MmuINT1024527 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000063972 | Nr6a1
Description
nuclear receptor subfamily 6, group A, member 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1352459]
Coordinates
chr2:38872595-38885237:-
Coord C1 exon
chr2:38885196-38885237
Coord A exon
chr2:38872640-38885195
Coord C2 exon
chr2:38872595-38872639
Length
12556 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTAGTAAGT
5' ss Score
8.78
3' ss Seq
TAGTTCTTTTTGCTTTGCAGATG
3' ss Score
9.29
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTTCTGTCAGGATGAATTGGCAGAGCTTGATCCAGGCACTA
Seq A exon
GTAAGTTCTAAATGTTACCCAGTGTTTACTCACTGTTTGTTGGTAAGAAAACGTGTGACTGTGCACTTAAATATGTCAAACTTAAGGCATCTTTGATACTCTTATTTGAATGGCCCTCACATTGTATCTTCTAACAATCATAAGAATGATAGTCTGTCTGTCCCTCTTTCCTGTCCTTTCCCCTCTCTGCATCCCTTCCTTCCTTCCTTCGTGTGTGTGTGCGTGTGTGCGTGTGTGCATGTGTGTGCATGTATGTGTTTGTGCATATGCATTTGGAGGCCAGTTGTGTGTCCTCCTCTATTTGCTGCTGTTGTTATTCTTGTTTTTGTTGTTGTTATTATTATTAGGCAGAATTTCTCACTAATCCTGAATCAAGCTTTAGACATCCACCTGTCTCTCATTTCTCCCGTGTTGAGGTTATGGGCACACATCCATTTGCTTGACTTTTACATGGGTCTTACGGAGCTAAACTCAGCATGCTGTGCAACAAATACTTTATCCATTGAACCTTCTCTCTAATACCCTCATTCCTCTCTCCCTTCCTCCCTTCCTTTCTTTCTCTCCTTTTTTTCCCCCGAGACAGGATTTCTCTGTAACAGCCCTGACTGTCCTAGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGATTTAAAACTCACAGAGATCCGCCCATCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTACAGGTGTACATCACCATGCCCAACTACCCCTCATTTCTTGATATTTTCTTTTTCTTTGAGGCAGGGTCTTATAGTTCAGGCTAGTCTCAAACTCACTGTAGATGGTGATGGCTTTGAGTTCCTGATTCTCCTGTTTATGTCTCCCGAGTGCTGGAATTACAAATGTGTGCCGCCATGCTCAACTTTATGTTTATATTTATAAATTTATAATTGATAATCTTTGTGCCAGTTTAATTTGTAAAGCATTTGCATCTATAAAGATTAAGGTAGGCTGGGCAGTGGAGGCACACGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGTGGATTTCTGAGTTTGAAGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAAGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAAACAAAAAACAAAGACAAAACAAAACAAAAAATTAAGGTATGAGAGTGACTATTTTAAGATATCTTTCAAGACTATGAAAGTCTTACTCATAGTCATTTAAATTTCCTGTGCTCTCATACTATTGCATGAAATAATCTGGGACATAGTTATAGCTGTTAGAGAAATAAGCATGAGTTTGTCTACTGGATATTGACCTTATTTTGCTGTAGTGCTGAAAGGTTAAATGTTAATTTAGATTTAAAATTTAGGAGATGGTCTAGTTACCTTATAGTTCTAGGACTTTTAAAGAGTCACGGGGCTAACTAACCATTATATTATTAGGAACGTGATGAAACTTATCTTTTACCCACTGGCTAATATCCCTGAGAAGATGAGCTTTCTCATGTATTTTCCCCATACACCATAAGATAAATATTAATGCATGTTCAACTAGTGTTATATTGCCAAGCAGAATAAGTCCATGATATTTATCAAATGCCAGGAAGTTAATTTCCTTTTTACAAAGCCTTTAATTAATCGTGTATGTAGGGAGCGTTTGCATACCACAACATACATGTGGAAGTCAGAGGATAAAGTGTGAGAGTTAGTTCTTTTCTTTTACCATGTGTATTCTAGGGATTAAATGTGGGATGTTTGGTAGTAGAGATCTTACCCCACTGAGTCATCCTAGCAGTTTTAGACGTGATTCTGTGAAATTCACAAAATTCAGAATCAATTTTATATTATGACTACAGACTGTGTAGCAGTACAGTAGCTGAGGGTTAATACAATGTTTTGTCTCTGTTATTCTCTTATGACTAGCCTTGGGAGGAGGAAAAGGTAAATTCAGGTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTTTCTGAGACAGGGTTTCTCTGTATAGCCCTGGCTGTCTTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTTGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGCCTCTGCCTCTGTCTCCCACAGTTATTTTCTTGAGTTATGGTCCTGTTTTAGAAGCATTTTTTCAGTACTAGGAAGGTACTGGTGTTTTGTAAGCAGTGTTTCATGTGACAATACAGAAAGTACACCAAATAATTGAAAACTACATGAAACACTGTTTTTCTTTGCTCAGTTCTTAGCCTTAAATTGCACAAATGACTAAGTATAGTTCTTGCCTTTACACATTAGCGATATACTGATAGTATTTGGAAAGATAATTTTCAAACCTTGAATTTATTAGCAAGTGGCATCCAATTCTGTATTCTTTTTAAAAAAATATATTTACTGCAAGTACCTCATGCCATTTGTAGAGCAAAGCCTTGATTACACGAGTTCCTTTACTGAATATGGTGGTTTACAGACTTCTCCATTACATGAAAATAAACTTAAACTTGATTTTATATATTATTATAGAGTGGGAGTCACCAAAAATGACTTTTCTTTTGAAAATTGTACTTGCTTAGTACATGTGGGTAATAGTCTGTTCCTACATCACTTTTGTGAACCTAGTACTTTAATTTTGTCCTGTGTCTTTGAAGAAACACGTAAGGATATAATTATTATAATAATGGTTGACAAAAGTAAAATTTATGATCTCAGTCTATATCAGTGTTGGATTTTGAGTGTGCACAGACTTAACTCTGTTTAAGGAGTCAAGGACCATAGGAAGCTGTAAGGCTGAGGTGGGCTGTGCAAATTGTATTAGATTTTGATGTTTTGTTTATTAAAGACAGGATCTCCCTTTGCAGTCTGGACTGTCTTGAATTCACTAATAGTCCATTCTGACCTCAAACTCAAAGTAATCCTTCCTCCTCCTCTTGAATGCTTGATTATAGGTGTGTTCTACCAGGCTAACCCTGAGGATAATGGTCGTGGTTATGATAGTGATGATATTGATTGTAATGATTTTAAGATTTAGATGGCTGAGCCATCTTTCTAGCCTTTACTTTTTAAAAAATTCTGTGTATGCATCTGTGTATATCTGCATGTGACCGTAGGTGACCTTGATGGAGCAGCTAGAGGATAGGTGATTGTAGTCACCTCACACCTGCTGCGTCTGGAGCTCAGGTCCTCTGTAAGAGTAGGAAGCATCTGAGCCAGATCCCTGATTATTATTATTATTATTTTGATGCTGCATTTCTGTGTATTCTGACTAGAAGAAATAATATCTCTCATGTTAGTATTTTTACATATTAAATTGAATATAATAGAGCTTTCTCTTCATTGTATCTTTGGAATTTAGAGGTCCTAATGTCTTCCCACTGCAAATTCCTAGTGGGAAAAGGCTATTCCTATTTATTTTGTGACAGGAACACCTTTGCAGCTAACTTCCAATTGTGCTCGGTAGTGGTTATAGATAGTAGATTTGGTACAGCTGTGTTGTACCAAATGGAATGTGTTGGAACTACTTAAGGGAAGATTTTATCTACCAGGTGTTCTTTTAGTTACCTTTTCTGTGGTAGAGCAGATGGACAGCGTGCTTCAAATATGCGCTTCTGTTCACATTCTGGCTCCTCCCCACAAGTCTTGGGCTTCTCAGAGTCCAATGTTATGGCCCAGGTTCAGGCTAAGTTCATTTCTACAAGTGTCCTCTACTGTGCCCTTAGCATAAGCTGGGTACAAGGGTAGCCAGAGGTCGAGAGAAGTTCAAAACACCATAACCTTTCTCTGCTATGTCCAAGTAACCCCAGTCTGCTCTGCTCCCTGAGTTTCCCCTCAGCTACCTTGTTTGCCATGTAGTTGTAAAACTCAAAAGAACAAGGGCTGCCTTGCTACAGGGGAAATAGAGAATAGAAGTCATTGTTGCCTAAAACAGGAGAAATAAGTGATTTATGTTTGGGGTCCAATTAAGCTGTAAAACTGGAACAGTAAAGGGACCTGTGATTTCAAGACAGCACTTGCTCTGATTTCTGACATCCAGACAAGGGGCTCCCCAATAAAGGCTGTCAGCTTTCTGGGCTAAATTATTAATTCCTTTCATGCCTCTCAGGGATTGTAAACACCCCATAACACAGGGAAACAATTGGTACTGTTCAGTTATGGGGTAGATAGAGGGTCAGAGGGTAAACAGTTGGATTAGCAACAGCTGTTCTTTCTCCCCACTCCAACTTTTGTCTCTAATCTACTTCCGCAAAGATAGTCTTGTGTTTTTTGGCCTATATGTAACGAAGTCTATTTCTTTTCTTGTACTATGATTCTAAAATAACCACAGAGAAAACATCACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAAAAAAAGAAAAAAAAAAGAAAAAAAAAAGAAAATACTTTCATCCTGTTTCCAAAATTGAAGTTGAAGGTTCTTTTTGGTTTATGCTTAGTATTTGTGTGATGTTCAAAGGGCACAAATCAAAGGAAAACAGCCACTGGGAATTAGATTTTAAATTGTTTTAGCATTTATATAGTTGAATTAAGAGAAAAATGACAATTTTGTTTTAGTTGGTAGTATTAACTTGTAGTTTTCTTTAGAACATTAGACTGTAAATACAATAATCCCTGATCTCCTCACTAAGAAATGTTATCATTAGAGAATAGTCTTTGCAGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGCCTCCCGAGTGCTGGGATTAAAGGCATGTGCCACCACGCCTGGCCTTAATAAATATTTTTAATAACAGGATGGCAACTTCATTGAAGGGGAACAACTTTGCCATGGTTTATGTAGCCAATTTATTATTATTATTTTTTTATTTCTGGGCATTCAGATGGTTCTTTTCCCTACATTATACACTGTGCCAATGCACATGTTCATAGTTCATAAGTGCAAATTTCAAATTAGTGCTTTAGTTTTTTTATATAAGCAAAAACTTCTGA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Seq C2 exon
ATGGAGAGACTGACAGTTTAACACTTGGCCAAGGCCATATACCTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000063972:ENSMUST00000112877:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.333 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types