Special

MmuINT0137357 @ mm9

Intron Retention

Gene
ENSMUSG00000039087 | Rreb1
Description
ras responsive element binding protein 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2443664]
Coordinates
chr13:37918781-37980841:+
Coord C1 exon
chr13:37918781-37918844
Coord A exon
chr13:37918845-37980739
Coord C2 exon
chr13:37980740-37980841
Length
61895 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATCC
5' ss Score
8.33
3' ss Seq
ATCTTCTTTTAATTTTTCAGGTT
3' ss Score
11.66
Exon sequences
Seq C1 exon
ATACTTTCTAGTCCCTCTCGGGTCGGGAAGCACGGAGATGACGGAGCCAGCCCGCCGCCGCAAG
Seq A exon
GTATCCGGGGGTGCCCACCCGGGGTGCAGGCGCGGGGGCCGTGCGTTCGGGGCTGCTCGGTGGGAGCATCCGCCGCGCCCTGCTCTGCGGACTTTGATCCTCCCGGGCGGACGGCGCCGACCGGGAGGGGCGGCAGGCAGCCCCGAGCCCTCTGCGAGTTCCCGGCTGGCGGCGGGGCTGTGAGCGACCACCGTCGCTGGGAAGGAGGGGAGGCGGCGACCCGGGCCGCGCCGACGCGTATTGTTGGTGACTCCGAGGCTGGCTGGGTACGAGCTTTGGGGGAGCCCCCGACGTGGGGCGAGCCTGCATCGCGGAGGGGGGGCTCGCGCCCGGCGCCGTCACGAGCACAGGAAGGAGGCCGGGAGCATCCGAGGCGGGGCCGGCGCCCGCCCCACCGCCCAGCTGTGGAGCGCGCTCGGAAACTTTTGTCCGCCACCCGCTGGACCAATTTTTCTGGAGTTCTGAGGCTTCGCTTTTTCCTCACACCCCGGCCTGCCCAGCCGAAAGAGGGGGTTGGGGGAAGCCGGTGTCCCCCGGGGAGGGGGCACCGACGACTTCGAGAGGCACGGGCCCCCCCATCAGGCCCAGCTCCCCGCGCCCCCTCCCCGTTCGCGGTCTCTTAGGAAACTGCGACCTTAATGGTTGCTAAGGAGCAGGGGAGGTCCTTCCCGTCGCCGGCCCCCTCCCTGGGAGGCGGTGTGTTTTCTGTACAGGGCTAGGGTCGCATCGAGGATGTGACCCGCTCTCTGGCCCGGGGTGAGTGCGGGGCGCGGCTACGGTGCCTGCGGGCAGCCGGCCGAGGTCTAGGGGCGTGGGGACCCCACTGGGCTCGGGCTCGACCGCTTGACAGGCGCCGCGTGTTGCTAGCTGCCCTCGTCCGCGGTGCATCCGTGATGGGTTATAAAAGAGGAGGAAAGTTATTTTTCCTTGCTCAGCAGATTTGCCCTCCCTCGTTCCTTACTGGTTAAGAGATAGAACGTGAGCCCAGATCCGGACGAGCAGTTCACATTCCATTACGAAATTCTACACGGCTTCAGAGCCAGCAGCAGCACTCATTCGGGGCATTTCGGAGGAGATTTTCTTCTTTGGGGGATGCTGGTAGTGGTGGTGGTGGCGGAGACCGATACAGGGTGAATAAAAAGCAACTTTTGTCGGGGTGTCGAAAACCTTACCCTCAGGTTTCCATTGTTAGACTGCTCAACACTGGGTCTCGTTTTCGAGTTAGAGCTAAGCATATCCTTGTGAAAGCCTATGGGAAGAAAGTTGGTTAAATAAAGATGTTGGGAGTTGGCAAAGTATTCTTGCAAATGATTCTGCAAAGGCTCACTTGTTGCTTGTGCATCCCTTGGTTGTGAGATTCCTTTTTCAGATAATATGGTGGTCTGTGTCTGCGTGCGAGTTGTTGTGCAATAGATAATTGGAGTGGAAGGTGGAGAAATGAGAACAGCCATGAAAAGAATGTGTTGATGGCTTTTAACATCCTCTAGGTTTGATGCTTTCATGAGCAGGCAGGTATAGTTTGTAATTTAACCCGGAAGTCTGAGTTGGAGGCTAAGGTCTTGGTTAAAACTCTTAAGAAAATTCTGTACGTAAGCCCTAAAAGAATCCATAGTTTCTTCGGAAAGAGTTCAGTATACTCTTAAAACACGTGCAAGGGTGGACTCGTTTTAGAGGTTTAGAGTTGCTGTTTGTTTGTTTTTACCTCTGCCCATTGGGGTACCTACTGATGGGTCTTCCTTTGATGTATTTGGTTACAGTGAATTAAACATTTGAATGGCTCTAATCAAGTTTTAAATGTGTGAAAAAAAAACCCTCCCCAATTTTTACAAAAGAAAGGGAGAGAGGGGTACTTTGATTTAATTATTTTCCCGTTCTCCATTTATTTTTGGGTTAAGTTGCACTGTCTCCATCTTACAACATACTTTTACGGTAAGATGGCTGGCTGTCTTTTCAGCATGTTTTGTTTTTTAAGAAATGCTTTACTCACTTAAGAAATGCTGTTGATGCTCAGTGGTACATGGAATATTATTCTCGGCCGTTTCCCTGGATACCGCATTATTCCTCATCAGAAACTCAGACAGCATAACCCTTGCCGTGGACGTGATGGGGAACGTTTGCCTGACTCAGCTGGTTACAGGTGGTGCATTCATTCCTAACCATTTACATCATCAAGCAAGTGACCTTTTGATGGAAGGGGCCTTTATTTTAGATTTCTTCAGACAGAACCATCTGAGAGAGATTATTTGCATCCAGTACAGGTAGGAAGGGGAGGGGAATGCAGTGTGTTAGTCCTCATCTGATCAACAGCTGTTTATTGCTTTTCTGCCCCTAAGTCAGGCACTAGGTAGCAGCTGTTAGCAAACAGCTTCTGGGTTGCTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTCACTTTTCTGTTTTAACCTGCTGCTGTATTGGTTCACTTCCTAGGTCAGTTTGGAAGTCTGTCTTTCTATTGTGTGCCCACTCTAACATCTCTTAACAGCTTCAGCTAAGTAAATTTCCTGGTTAATGAAGTTGAAAAAAAAATTCTATCCTCTTAGGGTTTTGCGTGACATAGTTAATATAAACTTTTACAGAAATTGGTTAAACAGGCTCTCTAGAAGCAGCTAGAAGTGGGTTCTTTTGATGTTTTTATTCATTATCCTTCTGAAAAGTAGGTGGTGCTTAGAAGGTCATAGGATAAGGGTTGCTAAGCAGCTAAACAGAAGGATGCTAAAATTAACTGAAGCTTTTTTGAAAGGGAGTCCTTCCCTGTTTTACATTACCTACTAGGTTTAATTAATTTCTGAATCTTCCATGTTCTTTGATCTAGGAAGGTAGTATGTTAAAGTTGGTCTTTGTTTTTGTTATTATATTCAAATAATCTTCCTTTTGTAAGTGTCTTTAATTGAAGTTCAGTATTCTCTCAGTATTCTCTTGACTCCTTGCTGTGGTGTCAAATGGCAGCTTGTCTGGGGTGACTTTCTTGTCTGTGAAGAGGTAGAACTTCCCTTTTGTTATTCACGTATAACTTCACCTGCTTTTGCATTAATAAAGGATTTTTATGTTTATTTTGGAAATTCTACATAATCCACAAAGTGATGTTTTGCCATTGTATTTTTATTAAACGTTTGCATTCAAAAGATAGAAGTGCAATATAGTATCAATAGTAACTACAATATAGTCCCTCCTGATGAGAGGACAATGGCTTTCTTTCCTCCTAGATTAGATTGTGGATGTGGCTGTTCCTGGTCCATGTTACCCTACTTCCCTGGCTCTGTCTGTTCAACCCAGCTCATAGATAATCTTTTTTTTAAGTACTCTAGGTTTAGAATATATTTGGAAGGACTGAACAGATGTTAGAAGGCAAAAGTATTATGACTTGTGTATTGTCTTAGTGTTTCAAGGTTTTTGAAGTTTTTCATGATGAAAGATGCAAGCTGGTGGCTGGAAACCCTCCCTTCTGTTGGGTGGCAGGCCCGCTGCAAAGCCAGCAGCTTCCCTGCCTCAAGGTTATGCGTGTTTTCCTGACCTATCAAGCAGGCCTCCTTGAGTCATATTTTTATATTCAAGTGTAATTAAAAGATTGATAGGTTTTCTCTCTCTTCCCCCCACCCCCTCAATTTTTTTAGATTTAGATTGTGCTTCTAGGGTGGGAGCAATCAAGTACCTCTTTGAAATGCATGCAGGGGTCAGAGAGTGGTTTCCATGCCCAGGGGTGAGGGGTAGGGGGTGGGGGTAGATCCGAGGTAAAAGGTGTACCGTCTGAACCCGGAGGGAAGTATAAGATGTGCTTTCTGAAATGCATCATTTACTTTTAACTTCCCCCACTCCCACATGGCAAGCGGACCAAGGAAGGGAAACCTGGCTGCTGGTGTTTTCTTTACTGCAGAGGTAGAAGAATGAGGAAGATGGGGAGGAGCCTTCCCTAGTTAGCAGTTAGTCTCCTTGGGCTGTGTCATCAGCCCAGCTTTTCTCAAGGTCTCTCTTGTCACGTCCCTTGGGTGCCCAACAAGGTCTGAAGGGCAGCTGAGCATGCCTGGAGATTTCACCCTGCTTGTTGGCAGCTGAAGAAGAGGGGGAGGGAGGAGGGGAGGGAGGAGGGTCCAGGGAGCTGTGAGCTAGCATCCCTGGTTCGAGGAGCCTGCAGGCTGCAGGCTACCCAGTCTGTCTGCCCATCAGTAAAGGTGACTGCTTGTGAATAGGTGCCTCAGACAAAGCAGTGGGAGGGCGGAGACTGTTTGTTCTGTGTGAATCAGGCCACTAGTGCTGAGAGCATTTGAAAACCTCTGTGAAGGCCAGGGCCTAGGGACTGGCTGCTTCTGTGGCGAGTCACCTGCAGGCTCCTTGAGGAGAGGGACTCACCAGCTCACCTGGAGAGGGAGAATGAAATCCCCCACTGGTTTTGTCAGACAGCCAGACTGAAAGAGAAAAAGTCTCCGTGGGGGTAATTAGATAAAGCTTTTAAATGCTCTATTTGTTTTTCCCCTGAGCTTGCTTGGTATTTCATCCTTTTACCCCCCGCCCCCTTTTTCAAGACTGGGGAAGGATTGTTACAAAAGCAGTTGATAGGTAGTTGAGTTGCTTTTACACCCTCTCCCCCCCCCCACCCCCTTAGCTTTTTAGGCTAAGTGTCAGCCTCTGATTGTGAAGACTGTTAGCAAAACTTCTAAAGTTTACATTCAGAACAACAGGGATTTACAGCGAGGTCCATCCTGACCCCTGATTCCTAACTTCAGGCCAGCACTGAAAGCTGATGCTGGTTGGAGGAAGTTTGGCTTTGAGGACTTAGCATTTAATATTTACCGTGGGTGTCTCTTTCTGTGGTGGTGCTTTAAAATAAGGTCAGGCCCTTTTGGAAGTAATTCTCCGCTTGAATTTGGAGGCAGGAGGGAAGTAAACAAGCACAAAGCCCATTGGCTGCGCTGCTGCCGCTGCTGCTACCGATGGGGATTCGGTTATCCACGCACGCCTCTCCTACCTCCCATTGTAGGGAAG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CTACCTGAAAGGGGTTTCAGTGGTCTTTCTGGTGACTTGATAGGCACAAGAGCGTTGAAGCCACAGAATTCAGATGGAGACCTGTTGCCATCCCACAAGAGCAGTGGAACATTCAGCAGATAACAGTCATTACTATATAGGATTTACAGGAGGATTAAACACATATAAACTGCTTACTGCATTTCTGACATAGAACTTTTGCCTCAGGATATGTCCCCAGCTGTTCTCTGGAAAGATCATACATGAATACAAGCAGGCTTCTGGTATACTCTTAAGTTGAATTCTGTTTTCTGTAGTCGTAGTCTTGTCTTTTCCAGTTTTAAATTCTAGAACAGGTATACTGTAGAGCACCCGCCTCCCCTTGCTCTGGAGGTAGGGTAGAGTGGGAGTTAAGGTCAGTTCCCACCCTAAACCAGGTGACCACCATGCACTACAGGTAGACAAGGGCATTTGCTTCTCTCTTGCTCTCTGTCCACACAGGCACCTTGACCACTTACGCCGGCTTTCCCTAGGCTGTTTGGTATAGAGTGATACAGGCTTCTGCTAAGCTAGGCAAGAAAGTGATGGAATACAGGACCTGGTAGCCAAGCAGAAAAACAATGTTTAGGAAAAGTCTGGCCTGCCTGGGGAAAAGGCCAGGGACTCGCTCTTCTCACAGCCCAGTGCCAAGGGCCACCCGTGTTCCCCTCCCAGGGGAGGAGGGTGCTGGGTGACAAATGGCTGCCAGGTGGCAGCTGCATCTTGGCCTTGTGAATTTGGCAGTTGTTAGATACTGTCTGTAATATGTGCTTCCTGGAGAAGAGCCGCAAGGAGCGGACTCAGCTTCCTCCGTGCAGTGTGCTTATAGGAGAGCCTGTGATGCGGGAAGGTGCTGCCTGCCTCCTTCCCGTGAAGAAGCAAGGAGGCATTAGAGGAAGAGTCATGACTGTGAAGTGGTTCAGTCCGGTGGGCACCTACCAGAAAACTCTCTTCCCAGCAGTTCCCATTTTGTTTTGTTTTCATCTTTATGGTGCTAGGGATAGAACCCAGGGCCTGGAAGATGCTGACCAGGGACTGAGCTGTGGAAGGAGTGTTCTCCACTCGCTCTTCCTCCCCCTCCCTCCTTCTCTGAGTCCAAGAGGAGGCGTGCCTCAGTAGATCCTGAGCTAACACTAAAGCTGTAGGAAGCAGTAGCCATGCTCCCTAACTCTTCTCCCCCCCTCTGCCCTTTGTCACACATTCCTTATTGCCCAGGAGTGGCAGAGAGGAAGGCACAGGGAGGTTGCCCAGGTCCACAGAAATCCTGGCCAAAGGGCTCCACTCTCAATGTGAATTTCCAAGGAGTAGCATGGGCTTGGAGAACAGCATTTGCTGGAGACGAGGCATGTAGGGTCCAGGACTACGTGGTCTACCCATGTGTTGCAGTCCAGCCCTACCCGGTCTGGTGCTTATATCCAAAATGTTTCTCCAAAGGGACCCAGGAAACAGGCCTTGTGTAGATGGCTTCCTTTTTCTCTTCTCATATTTAGTTGTAGTAAGTAAACACAAAGCTAGAACTAGATTCTGAGTCTCTACTTCAGTGCCTCCGTGTTTGTTCAGAGCTTTGCTAGGCCAGTGGCTCTCAGAAAGGTTGGTGGTGGAAATCCTGGGGTGTTTGACCTTGTTGACCTTCACGAGCTGGTTCTCAGGGCTGACTAAATACACTCTCCCAGAGAACTGTGAGGAAGGGCTACCAGGTCTTCCCACAGAGGCGTCCGTTTGAAGTTGAAGCCATGAGTTTTCATTTCTGGTGATAGGCTAGGCTATATAGGTAATTGCCAACTTAAAGCTTTCAACTTGTACAGTTTGAAAAATAGCTTATGATGAAGTTATTACACATTTGGTAGAATGCATTCTTGGGATTTTGGGTTTGGATCTTCTCTCCCATTAGCAGTGGTCTGATCCTTTCTCTTGATGCTGACCAGATCGCCACAGTTTTATTGCAGTCTACAGTTGGGTCTGGAGACAACTGATGCTCTGTGATGCACTATGTATGTTACTAAGCTTGGGGGGTAAGGTGGACTTAGATTGAGGAGCACCTGTGCACTTTGAGGTAGGTAACAGTGTTCACACGTCAGCTTCAGTTAAGCTTCTCACTGTCTAGATAAAATCATTAGTAAGAGTTCCTTTAAATTATATTTGTCTAGTTAATCTATACTACCTAACTACTGCCCTTTGTCTCCTACTTTTTTAAAGAGACATTTGTTTTATGAGCAAGTGTGTGAATGTATTATATATACTGCCATGCAGATGCCCTTAGAGCCCACAAAAGGGTATTGAACCCCTCTGAACTGGAGTTCCAGGTAGTTGTAAGCCCTGCTATGTGGGCACGGGGAACTGAACCAGGATCCTCTGCAAAGAGCAGTGAGTGCTGTTAGCCATTGGGCTATCTCTCCGGCCCATCCCCTACTTCTGATATACATACCTGGTTGGTTTGTTAATTTGTCACGACTGTCTGCCCTATAACCCAGGAGTGTGGACTCCTCTTATCCAAGCCCACGTACAGTTTGTGTGGAAGTAGACATAACCTGGAAAACATGGGTTCTCCTGTTGATGGATACGTTGGAATCAGCCATTCCACAGGACCGGGCCATTAAACAATTGAAGTTGACCTGTGGGACTTCCTTTTAGCCTCCCTGAACTTCATTTGAAGGCCAGGGTCCCATTGCACAGCCAGAGAGTTGTGTCTCCTTTGAGCCAGACCTGCCTTGTTCCTTTGACCAAGGAAGAGATGAGGAGGAAGGGGAGCACTCCTTTTTTTTTCCTTGCCCAGATACAGATGAGAAATGAAAGACCAGGCCTTGGGTAATTGAAAGACCTCGTGCTAAGATTGTTGAGCAATCAGGAGAGCACCTACACTCCCAAACGCTACACCAGAGAGTCACACATTTTGTCCAAAAGAAACTTAACAGAGTTCAGAAACTTTACATCAATTTGTTCTCCCAGATAAATCACCCAGTATTCCAGGGGCAAATGATGTCACTCCTCTAAGTAATGGCTTCATCTGCATAGCAAGGTTAATCCTCAGAGATATCACTTGATGGTGATGCTGCTTTAAAAAAATTATCATTAAATATGATAGCAGAGTTAGATATGTCTTCTTGCTTGGAATGAAAAGGCCTGAGTCCATGAGAGTTAAAGAGGTGTCATGCACACTTATGGGCAAGAAACAGTAGAGTGGTAGCCATGGGTACTGGTGAGTGCTGTGAGTGCACTAGACCAGAGAACAAACTTGGGCTGAAGCCTGGGGGGCTGTTGAGTGATGGGTTAAAGACTTCTCATTTCCTGTAGTTTATTGAAAGAAGTAGAGAAGACAACTAGAGAGGAAGATCATGCATCTTTCTTCCATCCCTGGATGCCCCTCTCACCCATTACCATCATGCTTGTCTCTCAAATACACTTGAACTGTGCAAAACTAGGCAAAAATACACGCCCAATCTCTTAGCAACCCATCTTTACTCAAAAGGAAGCAATACAGAGTTGACTATAGCACCCCACAGTGCTCAGTTAAGTGGGGGTTGCTGCTGCTGCATGATGCTTGGGCTTCCTTCATTATACCAACGCCTGTGCCATTGGGGTGGGGCTTGGTGACTTTCATGGGTTATCACCCTATCCAAGGCATAGCCTAGCCCCTAAGCCAAGAAACACATCAACTTCCTGGAACTCAGAGAGAGAGCTACCATCTCTGCTCTCTCTGCCTTCAGAGTGCACACAAGGCCATCCTGGTTAGCAGACACAGGTTTGCCTTAGACTTGGGGGTTGGCAGTCTTGGATTTGGTGGAACATCTGGTCAGGTTAGGTTCTGTCTCCAGCCTAGACCATCCTTTAGATGTTTTTTGTGGCTTGTCAAGTGCTACAGCCATTCTCATATCTGAGCTTCTACTCTTTTTAGCTTGCATCTTGTTCTGGATTGGCCTGATCTGGTTAGGTCAGCGCTCTCCTCACACATCCCTGACAAACCATCCCTTGTATTTGTGCATATTATAGGGGCTTGCGCTGTAGCCTTTTCAGTCAAGTATTATAAAAGGCCAAGGCATCTCAACTTACTCCGTATTTCATGGGAGCCCGAGGACAGATTTTTTAGATTTCCTCTTCAGAAGCTGGGGTACCACCCTTTACTTCTAGACCATCCTTGCTTTTACCTTTCAGCTCTGTGGCTATCTCCGTAGACCTGGAGACAGGCTCCTTAATCTTCTCTTTCTGGCTTTACATAGCATTGTCCCTTATCTAGGGGGGTCGGAGGTGGGGCTGGCCTCCCCCTGCCCTTCCTCCTCCCGCAGAGACCTCTGCCTTCTGTAAGATATCTCGCCTCTGACTTTGCACAAGACTTCTGGGAAGGAACATCCAGTATTCAGCATCTCAGACCCACCCCCAAATGCTATAGAAAGTCTTTGTCACATTTTTCTCTTATAGGACATAACTAGAAATAACCCCACCATCCCTCCATTCTTCTGAGGTAGTGGTGATGGAGGTAAGAAAGAGGTATCTTGAAGTTCCTTTTGAAAGACCGCCTTGTATATTTCTATCCTGTAAGCTTTGTGGCTCCGATAGACCTAGTGGAACTCACCTAGGGAGGTGGCTCTTGTGATCCAGCTCACCCAAGTCACTCCCATCCAGCGCTAGAGATGCAGCTTTCAGAGCCACTCTCAGCCTGACCCTGTGCTGGGAGCGCGTCCTTCCCCCTCAGTCCTTTCTGCTTATGGGGAAGCTACCTGGGCCTGCTTGCGTCCTTGAGTGTCTAATGGAAAGAGAAGGAACTGGGTCTAAAATAATTTTAATGCGATTTTTAGGTTCTGGAAATTTTTAATTCCGATACTTGTCTCCCACTCAAGCATACTTATAGTTGACTCCATGTATTTGGAGATCTTGACAGTTCAAAAAAAAAAAAAAGAAGCTGCTCCTTTCTAAGACTATGCTACTAAACTTATTATATTTTAAAAATTGCTTGCACTCTTACTGTCATTATTTTTTTCTTCAGTGGT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Seq C2 exon
GTTGTTGCAATCCTGTGCTCCAGAAGTGGTGGCTTTGAGGTGTGACCCTGCCCACATTTGGGCCCAGTCCTCACCAGCTCCTCGGCAGAACGAAGAAAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000039087-Rreb1:NR_033615:1
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact





	

	
5' UTR





No structure available

		

			
Features


			

				
Disorder rate (Iupred):
  C1=NA A=NA C2=NA
 
                        

				
Domain overlap (PFAM):

					





						

							
C1:
NA

							
A:
NA

							
C2:
NA

						

					

				








    
Main Inclusion Isoform:
NA





     
                   









    
Main Skipping Isoform:
NA





     
      









    
Other Inclusion Isoforms:
NA
          









    
Other Skipping Isoforms:
NA
  



Associated events






Conservation


Human
(hg38)
chr6:7108061-7176654 
ALTERNATIVE
HsaINT0143328
(RREB1)
Human
(hg19)
chr6:7108002-7176887 
ALTERNATIVE
HsaINT0143328
(RREB1)
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
chr23:47959397-48018911 
Chicken
(galGal4)
chrZ:7764482-7766286 
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected




Primers PCR

	

		

			
Suggestions for RT-PCR validation

			

				
F: 
No suggested primer sequences

				
R: 
No suggested primer sequences

				
Band lengths: 

			

		

	





	
Functional annotations
(Submit an annotation)

	


There are 0 annotated functions for this event 


		










GENOMIC CONTEXT[edit]












INCLUSION PATTERN[edit]






SPECIAL DATASETS
  • Pre-implantation embryo development






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