RnoINT0030491 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000057740 | Ccdc148
Description
coiled-coil domain containing 148 [Source:RGD Symbol;Acc:1561169]
Coordinates
chr3:45133289-45169118:-
Coord C1 exon
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Coord A exon
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Length
35580 bp
Sequences
Splice sites
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Seq C2 exon
ATACGGAAAGCATGAACAGAAGAGACCAGCCATTCACGGTGATTCAGAGGAATGACAGCTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000057740:ENSRNOT00000086371:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.667
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF048228=Takusan=PU(14.5=44.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]