HsaINT1046392 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000167987 | VPS37C
Description
VPS37C, ESCRT-I subunit [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:26097]
Coordinates
chr11:61138737-61161617:-
Coord C1 exon
chr11:61161391-61161617
Coord A exon
chr11:61138836-61161390
Coord C2 exon
chr11:61138737-61138835
Length
22555 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGC
5' ss Score
9.6
3' ss Seq
TGGTGTCACTGTGTTCACAGGGA
3' ss Score
7.54
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GGAAGGATGGAGACGCTGAAGGATAAGACCCTGCAGGAGCTGGAGGAGTTGCAGAATGACTCGGAGGCGATTGACCAGCTGGCCCTGGAGTCCCCTGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000167987:ENST00000301765:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.710
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF072008=Mod_r=PU(18.0=87.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains