HsaINT1045024 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000082512 | TRAF5
Description
TNF receptor associated factor 5 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:12035]
Coordinates
chr1:211326837-211353457:+
Coord C1 exon
chr1:211326837-211326889
Coord A exon
chr1:211326890-211353238
Coord C2 exon
chr1:211353239-211353457
Length
26349 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CACGTGAGT
5' ss Score
9.3
3' ss Seq
TCCTCCCCTGACCTCTGCAGAAT
3' ss Score
8.76
Exon sequences
Seq C1 exon
GCAGCAGCCGCGCCTGCAGACCGGCCTCGCGGAGCCCGCGCGCCGAGCCCCAC
Seq A exon
GTGAGTCCGGCGGGTCGCCGCCCTGGGCACCCTCGCGACGGAAGGGCCGGGGTGGGGACACCGACGAGCGCTTTTCATCTCGTCCCAGTTACTTTGAAACCGAAAGCGCCTGCTGGCGTCCGGCCGGTCCCCGACCGGCGGGGAGGGCGCGAGGCGGCGGCTGGGCCGGGGGAGGCGGAGGGGCCCGGGCTTGCGGGAGACCGGCGGGGCAGGTGACCGCCGACGGCCCGGGGACAGCGGGAGCGGTGCGGAGCGGGTTTCTTAGCCGGGGAGAGGTGTGGCGAGGGCGGAGACTGGGGGTCCAAAGCTGGGGAGCTGGTCCAGAGGGCGGCTGTGGACCGGAGGGGCCAGGTTCCGTCGGGGTGCACTGGCGGGGAGGACTTTCAGGCACGTCCCGCACATCCGCACTGCAAACCAGGCCCTGGCCCCCTTCCGCACCCGAAGGCACCCTCTCCACCTTTGCAGGGCTTTCCAATCAAAGCAACTCCAGAATGAAACTTCAGGATTGCAAGGAATGGAAGCCTCTACCAGCTGTTCGTTTGCGCGTCTTCCTTTAGAAAGCAGCTACCCCCCTCCCCCAGAAGGCGAGCTCTAAGGAACCTTGACGCAAACCAAAGCTCCGAGAGGTGGAAGGAGTTGCCCAGAGGCACCCAGAGAATTCGCAGATTCTGAGTTCTCCGTACCAGATGGTCTCCACTTTGTTCCTGTTCTGCAGGGTCTTGGTGGTTCTGAGAATTTTCGGGGCCACGCTCTTGCTGCGGGTCCCACTGGGCCACTCTGGCTGGCCGACTTTCTCTGCTCATTCGGCCTCCTTCTGCTAAGTTTCCATATTTGGGTATTTCAGATTTACTTTCATGAGAACTCAGTTATCTCGCTGTGGCAGGCAGAGCTGCCTCAGGCGAGCATTGAGGTTGGTGAAACCAGGCGAGGCTCCCTGCCAGGGCTGCCCCTGCAGCCCCCACCCTCCATAGCCTTGGGCTCTGACCCACCTCCTGTGAGGATAGGCATCTGGTAACCAGTTTAATTCTGTAAATATTTATTGGGCAGGTGCTGTGTGAGAACTGGGCTGGGGCCAGTGGAATATGGTTATTTCCTCCAGAGATACTTGCATTTTAAAAGGGCTCTGGAAGACCTGAGATGCAAAGAAATTAGTTGAACCATTTCTGGAAATAGAACAGTTTTGGGTGTGTGCGAGATAATTTTAGGCAGCAAAAGGCTGGGCTAGGAACTCTCAAATCCCAGTGCAGCTGCTCTGCCTTATGTACTCACAAAGCTGAAAACAGGGGTGTTAATGTAATTGATGGTTTGGGTGGAAACACTTCCATCCCTAACTCTAATTTGAACTAGAAAGACAGAAATTGCTGCAGGAACGATGGATGTAAGATGGAAGTGGAAAACGCCTAGCTTCTGTAAAGGTTTTTGATTTTGTTACAGTTACTGTTTTTGTTGTAACTCTATGGAATGGATCACCTCTCAGATCCCTGGCTCCTGGACAGAGGCAGGAGAAAGTGTCTGAGCCAGCATCTGGAACATGGGAAGTGATGGAGAAGGCGACTTCTCCCACGGCCTCTGGGCTGAGAGGCCTGTTGTGACGGGCAGGGTAGGATGGTGGTATTTCCCTCTGTCAGCAGCAAGCCCGCTGGACTTGGGTAGTAGGGCGATGGAAAGAGTGTGGAAAAGAGCTGCCGTCCACTGAACGTCCTGACGATAGGGACTGGGATGTTTCAGTGGGGATGATTTGCACAGTCGGGGAGCTAGATGCCTCAGAGTCAGTCTTGTTAGGCTTGCAGTGGGAAAGGCACCTCAGTACTTAGACAAACCTCCTCTGATTAGCTCAGCTTTACTGGGGAGGACCTTGAAGGAAAAATAATTATTTGTTTGTAAAGCTCGTTCCTTTGCAAAGCATTTTCTCTTTGTTCTTGTCGTTTTGTTCTCATTTCGTCCTCCATGACGCCCTCATGAGTTAGAGCAGGCTTATTCTCTACATCTCTCAGATTGTGAGGGTGAAGCACTGAGGCGGTAAATAGCTCCCTGAGCTCCACTGCTGGACCAGGATCAGAGCATTGAGGTGTCTTGTTCCCCTGCTCCAGGCCCCTCACCCTGGCTTCTCAGAGAGCCATATCTGCCCACCTCTTCCTCCGTCTGAGGGGTCAGCAAGGGGACCCAGATTCTGATAATGCCTCTGTGGTCTGTCCCCAGCAACATGGAGCAAGTTCTGCTGGAGACTCTGGCCTAACCACCACAAGAACAGACATCCACTCTGTTAGCTCTGCCTAGCCAGGCAAACTCCGGGCAAGACCCTTGTCTGTTTTCATGTGTGTCTTGGAACCTGGCATAGAGTAGGCCTAAACAGATGTTTGCTGAATCGAATTGAATTCATTCAGGGTACGTCTCCCTTGGGGTCTGAGCTGCCAGGAACAAGTGCTGGGTAGGCTTGGCAGAGAGAGGTTGAGCTCCCAGCAGGACTTGCTTAAATCCAGAAATTAGAATAACACTGTACAGCTTACGAGAAGCCCATCTCATCTGATTAACTTCTCACTACCTCCTCAGGAGAAGGGAGAGGCACATGCTATTCCTTCCACTTTACCTGGTTGCAAGCTGAGGCTCAGAAGTGATTTGAAAGACCTCACAGCATGTAGGGATGGGGCAGGACCTAATCCCAAGTCTTCTTTCTCCAATTCCTGTGTTTTTCCCATAGTATCTTAATTAAAGGAAGCCAGGATTCTGGGCAGGAGGAGGATGAGAGAACCAGCGAGACAGTCATCAAAAGCTGCCTGACACCTTTGTCACTGATCAGGGGTCAGTGTCTGACTCAGTCTCTGAAGAGCTTTTTTCTGCCCAGGTTGTGGCTTTTTCTGGGATTCTGGATAGGAGTTCTAGCTCCAGCAGAGGTGTAGCAAGTGAGTATCTGTGTGTGTTGGGGCAGAGGAGAACACGCTGCAGGGCAGAGGGAGTCCTCAGAGCTGGCAGGCCTCTGCTGCTGCTGCCGCTGCCACCACCCAGGAGTGGGCCAGCATGAATTTGTTGCCTTGCCCAGAGGAAAGCTTTATTTGAAGGATCACTCAGCAGCCTTGACCCATATGGCCTCCAGCAAGTCCTATCTTGTGAGAAAGTGGCTTGGAGGACCAGGCAGGAGATAAAAGTGAAAGTACTCATTAGTCCTGACAGAGGAACTCAGTCTGTTTACAGTGACAGTGGTGAGCACATTTTGCATATTTGTACCTGGAGGCAGGTGGTGGTGCATGCTTGGATCGTGCTGTAGCAAAAGCAGTATACATGCAAATGGTCTGTACACTGTGCAGTATCCGTGTGATGTGCAGGTCTTAGAGACCCAGTATTAAGTGACAGAGCCCAGTGAGTGCCCTCCCAGGATATCTCACTTACTTTCAGCAGAGCCCCATGTCTCATTTCTTGACACCACAGGCTCCATCAACTTCCCTCCTTACCAATTCAGAACATTCCTGAATTTTTTTCCATGGCTTTTTTTTTTTTTCTCTCAAGGAGAAAGTGCTCTCCTCCAGAACAAGGCGAGAGTACCTTTTCCACGTACACTCCCAAGTCAGCTCTCTCCTCCTCCCTCTGAGGCAGGTTCCCTCCCTGCCTCCCTCCCACAGACTTCTTCCCTCCCCCACAAGCTGAGTTTTCTGTTAGTAAGAAGACTCCATGTTTCCCCAGTCCCTCTTCTCTTTCTTTCACTGACAAGCTTCTGTAAAGAGTGGACAGCTCTTGCACTCGCTCCTCACTCGGCACCGTGCACCTGCTGCGCTGCTCTGATTGTCCTGTGTAGGTTTCCAGGACCTGGTACTCCTCAGTCACCAGCCCATACCAGCCCACGCTGCAGCTATTACTTATCTCCTTGGAGGTTGCTACACCGTCCCCACCAGCATTCCCTTCCTTGACCTCCAGCTTCTTATCCTCCTCTGTCCTGCAAGTGCAGGTATGGGGCCAAGGCTGGGTCCTCAGGTTGGATTTCAATTCTCTGTGCTTCTCTCCTTGAGCCCTTGGCCATTCCCAAGACTTAAACCAACACTTTTAAGGAAAGGCTGATCAAATTTCCATCCCTCACCCAGTTATCTTCTTGGCCACTATGATTTGCAATATTCAGAATCTTCACCATGATGTTTCAGAAGCACCTTAGACATTTGTCCGAGGCCGCCTCTTTCTCTCTGTTCTCTCTGTTGCAGAAATCGCTGCTGTTCCTCAGTCACCTTTATCCTGTCCCCCTCAGCCAGTCCTGATCTGTCTATTCCCAGTTCAGGGCCACAGGGACTCTTTCCTGGGCAACCTTAATTAAGCATTGACTCATTTTCCTGCCCCAGGTCCATCTGTATTCAATTTTCCTTTTCATGCTGCTGCAGAGGGGCCTCTTTAATACATAGCCTAGTCAAAACCTTCTACTTTCAATGATGGTGTAGTAGAAACAGTGTGGACTTCAGAATCTGGTGGGCCTGGGTTCATATCTGGGTTTATGATTTGCTGGTTGTAGTTATATAATCTGAGCAAGTTGCCCAACTTCCATAGTGTCTGTATTCCCACTGGTAAATAGAAATAGTAATGTGTGCCACTTGGGGTTGCTGGAAAGATTAAATGAGTCAATATATACACAGAGCCTGGAGTCTGGCAGATATTCAGTAAAACTGGTTTTCTCCTTCCATGTGGTTAATAGCCATAGAGCATTGTGGGGTTTCTGGGGAGCTGGAAACTGCATGCCTAGCCTAAAGGCATTCAAATTTAAATTAAAAACCAGCAGAAGAATTGCTGTGTGTCAGAGCAGGCCATCTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTTTCACTCTTGTTGCCCAGGCTGTAGTGCAGTGGCACAGTCTCAGCTCACTGCAACCTCTGCCTCGCGGGTTCAAGTAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATCCGCCACCACGGCCGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGGCAGGCTGGTCTCAAA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Seq C2 exon
AATGGCTTATTCAGAAGAGCATAAAGGTATGCCCTGTGGTTTCATCCGCCAGAATTCCGGCAACTCCATTTCCTTGGACTTTGAGCCCAGTATAGAGTACCAGTTTGTGGAGCGGTTGGAAGAGCGCTACAAATGTGCCTTCTGCCACTCGGTGCTTCACAACCCCCACCAGACAGGATGTGGGCACCGCTTCTGCCAGCACTGCATCCTGTCCCTGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000082512:ENST00000261464:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF0009720=zf-C3HC4=PU(71.8=38.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains