MmuINT0010585 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000026836 | Acvr1
Description
activin A receptor, type 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:87911]
Coordinates
chr2:58500484-58516272:-
Coord C1 exon
chr2:58516024-58516272
Coord A exon
chr2:58500558-58516023
Coord C2 exon
chr2:58500484-58500557
Length
15466 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTAAGT
5' ss Score
10.45
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11.01
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
TTATACAATGGTCGATGGAGTAATGATCCTTCCTGTGCTAATGATGATGGCTTTCCCTTCCCCGAGTGTGGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000026836:ENSMUST00000112599:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types