MmuINT0137355 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000039087 | Rreb1
Description
ras responsive element binding protein 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2443664]
Coordinates
chr13:37917907-37980841:+
Coord C1 exon
chr13:37917907-37918213
Coord A exon
chr13:37918214-37980739
Coord C2 exon
chr13:37980740-37980841
Length
62526 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCCGTAAGT
5' ss Score
10.11
3' ss Seq
ATCTTCTTTTAATTTTTCAGGTT
3' ss Score
11.66
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTTGTTGCAATCCTGTGCTCCAGAAGTGGTGGCTTTGAGGTGTGACCCTGCCCACATTTGGGCCCAGTCCTCACCAGCTCCTCGGCAGAACGAAGAAAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000039087-Rreb1:NM_026830:1
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs: