HsaINT1047549 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000196357 | ZNF565
Description
zinc finger protein 565 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:26726]
Coordinates
chr19:36201977-36215081:-
Coord C1 exon
chr19:36214888-36215081
Coord A exon
chr19:36202051-36214887
Coord C2 exon
chr19:36201977-36202050
Length
12837 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGT
5' ss Score
11.08
3' ss Seq
CCCCCATTTTGCTTTTTCAGGAC
3' ss Score
12.45
Exon sequences
Seq C1 exon
AGTCTCCGCGACGCGGCCCGCCTCGGTCACCGCGGCCAGGCCCAGGCTGGTACTGAATTACCTTCTATTACCAGCAACGTCGCTTCTCAGGCCTTGGACTACATTTCCCTTGAGGCTTTACTGGTCGACTCTCTGTCTCCTCCCCTCCCCCCGCGAACTTGGCCGCCTCCTTCTGTGACGATGGAGCTCTTGAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GACTCTGCACTTGTCCAAGAGAAGAATCCAGAGAAATCAGAGCAGGTCAAATAGTTCTAAAAGCCATGGCCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000196357:ENST00000392173:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains