HsaINT1026022 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000254535 | PABPC4L
Description
poly(A) binding protein cytoplasmic 4 like [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:31955]
Coordinates
chr4:134196333-134201748:-
Coord C1 exon
chr4:134201718-134201748
Coord A exon
chr4:134201246-134201717
Coord C2 exon
chr4:134196333-134201245
Length
472 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCGGTGAGC
5' ss Score
8.69
3' ss Seq
CTCTCTTTGCGATTTCACAGTTC
3' ss Score
8.36
Exon sequences
Seq C1 exon
GGGCTTCCCGCCCGCCCGCAGACGACCGCCG
Seq A exon
GTGAGCCCCCAGCCCCCGCCTGGCCGCCCGCTTCGCCGCGTCCGTCAGTCCGTCGGTCTGTCAGCCTCCCCTTCCCCCACGCCTCCTTTCTCCGGGCGCCGCGCGGGTCGGGAGGTCGGAGGGGCCCCCTAGGTCTTCAGGACGCCCTTGGCCCGCGTCGCTGCCGGCAGCGCCTCGGCGGCGGCGGCGCCTGCAGAACCCGGTACCTGGCAGGTTCGGGTCTCTGCCGGGCAGAACCTCGCAGCCCATACTCCACGGCTGGGGCCTCTGACGCCTCCGCTTGTGGAGTTCTTCCCTGAGCGGCTGTAACTTTAAACCACTCTGAGCGAGGCCTATTTTTATTCAGAAACCAGCGACCAGGGCGTCTGTGGAGAATGCTCAGATGGAGGGCCAGCCCGCCACTTGAAGTTTTCTCACAAATCTGAGGGGAAGGAACGTCTTGTCCTAATAATCTCTCTTTGCGATTTCACAG
Seq C2 exon
TTCTGTTGCCGCGTCCTAGGAGGGCCAGATTGGTGGCTGTGGGGACTTTTGGATGAGGGTGTTGCCTGAGCTGGGGGAGTCGTGTCTGAACTCCATTGCTTGGCCTTTGTGTGGTGATCCCGAGGCCTCCACACTTGAACCGGGCCAAAGCTGTGACCTAGTATCCCCCCACAGGGATTGCTCAAAGAACTCCAGGGGACAAACTCACAGTGGCAAGGACAAGGAGATGAATGTAGCAGCCAAGTACCGCATGGCCTCCCTGTATGTGGGTGACTTACATGCAGATGTCACCGAGGACCTGCTGTTCAGGAAGTTCAGCACTGTGGGGCCTGTGCTGTCCATCCGCATTTGCAGGGACCAGGTCACCCGCCGCTCTCTGGGCTATGCCTACGTGAACTTCTTGCAGCTGGCTGATGCCCAGAAGGCGCTGGACACAATGAACTTTGACATCATAAAAGGCAAATCCATCCGTCTCATGTGGTCTCAGCGCGATGCCTACTTGAGGAGATCTGGAATTGGGAACGTATTCATCAAGAATCTGGACAAATCTATCGATAACAAAACCCTTTATGAACATTTTTCAGCTTTTGGAAAGATCCTTTCCTCCAAGGTGATGAGTGATGATCAAGGCTCCAAGGGCTATGCATTTGTGCACTTTCAGAACCAGAGTGCTGCAGACAGGGCCATTGAGGAGATGAATGGAAAACTACTCAAGGGCTGCAAGGTGTTTGTTGGCAGATTCAAAAACCGAAAAGATCGTGAAGCTGAACTCAGAAGCAAAGCCAGTGAATTCACCAATGTTTACATAAAAAACTTTGGAGGTGACATGGATGATGAGAGATTGAAGGACGTTTTCAGCAAATATGGCAAAACTCTGAGTGTTAAGGTGATGACAGATTCCAGTGGGAAATCCAAAGGCTTTGGCTTTGTGAGTTTTGATAGCCATGAGGCTGCCAAGAAAGCTGTTGAAGAAATGAATGGAAGGGACATAAATGGGCAGCTGATTTTTGTAGGCCGGGCTCAAAAGAAAGTCGAGCGACAGGCTGAGTTAAAGCAAATGTTTGAGCAGCTGAAAAGGGAACGAATTCGTGGGTGCCAGGGGGTAAAACTCTATATTAAGAACCTTGATGACACCATCGATGATGAAAAACTACGAAACGAATTTTCTTCATTTGGATCAATTAGCAGAGTTAAGGTAATGCAGGAAGAGGGGCAGAGCAAAGGGTTTGGCTTGATCTGCTTCTCCTCTCCTGAGGATGCTACTAAAGCAATGACTGAGATGAATGGCCGCATCTTGGGCTCCAAACCTCTTAGCATTGCCTTGGCCCAGAGACACTAGGAAAGAAAAACGTACCTTTCCAGCTAGTATCTGCAGCAGGTGGGAGAATGATAGTGATCTCTGCCTGAATTGACCTCAGTAAATTTCATATTCCACATGATGGGTGCTTAGTTTAGTAAACTTTATGATAAAACGTTTTTTATACAAAGCCATTTTTTTTCTTTTGTGGAAAAATAGATGGAGCTTAGTTCATTTTACAGAGGCACATTTTCTAATTTTAATATTGCACATTTTTCTTATTTTGATATGTTCATAGCAATAAGTATAAATAGATATATTTTTACATTTGAACCAAATGAAATGAGGTAATTATTTGAATTTATTGCATATTTATTATTTTAGTAATATTGCTAGCTTTAATTTCTTCTATGAAAATATGCTCAAAATAGTTCTTACAACTAAAGATTCCAAAGTATTTTTACCAACAGAAATTTTCTAATTTTTCATCCAAGTTTTGAGAAATCAAACTTTTAGAAATTTATAGTACGAATTTAAAGACCTAATTTCATTTTGAATTAATGCTTAAAATAGTCAGATATAGTTGAATTTCTTTTAAATTTATATCCTGACATGCTTGTTTTTCGGATGGTTTAAATTAAGATGATGGAAGTTTTTAATGTTGCCTAAAAACTGGCTTTATGTGTTTTGTTCTTTCCATTAGTTGACTATAATTCAGGTACTTACTAGTTAATCTAAATTGTAACTTGCACTGTAAAACCTTAACTTCTACATTCCTTAAGTTATAAATCTGTTATCAACTCAGGTGATCCAAAGTTGGCCTGGTCTTAAATCTCTTCATACCTATATGGCTTAATATATTATCTTAAATTTTTACCAGATGCTAATATTATGAAAATCATACATACAGATTATAGAAATTCTGTTTAAAAACTTTTAAAATCTCTTTTATATTGTTTTGTGTAGTGATTTTCTCTTAGGGTTCAGAAAAGTAAGTTCCTCTATTTTTATGTACTCACATCTCCTTTTATTAGAATGTGGCAGCTATGGAACCCATTAAGGTTCACTTTTAGCCTTCATTGATCAGAAACACTGATTGATTTTCTGATGAATTGAAGTTACATCACTTATTCTGTTTTCTAGCATAATTTTTAGTTTAGAACCATTCCCCTATTTTCCTTGCTCTCCTGCCTTTCATCTATATTCCTCAGCTTTTTAAAATACTTTCTAAAGGATTTTTTTATGTTGGCTTTTAATATGTGCTGCTTCAAATCCATTTGGAAATCGAGGCAAGAGTTATTTAATTACATTTAAATAATTGCTTTACAAATTCTGATTCATACCAAAGGTATCTAGCAAGCAAGTGCTTTTGTTTTTACTGTTTTCATATTTTTACTTGGCTTAGTTTTTTCTCATAACTATTATTCACATTCTCTATTTCATATATTACTAATATAAAAGAAATAGTAAAATATTTTTTGGCAATACCTCAGCTTATGAATGAGAAAAATTTGTTGCCTTTTATTTTTATAGAAATTATATGTATATTCTTTGCACATTTTCTAAAATGAAAATCTTTTAGTCCATAAAAAATTATGGACAATGAAAAAATTAAAAGAATTTGCATATAATTGTATTATGCAAACCAATTCCCTATTATAATTTGTTACATATTTTTCTATTTTTTTCTCTCTCTACATATATACACCTAGGTAATTTAAGAAAAATAGGATAATATTACAAATGTTGTTTGAAATTGCTTTCTTAAACAATATGCTATGGTCAACTTTTATGCTCACAATAATTATTTGTCTTATAATCTGAGTGACTTTTATGTTTTGTTCAATGACTGTACCAAAATATAACTAATTTCTTATTGATAAACTTCTTGTTGCTAGATAATTTCTTCCTTTTTTCTTCTTCCTCTGTCATAAATAACTTGGAGATTAACATCCTTGCGAACTTATATATGCAAATATATCTATTTTCTTAAGAAAATGTTTAGAAGTAGAATTAATGGTTAAAAAAGAATCAATTTTAAAAAGTAATTTTGATAAATATTGCTTAAATGCTGTCCAGAATACTTGTGGCACTTACATTTCCATTGTCATTGTAGGAGAATGCCTATTTCCATATGCTCCAAGAAACAAGGGTTTTTTTTAAGCTGTTGGTCAATTCAACATGATATGTAAAACAAACCATTTCATCATTGCTTTATTTCACTTTTGTAAATTACAAAAGTTAAACAGTATTTGTGTACTCACTGACCATTTGTATTTTCATACTTATAAGTTAATGTCTCATGATCATAATTTATTTTCCTGTTGGGGTGTTTTTTATTTACATGGATTTTTAGATTTCTTTGCATATTATGACTACATTTTAGACTTTTCCCCCTGATATTTCACTGTCTTTATAGTTTTGAAGGTTATTCCAAAATTGAATGTTAAGCTGGAAAGTTTTAGTATTCTACTGAAATGGCTTTGATGTCATGCTTCAAAATATTTTGAACACTTTAAATACATATATTCACACAAATATATATACACCCACACAATTTATCTGTATTGTGTTTATGACTTTCAGATTTTCATATTCTCAATGCTTCTAACTAAAATTTTGGTTCATAAAAAGTATCTTATATAAAACCTATAGTAAATATTTTAAAAATGTGCTTTTCCATTTTTAATAACATGTATTTTGGTAAATACTTGATTCAGAGAGCCAATGAATTAGAGTTGGCATATGAGTTTCACATAGATTCTTATACTAGGTAAGTATTTACCAAAACATGTATCAGAAGCAGAAAGTTGTTAAAAAGGTTTACCAGACAACAAGACTGGAAAGTGTATTAAGTGTGCCTGGCCTTGACATCTTGTTCTGGATAATCTAGTCTACATCTTAATTTAGGAAAGCTAATCTGTAAAACTGTTCAAATATTTGAACAATATTTGATAATGCTTACATAATCTTTCAAGATAATATCAGGAAACAGAGTTCTTTCATGTATGTAAGTAGTTAATAGGACATAACATCAGATGTCTAGATGAATTATAGCTATGGCTTAATTACACAATAATCTGCCTTCTTAGTAGAAATTGCTTATTTCCAGCATTTGCTGTAAAAAAAAAAAAGACAGTCAGTTTACAAAAATATACAATCCTATGGATTTAATTTATTTAAATTTTGTTCATTCTAATTTTTTTTGGTGCGTGATAATAGCAAGTTATCTTAGTTGAAAATAGAGATTCATTCATTAAAGAATATTAAATCTTTTGTGCCCAAGTGCCTTAATAAATAAGTAGAATCTTAACTTTTCTGATAAGCATTCCAGTAAAAGCTAATGTACATAGATATGCCTTGAGCCACTGTTTCTACTTTCACCCTTCTCTCCACACATATTGCCACGTCTGCTGTGTAGTTACCTGCTTACATGTACAGCCATTTCAATAAATGTATTCTTTTAACATTTTATCTTTTAAATTTCAAATAGGAATTTATAGTTGGTAAAAATAAAAATTTTAAAGTGATTTAATATTGTCATTTTCATGTTCTCAATATTGTTATAGATCCACTGAGAAAATGTCAAATAAAATCTAATATTTCAAAGGTGAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000254535:ENST00000421491:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF0007617=RRM_1=WD(100=19.1),PF0007617=RRM_1=WD(100=18.6),PF0007617=RRM_1=WD(100=18.9),PF0007617=RRM_1=WD(100=18.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains