MmuINT0041413 @ mm9
Intron Retention
Gene
NA
Description
NA
Coordinates
chr6:121959606-121973065:+
Coord C1 exon
chr6:121959606-121959658
Coord A exon
chr6:121959659-121973044
Coord C2 exon
chr6:121973045-121973065
Length
13386 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTGAGT
5' ss Score
9.27
3' ss Seq
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3' ss Score
10.47
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
CTTCCTCTGGCTTACATTGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
-Cpamd8:NM_008646:4
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs: