCAAATACAGGGGACATGTCACTGTTTAATCAGAATAAAATGACATGAATTTAGAAAATAAAAATCAATCTTAAACTTCCTTTATACTTCATGTGGCTGGAATGCAAGATTTCTTTGGTCCTAAAGAAGGGTTAGCTTACTACATTTAAAGACATGCCAGCTGCACAGCTTCAAGACTGGGCCTAATGTTCTTGTTGTGTAAGGTGGATGTACCATAAATGTACATTCTTAGAATTTTAATTAATGTGGTACTGAGTGCTCAATTAAGAAACTCAAAATTTGCTTTGCATACTGAAATCTAATCACAATTATAGAGATCTAGCTGCAATAATCAAATTCAATGCAAATAATTTCAGGCAAAATTTCTATTTATGTATCAGAGAGAAACATATGTCCAAAATGACTTCTACATCACAATGGACATATAACTAGTAAGAAGGGTAGGGAAGGGGTAGTATGATACCATTTTAACAGTATAAAATAAATGTTTTAAAGCAAGCTTGAAAATACGTGCTTATAGTTTCTACTGAACTAGTTGCAAAGTGTAGGCATTTCTCTTAATGCTTAAAAATCCCCATTCTACAAAATCATGTACTAAAAAGGAGCAGGGCAGACCATTCAAAAACCATGCAACTGTGTCATCAAATACTAATAAAAAGAACAACAATCCTAAATAAAATACTAACACAGTTTAAAAAGATTATTCTTTAGTAAAAATAATACTAGGAATATCTAGGACTCTACTTAAAAAAAAGGGTAAGGGAAGTCTAAAGACCAGGAGTGAAAGCAAAGATTTTGCAACATGTACGCAGCACAGTTTGTTGCTGGGAGAACCAGCAACAAATTCTTCCAAGTTAAGCCAAGCCAAGCCAAGAAGGAGCACGTGGAGTGAACAGGCTTCATGGCACTGGTCCCTTGCTGCCTTGTTGGCTGCATTATTACACTTTGTGCTCAGTGCAGAACAATGTGTTGGGAAACATTATGAACCATCAACATGAATTCTGTGTTATACTAACATAGTCCCCAGTCTCCATTCTCACCAATTGCTTCTGAGTTAGTTATTCCCATTAAAGAAACATATTGTAGAAGAACAGAGTATATTTTATGGCCATTCTTCTTGGGGGTCAGATTGGAACAGGGTTTACATTCAGTAAGAAATTTGATTCTTTAGTCTTTCTTTTTAGTCTCTGTTTAAAAGATCAGTTTTAATACCTCTATTTCCACAAAAAACTGGACAAATTTAAACTATAAAACTTTTGTTCCTTTCTTGAGTGTAACTGCTCTCTTATTCTAATCTTTAATCTGTGAGAATATGTTTTATTTTATTTATTTATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTCTCGCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCAATCTTGGCTCACTGCAAGCTCCGCCTCCCGGGTTCATGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGCCCGCCACCACGCCCGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGGTGGGGTTTCACTGTGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCATGATCCGCCTGCCTCTGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCAGCCTATTTTTTATTTTTTAACTCATTATGGAAAATTCCAAAATATACAAAAGTAGAGATAACAATATAATGAACCTCTATATATTATCACTCAGCTTCAAAAATTATCATGGCCAATCCATTTTAATCTATACCATCATCCATTTCCCTTCACTTTGTTTTGAAGCAAATCCAAGACTAGCCTATCATTTCATCTGTAAACATTTCCATATGTATGCGAGAGTCTTTTAAAATGATCTTTGCAGGGAAAGGATATGGGCCATTCATGCTCAAATGTGATAACCACATGAAAGCCTAAGCTTTGGAATTTCTCCAACTCTATTGTGGAGCTCAAAAACATCACTGAAGCTGGACAGGCAGTACATATCAAGATGCTCTAGAAGCGCTACTTTTGTCTGCTCTTTGGCTAGAAAAGCAAAATAGTGCAGTGGTTAAGAGCAGGGACTGTGCCAGACCTAGTTCATGTCCAGCCCTACTACCTACTAGCTGTGTGGCCTTGAGCTCATGATGTAACCTCTGTATGTCTTGGTTCTTCATCTGTTAAATGAGGATAATTGAGGCATCTATTTCATAGAGATATTCTGAGGAATAAATGAGTTAACATACATAAAGTGTTTGGAACAGTGCCTGGCATATTCTAAGTACTGTGTCTTAGCCATCTCAATAGCATATAGGTGCAATAGTTATTACTAAAAATTAAAAACAAAATAATAAAATTATTTATACTGAATTCAGAATGTCAAAGCGTGCTATGAGAATGAGTTAATAATGAGTCTCTAGAGATCAAGATTAAGCAGAATGTCAACAGAAAACCTTAACAGTCAATCTGGGGCTCATAGGAGCATCAATCCAGCTTTGCTTTGTAATGAATTTTATTACCCTAAGTTTTAAAAACTGAAAGCCAAACAAGAGAAATTTCAGAATTCTAAACAATAACAAAAATACATATGTATACCTTGGCATCAGCTTCCCAACACTGATGTAACAGTTCAGCAAAACTTCTGGGGCAACTGCTTGGAATGGTTAATCTCTACAATAGACAGAGGGAAACAAAACAAAATAAAACAGGGATTTATTCATTAATGTCAGCAAACACCGTATCTGAAGGGTCATAATAGAGTTATTTTAAGAACATAAGGCATGAAATTTAAAGCTTCCATTGATTAATATGTGACAAGTGACAATTTATGTTTAGATCTGTAATCTCTAAAGACTCATACTTTTTCTTGAAAGGGAACTGTAGTGAACGGAGAAGTCAGGTTCAGTACAACTAATGCAACAAAACATAAAATATCTAAACAGAACTACAGTAGGAGGGGGCAAGTCGGAACTTAAATATTAAATATAAAACCATATGTCACTGTATGTTTATAGGCAACTTGCGATATATGTAAATAGGCCAGGTAACTAGAAACCAGTTTAGCTTTGGCAGTAGGTATACAACTCTGAAAACATCTGAGCACAGATCACAGAGATAATTTTAAAAACTCTACATTTCTCAGTGGTAAATAAGACATTCTGAACGTATGACTGATTACGGCTTTGTTTTGGTCAAACCCATATACTTTAAGGACCCGATACAACAAAAATTATAATGTGAGGATGGTCCTGTTCTAACATCCTACAGTGGTGCTTCTCATAGAACTTGTGGTGCCTCTATTCCACAGAAGCATTTTGTGTTTGTTTTAGAGACTGGTGGGTTGCAACCGACTTTTAAGTATAACAGGTCAGGAATGCTAGACAATTCAATATACCATACTATCCTGCATAACCAGGAACTCCCCTGTATCCCACAAAATTTCAAATGCCCCATTTACATTCATGTAAGTAAAACAAGCAAACAATGAAGTTTATAATTTTCTGGGCCTAGAATCTAACTCTAACTTACAAATAAACACAAAGTATTCTTTTGAACAGTTTTAAGATACACTGAACTCTGCAGAATGCATCTACCAAATAAAATAAATCAAAGGCTTATTGATTCTTGCATGATTCATAACTTTATCATGATTTCTGACATAACAACAACAGTGCTACTCCCAGTACTGGAGTCGTTAATACAACCCAACTCCATCCGGGTGCATTTGTAGCTGCTGAGTTCTATTTATCCCCTAAAACTGTTCCAAAATCTCCTCTGGTGTGGTCATGCTTGAGCATTTGTACACTGGAAAACATCTTTCATTTATTTCTCTTTTATATTACAGTTAGAGCATTATGTTAACTTACAATATAATGTGTGTAGGTAGTTGTGTTACCTTTGAATTTCACCTCAAGGGAGT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Seq C2 exon
GCTCATAGGTCCAACTAACTGAAAGCCTCAATTTGTGGGAAGAAGAGAAGCGAGGCTGGGGACACAGCACAAACGGTGTTTACGCCACTGAAGTTCTTTTGAAATGGAAAGGCTCTGCATGAAGAAGCGAACAGTTATGCCACTGCCTCGCCAATTCCAGTGAGGAGCTCATCTTCAATGTAGTGTTCAACGTAGGTGGCAAAACTGTAATTTTTCCCTTTTTTGAAACTATTTTTTCTTCTTTTATTTTTGAAATTCTCATCTAAGCGACAGTTTCTTGTACTATAGTGACTCCTGCTGGGAGAGGTAAGTTGAAGTAGCTGAAGGTCTCTTACAGATATATCAACTCCCGGCCAGTAAAAAAGATGTCCTAAACGCAGGAGATGGAGTTAAACTGTTCCCCTACCTTGGACGCAATGGCTTCTTTCATCACTAAGAACAAACCCCTAGGTTTTACAATTGAGACTGAGAAACTAGTACAGTACTTGTACAATTTTTGATCTACAGCATCACGACGTGAAGCTGCAACAATTAGATGTAAAGGGTCCATTCATGAGGAATAACATCACTTTGACCCTTTGTGTTAGCTCCTACTGCTAATCTTTCCATAAGCGTGAACTTACTTTCAATTTGAAGAAGATGAAAAAGTCTTTTGCAAAACCCCAATACTGTTTTCTGATCTATGTACCTGAATGGAGAAACGTAGTCTTACCTCGTTTTTTTCCACTACAAGCCAAGCTACTTGTAATCCTTCCAAACCTTTAAAGGGGACCTCCCTTGTTAGCATCTCCCAGAGAACCTGGAACAAAAAGAAAATGGAATTTTTATTTTTGTACTTTATATTTTTTGGTACATATTACTGAGACCTTATCTAACATGTAATTGTATCTAATTACCAGACACAACCAACCCCAACTGTAGAAACTTGGGCAAAACAATTAAGCACACAACTTCTTCTATATATTAAATACTTTTTACGTTCTTTTTTATAAAGAAAAAACCTGGTTTAGAAATTAGGACATCTAGAGCCAGACTTAAAATTTTATGAAACCAATGGGCCTGACTGATTTAATGTCATCTCATAAATTATCAGAATTTTTATGTTCTCACAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000238133:ENST00000423106:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
NonCoding
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
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