MmuINT0110571 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000063972 | Nr6a1
Description
nuclear receptor subfamily 6, group A, member 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1352459]
Coordinates
chr2:38615707-38640035:-
Coord C1 exon
chr2:38639913-38640035
Coord A exon
chr2:38615950-38639912
Coord C2 exon
chr2:38615707-38615949
Length
23963 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAA
5' ss Score
8.38
3' ss Seq
GCTGACTTATCCATGTTTAGTTT
3' ss Score
5.1
Exon sequences
Seq C1 exon
AAATTGAGCAAGTGTGAGAAGGGTAGTCATCAAGCGGAGTTTACCCTGTAATCTCGGTTTCTTCATGGCTTCGGCAGAACTTCTCAGCAGACTTGGAGAAGCATGAAATGGAGACATGGGAAG
Seq A exon
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NA
C2:
PF0010513=zf-C4=WD(100=85.4)
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: