MmuINT0003962 @ mm9
Intron Retention
Gene
NA
Description
NA
Coordinates
chr9:88449214-88462123:+
Coord C1 exon
chr9:88449214-88449382
Coord A exon
chr9:88449383-88461996
Coord C2 exon
chr9:88461997-88462123
Length
12614 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTGGTGAGT
5' ss Score
8.95
3' ss Seq
GGAGAAATGTGCTGTTACAGGAG
3' ss Score
2.66
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GAGTTGGTGTCTTTTGAGGACGTCACTGTGAAGTTCACCTGGGAGGAGTGGCAGAATCTCAACGACGCTCAGAAGATGCTGTACAGGAGTGTGATGCTGGAGACATATAATAGCCTGCTGTCACTGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
-4930422I07Rik:NM_001163061:2
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: