RnoINT0028189 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000008031 | Cacna2d4
Description
calcium voltage-gated channel auxiliary subunit alpha2delta 4 [Source:RGD Symbol;Acc:1562038]
Coordinates
chr4:151341257-151359112:+
Coord C1 exon
chr4:151341257-151341328
Coord A exon
chr4:151341329-151359050
Coord C2 exon
chr4:151359051-151359112
Length
17722 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GGGGTAAGG
5' ss Score
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3' ss Seq
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
AAACGAGTTCTATTCCTGACCAATGACTATTTCTTCACGGACATCAGTGACACGCCTTTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000008031:ENSRNOT00000010746:18
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.042 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]