HsaINT1047670 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000197054 | ZNF763
Description
zinc finger protein 763 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:27614]
Coordinates
chr19:11965054-11977164:+
Coord C1 exon
chr19:11965054-11965211
Coord A exon
chr19:11965212-11977028
Coord C2 exon
chr19:11977029-11977164
Length
11817 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTGCGT
5' ss Score
8.27
3' ss Seq
GCCTCCTCTACACATGTGAGATG
3' ss Score
-0.77
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCCTTGCGCAGCCGGTGGTTGATATCCGCTGTATCCATCCCCGAGAGGGACCTGGTACCTCTACCCAGGTTTCTATCGCTCTGTCTCCTGCGCTGTGCCCTTCTGTAGTCACAGGAGCTGTAGAGAGGACCCCAGGACATCTGAAAGCCAGGAAATG
Seq A exon
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Seq C2 exon
ATGTTTCAGGACCCTGTGGCCTGTGAGGATGTTGCTGTGAACTTCACCCAGGAGGAGTGGGCTTTGCTGGATATTTCGCAGAGGAAACTCTACAGGGAAGTGATGCTGGAAACTTTCAGGAACCTGACCTCTATAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000197054:ENST00000343949:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0135222=KRAB=WD(100=89.1)
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains