RnoINT0009215 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000055261 | AC122968.1
Description
NA
Coordinates
chr3:52588288-52600519:+
Coord C1 exon
chr3:52588288-52588437
Coord A exon
chr3:52588438-52600465
Coord C2 exon
chr3:52600466-52600519
Length
12028 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTAGGG
5' ss Score
5.76
3' ss Seq
AATGTGTACTCTCTTCACGAATC
3' ss Score
-5.97
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGAACATGACCAGGAAAAGCAGGAGGCCGATGTTGAACAGCGCAGGAAGGGACATCATCAGAGCAAAGAGCAGAGTGCGGATCCCCTTGGCGCCTTTGATCAGGCGTAGGATTCGTCCAATCCTGGCCAGGCGGATGACTCGGAACAGG
Seq A exon
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Seq C2 exon
ATCATCTCAAAAGAAAGAACACTTTCAGAAAGGAAATCAGCGTCCATTTTGGAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000055261:ENSRNOT00000081962:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.420 A=NA C2=0.611
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Human
(hg19)
No conservation detected
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]