MmuINT0045830 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000013539 | D16H22S680E
Description
DNA segment, Chr 16, human D22S680E, expressed [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:101825]
Coordinates
chr16:18324450-18344025:-
Coord C1 exon
chr16:18343988-18344025
Coord A exon
chr16:18324544-18343987
Coord C2 exon
chr16:18324450-18324543
Length
19444 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCGGTGAGT
5' ss Score
10.49
3' ss Seq
TTGTTCTCCTTTTCCCACAGACC
3' ss Score
12.63
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ACCTTGTGACCGTGTGAGCAAAGCCACCCTTGCAACCCATGTGCATCATCTTCTTTAAGTTTGATCCTCGTCCTGTTTCCAAAAATGCATACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000013539-D16H22S680E:NM_138583:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF057427=NRDE=PU(11.9=94.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: