MmuINT0179822 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000057396 | Zfp759
Description
zinc finger protein 759 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2446280]
Coordinates
chr13:67229164-67237780:+
Coord C1 exon
chr13:67229164-67229250
Coord A exon
chr13:67229251-67237653
Coord C2 exon
chr13:67237654-67237780
Length
8403 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTTGGT
5' ss Score
6.36
3' ss Seq
AATTTTATTTTATTCTACAGAAT
3' ss Score
8.55
Exon sequences
Seq C1 exon
AAATTTCCATATTCTTTCGTCAAAGGTCGCTTCTCAAATTTGTGCAGTTGTCCTGTTGAGCGCTGCATTTGGATTTCTGACATGGAG
Seq A exon
GTTGGTGCAGGGAACAGCACCATCTTGCAGATATGAGGGACTGTGCAGGGTGGCGGGTAGGGCACGGAGAGTGCCGGCTTGGGCTTGTTGTGAGACAGGAAGCTGCTGACCTGGAGATGCTGTGCTGACCTAGGCTGGGTCACTGTCCCTGGGCACAGGTTTGATGAGGAGAACGTTAGAAACTACAGGATGGCAAGGGCAGGCAGGGTCTGCACACTGCCTGTGCCTGCGATGCTGACCAGAGCTCAAGCATGTTTAAAGGGAAACGTGCTCGGCCTAGTTGACCCATTCTCACTGGCTGTAGTCAGATTCTCTGGACATACAGAACACGGGGACATCTACCGCCCCCTATACGTCATGTCCTGGAGACTACTCCTTGTTTGAGTTCACACAGCTTTCTAAAGTTCCTAGTGTCCAGGGACAGAGAGTCCTGTGACGGTGATTGTTGTGTGGGGTGTTAATTACTTTTCCTTTGGAATGAATTGTTAGATTTATGGATGCCTTGGTTAGAGTGGGAATTTCTAATAGACATCTCAGTGACATGATTCCTCACAATACATGGCTGTATAGCCACAGAATAATCTTGTAATTGGTAACATCCCGTGTTTGCACAATCTATGTAATTATGGATTTTACACAGATTAAAAATGACTAGACAGTAATACCTCAACGGTTCTGAGTATGTTTGTGTTCTGAGTATGTGTTCTGTCCAGTATTTGGACTTCTTTTCAGATGTGAGAGATAGATGACTTGGTGTGATGAGAGAAAGATCGCTGGGAGGAGCTGGAAAGTCTGAAAGGGAAGGAGGAAATATCTCTGCTCATCTGCCAGGCTCTGTACATTGTTCTCTTTAATCTGGCAGGATCTGGATATTGTCTCATCATGTGATTTTCTTATGTATGTTCCTATTATTGGCAGTGTTCGAACTCTCTTAAATTTTCCCTGTCCCTCAATGTGACTTTCAGGTTTACTGATGCACCCTTAATAGTTTTAGGAAGAAGTCTTCAAATTTTTCAACTGTATTAGAAAGGCTGCAAGATAAATTTCAAAACCTGTGGCATACTTGGGAACTTATGATTTGCATATAGTAGGTTCCTGTTCATGCAAAATGCATAGTTGTCCTTTTGAAGAGTTAAGAGAATAGTTTAGTCCAGAGCCATTTTTGTAGCCATGATCTGAGAACACAGGTTTAATTAATCCAAATTCCATGCTCCAACATGAAATCTATTTCATGGTTTTACAGAACAAAGAATGTCATTAACCTAAGAAAGCTTAAAATACATTGGTGTAAGTCTGATAGAGGTATGTATATGTACCTTGAGATATGGGAGATATTCTATTCACCTAAGATACCATCTGCTGAGATTTTAGCTTTTGGGTTGATAGAATCTCATGTTCTGCCTAGTCAGTGGATTCTGAGAGGTTTTTATCTATTAACAAGCTGTGTGGTCCACTACATAGTGAGGCAAGGACTGTCCCTGAAGGGAAAATCAGCCCAAGACAGCTAACCCTGAACCTGCAGAATTCCAGGCTCTGCCCCTCAGTGAACTTCCACGTGGGCCATCAGTCTCTGCACACACAGACTCCTTACAAGAGTTTTGCATTCACAACATACACACAGGTTTTCTTTGTGTGTTTGTTTTTTCAGGGTTTCTTCTCCACATCCCCTCCTCCATCTCAGGCGATCTTGCTTATACTGTCCTCAGTCAAACCAAGCTTTAGTGAGCTGGAGATAAACAAGATAAACAAGATTGAGGGACACTGGATCCAGCTAACCAACAGAAACAGGACCCAAATGATTAGATTCAGAAATGAACAGGGAGATTTTACAACAGATACCAAAAACTTCAGACTATCATAAAGGGATATTTTGAAAATCTGTCCAGTGTAATTGGAAAATCTAAAAGACATCACTCATATCTACTTGTTGTAGACAACTTTGTACTGGCTAGTTTTGTCTCAACTTGACACAGGCTGGAGTTATCACAGAGAAAGGAGCTTCAGTTGGGGAAATGCCTCCACGAGATCCAGCTGTAAGGCATTTTCTCAATTAGTGATCGTGGGCAGGGGGGGGGTCCCTTTGTGGGTGGTGCCATCTCTACATCAAGCTGGTAGTCTTGGTTCTATAAGAGAGCAGGCTGAGCAAGCCAGGGGAAGAAAACCAGTAAAGTAGCATCCCTCCATGGCCTCTGCATCAGCTCCTGCTTTCTGACCTGCTTGAGTTCCAGTCCTGACATCCTTTGGTGATCAACAGCACTGTGGAAGTGTAAGCTGAATAAACCCTTTCCTCCCCAACTGCTTCTTGGTCATGATGTTTGTGCAGGAATAGAAACCCTGACTAAGTTGGATTCATTTCTTGATTCATTCTTCTGGCCTGTATCTCGTGAAAGGAGAACTCTGGGTGGGCATCACTTATTTTGGTATGTGAGTGTTCATTGTCAGTATGTCCCACATTTTCAGTGTTGTTCGTGTTCTCAGTGGCCCTTTGTGGTTTTGTAATTGTGGCTTCTGATTCTTTTTCATGGTTTCTTGGCTATGCTCATCTCTCTTGTCAGCCTAAAATGGTGGTTTCTGTATTTTCTTTATGTTTGATTTGTAAGATACAACTTTGTAATGCTCTTTATTATGTTTTTCTGTCTTTTTCAGTCGCTGCAGATAGTTGTGCAGTGTGCAGTGTCTTAAGTTGGATATCATTGTCTTTTAGGAGTTGGAATGATTACTCCAGGCTCTTCTGACTTTCAAAGTTACATAGAGGAATTGCCTGATATCCTAATAAATGTATTCTTTCACTTGCAGATTTCAGTATGACAGGAGGAATTTATTTTCTGATCTTGTCCAATTAAATATTATGTGTGCTTTTTATATTATTATGGGTGTACCTTTCCTTACTTTAGGGATTTCTTTTACAGCCTTCTTGAGATCATATCTGTATAGTGGTAATTTAGTTAACCTGCTCTGGATTTGACAATAACAGACACACACACACAGGCACACGTGCATGTTCAGGATCGTTAATTTTGATATTCCTTGGCTAGCTCAATGGTTGAGTACTTCTAATCTTCCCTGCGCCTAGCATATATTTCCCTCTGGAGTTTCTGGTTTAACACCTTGTAATTCTATGTTTTATCTTTGCTGTTCTATTACCTTCTGGCAGCTGGCCCCATAGGGCTGCTTGCTCCTTCCACCTACATTTTGGGTGGTTTTTCTTCCATAGCTCCTGAATCTGAGCCCTCTGCCTCTGAGTCATGAAGAATCTGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCTCTCATCTGTCCCAAGCCCAGGAATCCTAAAAGTTCCACCTCTCGCTGCCCTGCCAGCTATTTGCTGCTGCCATCTTAATTTATCAATTAGAACCAACGGGAGGGCAAGGTCATTATTGTCTCCGGAGCCTACAGTTGTGTAAGCTGTTTTGGGAGCCAAAATTAACACTAGAATACAAGCAGCATGAGGCCAAATCCACTTCTTCTATGAAACTTCCTGGTCTTTTCACCTTGTCTAACATTTCCTGCATGTTTCCTTCCCACAGATTTTTTTGTTCATTTATTTCATATGCTCTGCTTATTTTATCTAGAACATCCATTTTATTTGTAAATACTTACACGCTATCTTCTGCCAATTTATTCTATTTTTCTATTTTAATTCTATTTATTCTATTTTAAGTTTTTCTGTTAAGTTTTCTGTTAGGATTACTGGGATAGATTTTGGATCATTGCTAGCAGAATCCTCTTCAGTGTTTCTCTTTATTGAATTCCAGTTTCAAATCCTGCATTGTGTTGTCATTTCCATCCTTCTAAAGCTTTTGGCTTCTTGAGCATCACAGAAGCATTTATTCTCCTGAAGGTCGCTGTCTGCTATGGCACTGAGATGCTTCTTTGTGCCGTTTTGAAATGTTTGTAGTCTTTGATGAAGGTTATGACTACTCCTAAAGTCTGTGTCCTAGTGCTCATCTAAGCCATGTGTAATGGCAAGTATTTCTATCAAGTATGGTGGTGGGATTAAATGCCAGCATGATCTTTTATATTGGTTATTTTTATATGAGATCTGGCCTTATGGTTTTCAGGAGAAAATGCAGGCATAACCTAGCAGTTACTGTACCTGCAGAAAACTTAAATGTTGTTTGTTTGTTTGTTTTGTGTGTTTGACAATATAGCAGCTTCCTTTATCCTATTATATTCCTTAAACCCAAATTCATTAGTTTTCTTAATATTCTCCTCTTCTATGATTTTAAGGTCATCTTAAAGTGGTTGAATGTGAACTCCATTCATTTGAATGAACCTTAATTAAATCATAAAAGTAAAATAATCAGGGAATTGTGGTACATGTAGTTAATTTTGGACACTATTCAGTGCCCTACAAGGATGCAATATGGTTATTTTTGACAATATAGATGATGTTAGATTTGGGAGCTCAGTCCAAAGAGAAGAAAATTAGGAAAGCGGCTGAGAATAAGAGATAGGGCTGTTTGTTAGTACACATAGAGAGGGGCACCAACTCACTTGGAAGTATGAGATGGGGGATTGAGTGAGGGGAGAAACCTGGCTTGGACCTTTTAGAGCAACAGGTGAGGGGCTTGGGAATGAGGAAGTTGATGCAGCTCTAGGAGCCCCCTGCAGGTCTGCAGTCTCCCCTTCCTGGTGTTGTCTGCTTAGGCAAAATAGATTGTCTTGAGAGATAAGAGGTCCCCAAAAATCTATTCCTGGATTGTAGCAGACAAGTAACGTTTAGGCAGGTCAGCTGTATTCACATAGGAATCCTGTGTTTAAAAGCAAGAAATCTAACCAACTCAGTCAGATGTTGAATCTAAAGTTGTAAATCATGTGAGAGATACAATTTTTATTCCAGTAATCTCATGACTAGGAAACCTTGAGGAATATAGATCAATAGTTATTCGTCTTAATTTAGATAAGATGATGGA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Seq C2 exon
AATATGCTGTCATTCTGGGATGTGGTAATATATTTCTCTGCAGAGGAGAGGGAATACCTGGGTCCTCCTCAGTGGAAATTGTACAGGGATGTGATGCTGGAGAATTACAACAACCTTGTCTTTCTAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000057396-Zfp759:NM_172392:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0135222=KRAB=WD(100=95.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: