HsaINT1038451 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000258525 | RP11-829H16.3
Description
NA
Coordinates
chr14:30876179-30884674:-
Coord C1 exon
chr14:30884510-30884674
Coord A exon
chr14:30876553-30884509
Coord C2 exon
chr14:30876179-30876552
Length
7957 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAA
5' ss Score
8.38
3' ss Seq
CTTGATTGTTCATTTTATAGATG
3' ss Score
6.99
Exon sequences
Seq C1 exon
GTATCAAAGTCTACTTACCTGTATTGGAATTACCCCCTCTGAAACCTACTTCCTTTATGGCAAACAAAACATCTTTGGCTGATGTAAAGTTTTTCAAGTAAAATTCTATTTTGGGATGTTCACTGAGTGGAAGAAAGAAAATGTTATTCAGGGAGAATTAAAAAG
Seq A exon
GTAAAATAAGCAACATTACATGCCTTAAAAAACAGTTTTAAAACCAGACAACACACAAGTTTCTTTCTTAATTCCATAGTACATAGTCAACTGAGGCATTGCATCCTTACTTGAATTATTGGAGATATTTCAGAGGTGTAACAAATAATTGCCATATTGAGGATTTATTATATTCTGGGTAATAAGCCAAAAGCATAACACATGTAAAACCTCATTTCATCATAGCTCTATAAGGTTGGAATTATCCCAATTATGTAAATGAAGAAACTGAGTCTCAGAGCATTTAGGGAGTTTGCCTGATGAAACACAGCTGCATTTTAAGTTCAAGTTGTCTGGCTGCAAAGTCCATGCCTAAACTATACGGAGAACTTGAAATCGGGCTTGGCTCAGAGCCTCGGGTTTAACAGAAGTCCGCAGAGTTGGGCACCAGGTAGCTAAACTAAATGAGGAAGTGGCTGGGTATGAGACTAGGGTCTGTTCCAGTGTGGGACCCCAGAGGCTCTAAGTAGTGTGGATCTATTAACTCAGAGCTCTCTGTTCAGGAGAAACAATTTCATTGATGTGACCGTCAACATTTTTTTAAAGGGACAAAGGTGAAATGAATTATAAAGTTACAATATTGAGTTTTTCTTATAATGACAATGACATTTGTGCACCTTAAAATTATGTGTATTGTAAGAGTTTTGAGATCTCATTTCCTATATTTAATATTAAAGGAATTTCAGCTCACTTTTATATAACTACTCTGTGTTCAGCAGAGACCGTTTTGAGTATAAACAACCACAGCACAATCTGTTGTGTTTAGTTTCTAGATGAGTCAGTATTTCCTAGTGCAAAATTTAAGATCTTAGCATTATCAGTAGCCATTTTATTCAAGATTTTTTGAGGGAGAAGTAGAACACTGACTGTATTTCTGCATACATACCTGATGGAATATTGGGTCATAAAATCAGATTTCATGGGTTGAAAACCTTTTCACTTGTGGTCACTTTTCAACTATCCAGATTATGACTTATGAAATTAGTCTCATTTTTGTATCCTTGATATATTCTGTTCTTTGACTTACATACATATAAACTTGACATGGTTTACCTATTCTAATGGTCTTTCTAAAACAGAAAAACTACAAAACTTTGTATGAGTCTACAAGGTAATGAAGAATTCATCTTCAAAAAGAATTGGGTCAAAGTAGTCAGAAAAAAGTACAAGACAAAAAGTACTGCAGGGGAATTTGCCTCATGGGATGTTAAAATGTGCAATAAAACTGTGATAATCAAAGCAGCGTAGAAAAAAATATGTAAGGATTAGCATATGAATCAAAGAAATAGACTTGCTCAAACTCAGGTATAAATGTGATACCATAAGTCAATGAAACAAGGAACACATTTTTTTTAAGGGTGAGAGACAAATGGTTAAATTATGTTAAAACAGTTAAATTTTCTTCTCATGCCAAAAAAATTCTATCTAATCTAAGAGCAGAGCCACTTGTAAAAAATAACAGAAATGAAATGGAAATTAATATTTGTAATAGCACTGTTTATACAACCTTACACACTGCTGATAGTAGTTTAAACTACTTCACCTTTCTAGGAAGCAATTTCGCTATTTATTTGTTTTTTTAGAGATGGGGTCTTTCTCTGTTGTCCAGGCTGGAGTAGAGTGGTGCCATCATAGCTCACTGCAGCTTTGAACTCCTGGGCTTGAGAGATCCTCACACCTCAGCCTCCTGAGCAGCTGGCACTACAGGCATGAGCCACTGTGCATGGCTCAATTTCACTATTTATATCAGAGGCTTTAAGTCAGAACCTCACTTTTAGAAATCTAACCTGATGAAATAATCAGAGATGGGCACAAAGATGATATAAGGATGTTCATCACAGTGTAGTGTGTAATGTAGTGAAGAAATAATAAGAATGACTAATCATGCAGCGGAATATTATGAAATATTTTTGATGAATATTTGTGATATGAGAAAATGCTAAAAATACTAAAGGATGAAAAAAACAGGATGCAGGGCATTTTTAATAGTCTGAGTTTTTAAAAAATAATACAGTCAAATATTTCCTTAAAATACTGAAGGGGCCAGGCGTGGTAGCTCACACCTGTAATCCTAGCACTTTGGGAGTCCGAGGCAGGTGGATCACCTGAGGTCAGGAGCTCGAGACCAGGCTGGCCAACATGGTGAAACCTTGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGCGTAGTAGTGCACACCTGTGATCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTAAATCCAGGAGGCAGAGGTTGTAGTGAACAAAGATCGTGCCATTGCATTCCAGCCTCGGTGACAGAGCAAAACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCATTTTATAGTGATTATCTCTAGGGCATATGATTTAGAGCATTTCTTTTTTTGTGCTCTATGTATTTTCAAGCTTTCTATAATGAGCATATTCTATTTCTAAAAGCAATTAATAAATAAATATTTATTTATTTATTTATTTTTATTTTTATTTTTTGAAACAGAGTCTTGCTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACGATCTTGGCTCACTGCAAGCTCCACCTCCTGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCTGCCACCACGCCCGGCTAATTTTTTTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCCCCGTGTTAGCCAGGATGGTCTCAATCTCCTGACCCCGTGATCCATCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCACCTGGCCAGCAATTAATAAATATTTTTAAATGAATAAAATAGAAAGGTCGTGCTTCAGATCACCAACCAAGAGAATATGGAAAGAGCTAAAAAGAATAACAGAATAGGGAGGTGGAATAGACATATCACTGCTTCTTCCTTCAGAAGAGAGAAATTAGGAATTGAGCAGAGTAGATAAGCAGAGGTGACTTGTGTAAGCAACAGGACTCTCCAGTCTACCTTCTGGTTCTTATATAGATAGCACACAGTTTTCTAAATTCTTTTATTCCAAAAAGGAGGCACTCAGATCTACTCAGTCTGCCCAGGCAGTCTTAGATCCTGAACTTACAGTTTGGGAACCCAGTGTGTCCATAACTCAAATGTTTATACTGAACTGACATGTACCCACTAAAAGAACTGATCATTTGTCATCATTCAAGACTCATTCAAATCTCCTCTCATTTGATTTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACATAGTCTCACTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCAATCTCGGCTCATTGTAACCTCTGCCTCCCGAGTCCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTAGGATTACAGGTGCATGCCACCACATCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGTGTTTCACATGTTGGCCAGACTGGTTTTGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACACACCCACTTGGCCTCCAAAGTGCTGGAATTACAGGCGTGAGCCACTGCACCCGGCCTCATTTGATTTTGAATGTATCCAACACAAAGAAATGATCAATGTTTGAGGTGATGGATATGCTAATTACTCTGATTTGACCACTATACATTGTATGTATGAAAACATCACTATGTACCCCATAAGTATATATAATTATTATGTGTCAATTACAAAATAATTTTTTTTTTAAATCTCCCATTTTAACAAGGTTGGTACCTGGCTTGAACAAGGCCCACATGTGGTCCTTCTGTTCCAATTCCCAACATTAGAGCCACTTTTCCAACAAAATTCTTCTGTAAATTAAATCGGCGCTGCCCAATATTAAAGCTTCCATCAATCAGAAATGCAATGTCTGCTTTACAATCTGCGAACAACCAAACCAGTCCCCTCATTAGCAGTCTCAAGAGGAGGGAGGGAAAATGCTACCTTCCCAAATGGAGATCTTGATTCTTACCTTTATTGCCAGTTTTCTTCTCGGGTGTTTTCTTTAGTCGTTTACCTGAAATAAAAGATGCACTTGGCATTAACAAAAGGAAGACAGTTACATAGCAAGAAACCCACATGGGGAGAAGCTCATAACAACAGAGTGCCATTCTTGAAAGGACTTTTTTAAAAAAATTAATTTCCTCAGGATTTTCTGGACTAGGGAAAGCAATGACCCAACAAATAAACAAATCAGTATGTAGGCCTACATATTTGATATGCCCTAATCCAGGACTTTAATACCCCAAACCCACAGGTGAGGCAGGAACTCAACATTAAATCCTAATGTTCTTAATATCTTTGACTTTAAAACTGCCATCGTCATACAAAAGGGGATCCCTGGCTATTTCTTACAATAGACACACATTCCTTTTAGTCACATGACAGTGCAGTAATTAAAGGAATTTAATGAAGCAAATGGAACTAGAAGTTCATGGTACTTTGACCAGTTCTTAGGCGTGGTTTATCAAATCTGGGAGAAAATAGGACTTTTAGAGAATTATTAGGCTGGGTGCAGTGGCTCATGCCTGTAATCCCTGAACTTTGGGAGGCTGAAGTGGGAGGACTGCCTGAGGTCAGGAGTTCAAAACCAGCCTGGGCATCATAGCTAGACCTGTCTAAAAAAATAAAAATAAAAAAAATTAAAAATCAAAAAAATTGGCTGGGTGTGGTGGCATGTGCCTGTAGTACCACCTACTCAGGAGGCCAAGGTGAGAAGATTGCTTGAGCCTAGGAGGTTAAGGCTGCAGTGAGCTATGATTGCACCACTGTACTCCAGCCTGAGCAACAGAGTGAGACCCTGTCTTTAAAATATACACATAATGAATGTTTCCATATGTAATATACCAGTAAACTTAAGGTATTTGCTTTGTTTCTCTTTAATATCAAATTTCTTTAAGAAAAGCTTCTACCAACAACACGTTTATTCATAACTTCCAAATGCTGTGCCGGGCAACTA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Seq C2 exon
ATGAGAAAATTAAAGCCGTGGGGTTAATTTGCCCAAACAACATTCTACAACTCCCGAAGGACAGAAAACAGAAAAGTGAATCCCTTCAGAATACAGCATTTTTATCTTAATTGAACCTGATTATTTCTGCTCCAGATCTGTCCAGTGAGATTTATCAAGCAGCGGATGCATTTTTAGAAAGCACTGTTAATATTCTCAAGTTTTACACTGTCAACCTAACAAAGAATCAGTTTTTACTATAAATGATGCTAGGAAGAGACAAGCTCTTGGCAACAAGTAACAAGATAACATAATACAACATGTTAATTTGTGAATTTACTGTCGATACTAAATTGAGATTAATGTTATTAAATGCTATTTTTCAAACATGGGAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000258525:ENST00000555108:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
NonCoding
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains