MmuINT1021501 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000037315 | Jade3
Description
jade family PHD finger 3 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2148019]
Coordinates
chrX:20435211-20460572:+
Coord C1 exon
chrX:20435211-20435298
Coord A exon
chrX:20435299-20460515
Coord C2 exon
chrX:20460516-20460572
Length
25217 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAATC
5' ss Score
7.05
3' ss Seq
ATCATTGTTCTCTTTCCCAGGAT
3' ss Score
10.17
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
GTAATCGCTCTTTAGGACTGAAATTTATTATATAAAATGTAATGGTCTTCAGAAATGTGGGAAACTGAGTTAAAATGCTCATTTTTGTGCATCACAGGGGTGGGTGTGTATTCCTCTTGAAATTTGGGTGATGGCAGAATCTTAGGTTTCCTTATTTCTTCCTAGGATAAAAATTTAGAATTCCTGATATTTAAGTCAGGAGCTTGAAAAGAGCTGTCCATATTTATAAACATAGTATTTGACTTAGCACTTTATCCAAGACTTAATTCAACAAATACTTATATGTTAATTGGAATATTGCTTATAGTAACAGAAGATTAGTGATATATTGAGTACCAGTCAGAACTTAGTTACATAAAACAGTATTGTTACATTGTATATTAGAAACAGAGTAGAGCATGCATTACCATTTATGTAAAACAGATAGTAATGGCAAGAATATGTAAATTTTTGATTACATAGACAGGCTGTTTAAGCACTGACAGTTTCGGGGCATGAATGACCTGGACTAGTGGTTGAGAGTGAGATCTTTCACTGCGTAACCTCTTCTGTATATACCTTTTGAATTTTAAGGTGTGTTATTTTCCTATTTCAAAATTTAAATGTGGGGGCTGGAGAGATGGCTCAGCAGTTAAGAGCACTGACTGCTCTTCCTAAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCATAGCCATCCATAATGAGATCTGATGTCCTCCTTTGGTGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTACATATAATAATAAATAAGATAATGAATAAAATCTTTTTTAAAAAAGTTAAATGTGTTTTTAAGAAGAGCTGATACATAGTTATAGGAATTCCCATGACTCCTTCCCAACTTGACTTGATGAGATTAAAAGAAAAAGAAATTCCAGGTAAGATTTTTCCCCTTGAAATGCTTCTTGGTATAGTTCTGACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTGGTGCTGGGGTGGGCATTGAGCCTATGCAGATTTTTCCGGTTTTCCGTGTACTACATACATACTATACCACTGAGCTATACCTCCAGCATTGAATTATGTGTGTATGTAGACTAGAGGAAATTGATGTGATAAATAGTAGTTTATAGGTCTTTGTGTGAGCATAAGTTTTCAGTTCCTTTTGGATGAATACATGGGAATGGGATTACTGATGTTTATCTGACAGAAATGGACACACTGTCCTCCAAAGGGGTTCTGTCATTTCGGATTCCAGTAAGCCATGGAAGGGGATATGTGTTGAAGTTCATTTTCCTGCATATGGGATGTTTTTTGGCATCATTTGTTAAAAAGTCTGTCTTCTATTTCTTCAATTTTCTTTGCATCTGTGCATCTATTTCTGAGCAACTCCGCTCCATAAATCTGTGTGTTTTAACCATTTTTCCATTAATTATACTACCTTCTTTTCTTTGCAGTGCTGAGGGTGGATCCCATGGACTAAAGCATGCTGGGCAAGTGCTCTAGCACCGAACCTCATCCCCAGCTATGATATACTATGTTCACATACTTTCTCAAGAACTATAGTTTTGTATACTTCCTTAAGTACTGTAATTTCGTAGTTAATCTTGAAATATGTAAAATTAATACTCTGATATTTTCCTTCTTTAGAAATGTAGTGAGAAAGGATCACTTAATTTGTTGCCATCTCTCATTAGGAATAATACTGGCTGTAGAATTTTGGTTTTGGGGTTTTTTTTTTTTGTTTGTGTTTGTATAGATTTTTTTCTGTAGAAAGCAATTTACCTTAGTAGATTTGAGGCTGTTATCTTAGAAGGCTTGGTTGTAAAATTAGCCTTTGGCTGATGGATGAAAAATTGACTTCTTAAACATTTTAGAAAAATGTTATAACTTACCTTCATTTGTTCCCTTTCCAGTGCTCTTTATTTCTTTTCTTGATCCTAGTTTCCCAACTTGCTTAAAGAATTTTCTTTAACCAGACAACATTCTACTATGGAGGGGAAGGAAGAAGATCCTACTTCTAGTTGAGCTATTGAGAGTAATGGCTACTAGGAGGAGAGTCAGTTTTCTTTAGAAATGTGGTCCCTAATAGATTATCCATGCTTTAGTGGATGGCCCTATACACATGCATATATGAACAGCACACATTGGACTTTAAGTGAGTTAGTTTTTTTCAAAGCATATGAAGTTGGAAGAGAGGTAAGGGTAGATCATGGAGGAGTTAGAGGAAAGTGTAGGTGGTGAATATGATCCAAATACATTGTATGTATGTCTGGAATTCTCAAAAGAATTAATAAAATGTTATATTAAAGTAAAACTTAATTTTAATGAAAAGCGGATTTAAAACATTTTTAGGGTAGGTCTGATGGTAGTATATTGTTTTTCTTTGTCTGAGAAGGTTTTCATACTCTACTCACTTTTGAAGGTCATTTGTGCAATATAGAATAATGGCTGGAAGAGATTTTCCTCCTCCTTCAATATATTATTCCAGTGTTGCATATCATCTAGTTAAGTGTGGCATAATTATTATCCTTGTGTACATCTAATGTCTCTCTTTGCTTCTGACAACCTTAAAGGTTTTCTTTTTACCTTTGATTTTAAGCAATTTGAATATGATATACTTAGATGTGGCTTTATATTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCTCTGGCTATCCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTAGGACTAAAGGCGTGCGCCACCACGCCCGGCTTTTATATTTTTTCTTATTTATCCTGTTTAATAGTCTTCAAACTTCCTTTATCTGTGGTTTCTGTGTGTAATTTTCAGCTATTTTTTCAAATAATTCAGCTTTTGTTTTGTTTGTCTGGGATTCTAACTCCAAGTTAGTTATACTGTTAATGGCTCACAGTTCTTGAATGTTCTGTGCTGTTTTAATTATTTTTGCCTGCATGTATGTCAGTGTACCACATGTGTGCAATGCCTGTGAAAACCAGAAGAGAGTGTTGAGTTCCCTGGAACTGGATTTACAGAATGTTGTGGAGCCAGCATGTGGGTTCTCAGAATCCAACCCAGATCCTCAGCAAGAATAACAAGTGCTCTTACACACTGAACCATCATTCCAGAGTATGCTGGGTGGTGCTGGTGGTGCTGATGGTGCTGGTGGTGGCAGTTATTCTCATCCTCTTCTCCTTCCTCTTCCTTCCCTCCTCCTTTCCTTCCTACCTCACTTCCTTCTTCTCTTTCCTCTTCCCTTTCCTCCTCCCTTTCTCCGTCCCTTCCTCTGGCCTTTCCTCCCTTCTCTTCCTCCCTTCTCCTCTTTTTTCCTTCTCTTTCTTCCTTCTTTCTTCTTTCCTTTCTTCTTCTTTCTCCATCCTCCTTTGTTTTAATTTTTAGTGGCCTGATAAATAAACATGACCTTCAAGCTATTGTTTTCTTAGTTGCATCAAATTTAGTGTTGAGCTCACTGAGTTACTAATTTTTAAAACTTTATTATTTTTAGTATTTGTATTTGCTTTTTTCTCCTAGATTCCATTTCTTTGCTGAAATGATCTATCTGAACTTACATATTATCTGCTTTATTCATTAGGCTTTTTAAAAAGGATTTATTTATTACTATAAATAATTACACTCTAGCTATTTTCAGGTACACCAGAAGAGGGAGTCAGATCTCAATACAGGTGGTTGTGAGCCACCATGTAGTTGCTGGGATTTGAACTCAGGACCTTCGGAAGAGCAGTCAGTGTTCTTACCCACAGAGCCATCCCACCAGCCCTCATTAGGCTTTTTAACATGAATCATAATTCTTTAAATTTCATTTTTTGATAGTCCCAACATCTACTATGGTATTTGAACCCAGTAGTGCCTTGTAATTTGGGATATTTATGTACCTTTTGATACACCTTGTGAACATCCTTAAAACAGCACATCAACAATAGATTCTGATAAATTTAAATTTTCATTGTTATGTCTTCCTTTTCATTTCTGATTTTATTAATTTGGATACTGTCTCTGTGTCCTCTGGTTAGTCTGGCTAAGGGTTTATCTGTCTTGTTGATTTTCTCAAAGAATCAGCTCCTGGTTTTGTTGATTCTTTGTATAGTTGTTTTTGATTCTATGTGGTTGATTTCAACCCTGACTTTGATTCTTTCCTGCCATCTTCTCTTCTTGGGTGTATTGCTTCTTTTTGTTCTAGAGCTTTCAGGTGTGCTGTCAAGCTGCTAGTGTAAGCTCTCTTCAGTTTCTTTTTGGAGGCACTTAGAGCTATGAGTTTTCCTTTTACCGCTGCTTTTATTGTGCCCCATAAGTTTTGGTATGATATGTCTTCATCTTCATTAAATTCTAAAAGGCCTTTAATTTCTTTCTTTATTTCTTGACCAAGTTATCATTGAATAGAGCCTTGTTCAGCTTCCAAGTGTTTGTGGCTTTCCATTGTTTTTGTTGGTATTTAAGACCAGCCTTAGTCCGTGGTGATCTGATAGAATGCATGGGACAATTTCAATATTTTTGTATCTATTGAGGCCTGTTTTATGACCAGTTATATGGTCAGTTTTGGAGAAGGTACCATGAGGTGCTGAGGAGAAGGTATATTCTTTTGCTTTAGGATGAAATGTTTTACAAATATCTGATAGATCCATTTGGTTCATAACTTCTGTTAGTTTCACTGTGTCTCTATTTAGTTTGTTTCCAGGATCTGTCGAGTGCTGAGGGTGGGATGTTGAAGACTCCCACTATTATTGTCTGGGGTGTGATGTGTGCTTTGAGCTTTAGTAAAGTTTCTTTTATGAATGTGGGTGCCCTTGCACTTGGAGCATAGATGTTCAGAATTGCGAGGTCATCTTGGTAGATTTTTCTTTGATGAGTATAAAGTGTCCTTCCTTATCTTTTTGGATAACTTTTGGTTGAAAATTGATTTTATTCGTTATTAGAATGGCTACTCCAGCTTGTTTCTTGGG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Seq C2 exon
GATGCACCATGATGAAACGGCATAGACCTGTCAGCAGCAGTGAGAGTTCAGATGAGT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000037315:ENSMUST00000115384:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF105134=EPL1=PU(1.2=11.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types