MmuINT0095641 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000038696 | Mapkap1
Description
mitogen-activated protein kinase associated protein 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2444554]
Coordinates
chr2:34353221-34374369:+
Coord C1 exon
chr2:34353221-34353393
Coord A exon
chr2:34353394-34374192
Coord C2 exon
chr2:34374193-34374369
Length
20799 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAAGTAATC
5' ss Score
0.66
3' ss Seq
CTTTATGGTTTTGTTTTCAGTGA
3' ss Score
8.65
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000038696-Mapkap1:NM_177345:4
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
PF054227=SIN1=PU(10.7=96.9)
A:
NA
C2:
PF054227=SIN1=FE(12.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: