RnoINT0023691 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000034200 | Atp8a1
Description
ATPase phospholipid transporting 8A1 [Source:RGD Symbol;Acc:1309619]
Coordinates
chr14:42180782-42197514:+
Coord C1 exon
chr14:42180782-42180889
Coord A exon
chr14:42180890-42197425
Coord C2 exon
chr14:42197426-42197514
Length
16536 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAACA
5' ss Score
8.1
3' ss Seq
GTCTGTGATGATGTCCACAGGCA
3' ss Score
7.57
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GCAGCCATGCTCTTCAGCTCTGGAGTCTTCTGGGTGGGCCTGCTCTCTATCCCCGTGGCGTCCTTGCTCCTGGATGTGCTGTACAAAGT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000034200:ENSRNOT00000044017:27
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]