Special

MmuINT1014178 @ mm10

Intron Retention

Gene
ENSMUSG00000089959 | Gm16268
Description
predicted gene 16268 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:3826557]
Coordinates
chr10:86839094-86872148:+
Coord C1 exon
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Coord A exon
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chr10:86871700-86872148
Length
32235 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTATGT
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GCTTGAAGCAACAGGATCACAAGGCTTCAAAGTCATTGCCTCTAACCAGACATCAGATGAAGGAAGGACGACACAGATATCACGTCTTGGAGAGTGACAATGGGTTACCTACCAGAACCCTGCCGGAGGCACCTTTGGGGGTGATAAGCAAGTTTTGGGGAGACAACAATGTGTCTATGACGTGGATGACTCCGTTGGTGCTGATAATGTCACTGGACAGAACCTTCGCCTTCTTGTTTATGAGCACAGTGTCCTGAAGACAAATGAGACCAGCGAAAGACGTGAGCACAGAGAAACTCCAGAGTCCTTCCCTGCAGAACTAACGCTTCCCGGATGTGCAGGGAAGCTGGGTACTCCAAGGGCAGAGCCTGAAGGCCCATGTGACAAGTACATTGCTTATTATGATCCTAAAGGGGCATGGAGATGAGAATGCAGTCTTCACCCGTGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000089959:ENSMUST00000159445:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact





	

	
NonCoding





No structure available

		

			
Features


			

				
Disorder rate (Iupred):
  C1=NA A=NA C2=NA
 
                        

				
Domain overlap (PFAM):

					





						

							
C1:
NA

							
A:
NA

							
C2:
NA

						

					

				








    
Main Inclusion Isoform:
NA





     
                   









    
Main Skipping Isoform:
NA





     
      









    
Other Inclusion Isoforms:
NA
          









    
Other Skipping Isoforms:
NA
  



Associated events






Conservation


Human
(hg38)
chr12:103763819-103766734 
ALTERNATIVE
HsaINT1033443
(RP11-341G23.4)
Human
(hg19)
chr12:104124227-104161046 
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
chr5:67739704-67784939 
Chicken
(galGal4)
chr1:54928238-54943811 
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
chr4:3672707-3673039 
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected




Primers PCR

	

		

			
Suggestions for RT-PCR validation

			

				
F: 
No suggested primer sequences

				
R: 
No suggested primer sequences

				
Band lengths: 

			

		

	





	
Functional annotations
(Submit an annotation)

	


There are 0 annotated functions for this event 


		










GENOMIC CONTEXT[edit]












INCLUSION PATTERN[edit]






SPECIAL DATASETS
  • Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
  • Neural differentiation time course
  • Muscular differentiation time course
  • Spermatogenesis cell types
  • Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
  • Hematopoietic precursors and cell types





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