MmuINT0009058 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000026596 | Abl2
Description
v-abl Abelson murine leukemia viral oncogene 2 (arg, Abelson-related gene) [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:87860]
Coordinates
chr1:156558987-156620901:+
Coord C1 exon
chr1:156558987-156559205
Coord A exon
chr1:156559206-156620838
Coord C2 exon
chr1:156620839-156620901
Length
61633 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTGAGT
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3' ss Seq
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ATCACTTTGCCAGCTGTGTGGAGGATGGATTTGAGGGAGACAAGACTGGAGGCAGTAGTCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000026596:ENSMUST00000166172:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.891 A=NA C2=0.500
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types