HsaINT1044937 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000146242 | TPBG
Description
trophoblast glycoprotein [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:12004]
Coordinates
chr6:82363631-82370828:+
Coord C1 exon
chr6:82363631-82363908
Coord A exon
chr6:82363909-82364622
Coord C2 exon
chr6:82364623-82370828
Length
714 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGC
5' ss Score
8.7
3' ss Seq
CTCTCTCCTGCTTGTCCCAGGTC
3' ss Score
9.52
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTAATTTCCACCAGGAGGAGGCGCGCAGCCCAGCTCCCCTAGTCTCTCTTCTTAAATCCCCCTACCTACGGCTGCCGAGGTTGGCCGCGCGTCGGGAATCTCCCCGACAGTCCTGGCCCTCCCCCGCCCCCCGGGTTGGTTTTTCCCAGCTGCGGAGGTTGGGAGGTTGGGCCAGGGGCTGGGGTGCGAAGAGAGTCGGCGCCCGCAACGCGGAGCCGGGAAGTCGTCGCTACTCTGGTGGAACTCAGAGTTGGTTCTGGAGGCGGCGGACGCGGAG
Seq A exon
GTGAGCAGTGGGAGCCCGCGGCCTGGGAGAGACCCGGGAGGCGTCGTTGGGGCCCCTCCCCATCCTCGGGTGGAGAGTAGGGTTGGTTCGGGTTGCCACTGTACCCCGAGTCCCACTGCTGCTTTGTTCCCAGACTCTCCCCTCCTCTTTGGAGATGACTTGAACCCCTTTGAGATCCGAGGGGCTGGCGGGGCGCGGGCTGGGGGGCGACAGTTGTAGCTCCACTTCCTGCTAATGCGAGAAGGTACAAAAAGAGATCAAAAAGTCCTGTAACCTGAAACTTCCCTCGCATCCTAACCGGGACCTGGTGGAGAGGTCTGGGCGGGGGCGGAGACACCCGGAGGCCGACCTTCCGCCGAGGCGGTGCAGGAAGGAACGGGAGAGGGAGAAGTTTGGTAGGGAAGGAATTGGGGATTAAGCGGTAAGTTAGACGCGGGAGACGAGTCTCCTCGGGAAAGGCGGAGGGCGGGAGGCCGGTCGGGTTTATTTAGTGTGGGCCAGGGAAGAAGGAAGACTTTGCGGTCTGGGTGTCGGATGCGCGTCCCCCTCCGGAGTAAAAGTGACCGGAGGGGTTGGGGAGGCGAGGCCGGGGCGGGCTTTTGGAAGGAGGTCTCTGGGACAGACTGGAGACGACTAGACTCGAAAAGGCCGGTTTTTGCACTCCGGAAGCCGCGGCAGCCACCGCTGTTCACGCCTCTCTCCTGCTTGTCCCAG
Seq C2 exon
GTCCCTCAGAGGATCCAGCGAGGGGCGCCAACAAGAGGCGAAGAGGTGGCACCAGGGCGGCGGCAGGAAGAGGAGCGGGAGCAGGAGCGCGGAGCGGAGCGTCCCGACCCGCCGTGCGTACTTTCTGGAGGGAAGGGGCGGGGGAATCGGCCCCTGAGGGAAGCGCCCGGTGGCGAGGGGGTTAGCCAAGTTCCGGCTGCGGCGCCACTCCCTCGGTTCCACGAGAGGAAAGTTTTTTTTTTCCAGACGCTTCCGCCGGCTCGCGCCCTCCGGGCCCAGCCTCCCGAGCCTTCGGAGCGGGCGCCGTCCCAGCCCAGCTCCGGGGAAACGCGAGCCGCGATGCCTGGGGGGTGCTCCCGGGGCCCCGCCGCCGGGGACGGGCGTCTGCGGCTGGCGCGACTAGCGCTGGTACTCCTGGGCTGGGTCTCCTCGTCTTCTCCCACCTCCTCGGCATCCTCCTTCTCCTCCTCGGCGCCGTTCCTGGCTTCCGCCGTGTCCGCCCAGCCCCCGCTGCCGGACCAGTGCCCCGCGCTGTGCGAGTGCTCCGAGGCAGCGCGCACAGTCAAGTGCGTTAACCGCAATCTGACCGAGGTGCCCACGGACCTGCCCGCCTACGTGCGCAACCTCTTCCTTACCGGCAACCAGCTGGCCGTGCTCCCTGCCGGCGCCTTCGCCCGCCGGCCGCCGCTGGCGGAGCTGGCCGCGCTCAACCTCAGCGGCAGCCGCCTGGACGAGGTGCGCGCGGGCGCCTTCGAGCATCTGCCCAGCCTGCGCCAGCTCGACCTCAGCCACAACCCACTGGCCGACCTCAGTCCCTTCGCTTTCTCGGGCAGCAATGCCAGCGTCTCGGCCCCCAGTCCCCTTGTGGAACTGATCCTGAACCACATCGTGCCCCCTGAAGATGAGCGGCAGAACCGGAGCTTCGAGGGCATGGTGGTGGCGGCCCTGCTGGCGGGCCGTGCACTGCAGGGGCTCCGCCGCTTGGAGCTGGCCAGCAACCACTTCCTTTACCTGCCGCGGGATGTGCTGGCCCAACTGCCCAGCCTCAGGCACCTGGACTTAAGTAATAATTCGCTGGTGAGCCTGACCTACGTGTCCTTCCGCAACCTGACACATCTAGAAAGCCTCCACCTGGAGGACAATGCCCTCAAGGTCCTTCACAATGGCACCCTGGCTGAGTTGCAAGGTCTACCCCACATTAGGGTTTTCCTGGACAACAATCCCTGGGTCTGCGACTGCCACATGGCAGACATGGTGACCTGGCTCAAGGAAACAGAGGTAGTGCAGGGCAAAGACCGGCTCACCTGTGCATATCCGGAAAAAATGAGGAATCGGGTCCTCTTGGAACTCAACAGTGCTGACCTGGACTGTGACCCGATTCTTCCCCCATCCCTGCAAACCTCTTATGTCTTCCTGGGTATTGTTTTAGCCCTGATAGGCGCTATTTTCCTCCTGGTTTTGTATTTGAACCGCAAGGGGATAAAAAAGTGGATGCATAACATCAGAGATGCCTGCAGGGATCACATGGAAGGGTATCATTACAGATATGAAATCAATGCGGACCCCAGATTAACGAACCTCAGTTCTAACTCGGATGTCTGAGAAATATTAGAGGACAGACCAAGGACAACTCTGCATGAGATGTAGACTTAAGCTTTATCCCTACTAGGCTTGCTCCACTTTCATCCTCCACTATAGATACAACGGACTTTGACTAAAAGCAGTGAAGGGGATTTGCTTCCTTGTTATGTAAAGTTTCTCGGTGTGTTCTGTTAATGTAAGACGATGAACAGTTGTGTATAGTGTTTTACCCTCTTCTTTTTCTTGGAACTCCTCAACACGTATGGAGGGATTTTTCAGGTTTCAGCATGAACATGGGCTTCTTGCTGTCTGTCTCTCTCTCAGTACAGTTCAAGGTGTAGCAAGTGTACCCACACAGATAGCATTCAACAAAAGCTGCCTCAACTTTTTCGAGAAAAATACTTTATTCATAAATATCAGTTTTATTCTCATGTACCTAAGTTGTGGAGAAAATAATTGCATCCTATAAACTGCCTGCAGACGTTAGCAGGCTCTTCAAAATAACTCCATGGTGCACAGGAGCACCTGCATCCAAGAGCATGCTTACATTTTACTGTTCTGCATATTACAAAAAATAACTTGCAACTTCATAACTTCTTTGACAAAGTAAATTACTTTTTTGATTGCAGTTTATATGAAAATGTACTGATTTTTTTTTAATAAACTGCATCGAGATCCAACCGACTGAATTGTTAAAAAAAAAAAAAATAAAGATTCTTAAAAGAATTACAGTGTGTGCAAGTTTGCTTTGAAAAAAGGATGAAGGGCAGGAGTATTCAATGGTCTTGGTTCCGATGATAATTATTACTTAACATAGCTGAGAATCAAACTGTAGCAATGTCTAATATAAATAGACTTGGGAGATCGTTTTGAAATGGTGGATCCTTTTAGTATTTAAATGGAGAGTTTGAGTATTCATGTGACTGTATGGTCCCAAAGTTAATGCTATTTATGAAACAGTTTTGTAAGAACATAATGAAGTTGGTAAAAGCTAAGCGTTCTGCACAATAAACAGTTCCCAGTTTGGGGCTTTTTCAAGGCTAATGAAGTTATTGTTGGTCTAGAAAAATAGTATTTACTTAATAAAACTCTGTTTGAAATTGTTCTGTGGATTTTTAGAGCAGAATTTGAAACAAATGTAATGCAAATAAATATAAAGATAAAGTGTCTTAAAGACAATATTCTGAAATAAAAGATATAAAATATAATTTAAAAAATATTTCTCAATGTCTTAATGTAAATTGAAACTTAGATTTTCTTGAGGATATTTTCAAAAAAACATTTAAAGTGGAACATAAATGTTCTTTAGTTTATCAGAGACCCAGCTAATATGTTTAAAAAGTTGACTTGACATGGTTGAATATGAACTTGAGGAAATAACCACAGATAAATGTCTACATCTGTAAACACGTGTCTCAAGTATTTATAGGTTCTTATCTTCAGTTCAGTGTTTAAGAATTTGAGGATATTTTGATTTTAGCTAAGCTGTTCATAATGTAAGTATATACACCTTTGTGAAGAATAAATCACATTTAGGTGTAAATACAGGCAATCATTAATTGATACATCCATAATATACAAGGCTTTTATTATTTTTTCAGTTTATTATCTGTCATTTAATCTGAAAAGTAAATTCCATTAATCAGTCTTCAGGCTCTTTTATCAAGTGATTTAAATGTAGCCATTATTGCTTAACTGAAAGTATTAGGTAAACTTGCATCAGTAAGTCTTAGGGCTTGCTTTTCCTTTGAACTGGTTATGTCCTTCAGTGCTTTATGTTTGAAATAAAATCTACATTTTCATATTTTTATAAATAAAATAGGATCAGATAGTATTTTAGGTTCTAGAAATCTTTGCTGATTCCTTCTTTGAATTAAATTCAGAAATTTTCAAAGTAGGGCTAAAAATAAGTAAATCTTCCTTTTTATAGGTTAGAATATATAGTCAGAATACAAAGCTGTAATTCCTTAAATTCCATCAGGCTTGTTTTGTGAAATATAGTATTTATTATTTAAGGGTTATATTTCAGATCCTATAATTACCTCAGAAAAAGCTAAATATTTGGCACTTAAAATTCCATCAAACAGTTTAAGTGTTCATCAGAAATTCCTAAACTGTCTGGTTGCCATTATTTGGTAAGAACAATGAGATACTAATCTGTCAAAAATAGTGACCACTATCTTAGTAAACTGTTGATGGACTTAGTAAGTCTTCTGATATTGTAGGAAACAAATTATAATATTGATAGAGCCTCTATTGAGAAGAATTGTTTCTTCATCACATGATAATCTAACAGTTTAAAGTGGAGCTTTATCTAAGAACCAGGGAAGCAGTAGATTCATTAGTCTAGCTTTTCTCATCAACTCTTTGAAGCAATGATGAATCTGATAAAGTGAAGCCAAGTTTTCCCTGTTAGGTAGATGGCTTCTTTGAAGTTATAATTTATTGCTTCTTTTTCATCCCCCTACTTATTCTCTTGTTTGGACTTTCCAATTGCTACTGCTTTGTTTTCCATCACATCACTCCTTCCTGTTCTCCAAAATATGGAAATAAAAAAGTCAATTAAAAGAACACCTTATTCTTAAGATAAAAAATTGTTATTATTTGACAACTAATTAATGTTTTGCAGCCCTAATATTCTTAAGTCTATAAGCTTATAAAACATTCTAAGTTCCTTGGAAGATAGAGGCTATATAAATTCAATAAGTATAAGGGAATATGGGAAAAATAAAAGTATCACTTTATTTAAAAATAAGACAAGTCTGTTTGTTTTAAATACTGTTCTTACTATTAATGCATTGTTGACTCTAGAAACCTGCAAGTATCCATTTTTAAAATTTTATTTTAGTTGGTAATACTCTTTATTACTGAACGTAAAATTTTCAACATAAAACACCCTTCATTTATCCTTTACAAGTTTCATTTGAAGAAAGTTAGAAAAAATACTTAGAAATTCAAGGACTTGATATATCCCTTAATTTAGAAAGCTATTCAACTATCCCATAAATTTCTATTTAAAGTAGCAAAAATTTTAGGATAATACAGCTATTTGGCCCTGAATTATAACTGCCCCCTTTGATTGTAACCATTCAGTTTGCAGCATTCGTTTTTGTAATAGCAGTTTGGCTGCTATGGGTGTGATTCAATGGTAACCTACAAGGCAAATTTGTACAGGAGCTGACAGATTTTTCTAACAAAATAAGGAGACTTTGAAGCACATTGAATAGGAGTTTTTAAATGAATAGGATTTTTTAAAGGAAAAAGAGTAGGAGCTTGGGGGGGAAGGCTGGTTGAAATAAATGAGCAAATCACAAATAATAAATCCTTTAGAAATACCTTGATTGGCAGTAAGTGTGGATTATGCTCATCTCAGTATTTAATTAGAAATAACTTACCTTTGTCTTTTGTCTTTTTAATTA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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000146242:ENST00000369750:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF0146213=LRRNT=WD(100=7.1),PF138551=LRR_8=WD(100=15.2),PF138551=LRR_8=WD(100=14.5),PF0146319=LRRCT=WD(100=6.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
AAATCCCCCTACCTACGGCTG
R:
TTCCCTCCAGAAAGTACGCAC
Band lengths:
358-1072
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains