HsaINT1041608 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000170085 | SIMC1
Description
SUMO interacting motifs containing 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:24779]
Coordinates
chr5:176263417-176290955:+
Coord C1 exon
chr5:176263417-176263502
Coord A exon
chr5:176263503-176289653
Coord C2 exon
chr5:176289654-176290955
Length
26151 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGT
5' ss Score
9.8
3' ss Seq
TTCACACAATCCTTCAACAGGAC
3' ss Score
8.38
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GACTTCATTGACTTAACTAGAGAGACCAGACCAAGGACAAAAGATCGCAGTGGACTGTATGTGATTGACCTGACAAGAGCTGAGGGAGAAAATAGACCTATTGCCACTCTTGACTTAACTTTAGAACCTGTCACTCCTTCCCAGAAGGAGCCAACCAGTCTTCAGACATGTGCCAGCCTCTCTGGCAAAGCGGTGATGGAAGGGCACGTGGACAGAAGCTCTCAGCCTACAGCACGGAGAATCATTAACAGTGATCCTGTAGATTTGGACCTAGTGGAAGAAAACACCTTTGTAGGTCCCCCACCCGCTACATCCATCAGTGGAGGCTCTGTTTATCCAACAGAGCCTAATTGTAGCTCAGCCACATTCACAGGTAACCTCAGCTTCTTGGCAAGTCTACAGCTGTCTTCAGATGTTAGCTCCCTCTCCCCAACAAGCAATAATAGTAGGAGCAGCAGCAGCAGCAGCAATCAAAAAGCACCCTTGCCATGCCCACAGCAAGATGTATCTCGCCCACCACAGGCCTTGCCGTGCCCCCTGCGACCTTTGCCATGCCCACCGAGAGCCTCACCATGTCCACCACGAGCCTCCTCATGCCCACCACGAGCCTTGTCATGCCCATCACAAACCATGCAGTGCCAACTACCAGCTCTAACTCACCCACCTCAAGAAGTGCCATGCCCTCGGCAGAATATCCCAGGCCCACCTCAAGACTCTCTGGGCCTACCTCAAGATGTGCCAGGGCTGCCTCAAAGCATATTACATCCACAAGATGTGGCATACCTGCAAGACATGCCACGGTCACCAGGAGATGTGCCACAGTCACCAAGTGATGTTTCACCGTCACCAGATGCACCACAGTCACCAGGGGGCATGCCACACTTACCGGGAGATGTGTTACATTCACCTGGAGACATGCCACACTCATCAGGGGACGTGACACACTCACCTAGAGACATCCCTCACTTACCAGGAGACAGGCCTGACTTTACCCAGAATGATGTACAGAACCGTGACATGCCTATGGATATCTCAGCTCTGTCCTCTCCAAGCTGCTCTCCCAGCCCACAGTCTGAAACTCCCTTAGAGAAAGTTCCTTGGCTCTCTGTCATGGAAACCCCAGCCAGAAAAGAAATATCACTGTCAGAGCCTGCCAAACCTGGGTCTGCCCACGTACAATCACGAACACCACAAGGTGGGTTGTACAACAGACCATGCCTGCATAGACTGAAGTACTTCTTACGTCCTCCGGTTCATCACCTCTTCTTTCAGACGCTAATACCGGATAAAGACACAAGAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000170085:ENST00000443967:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.836
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains