RnoINT0044297 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000047945 | Cyp2c12
Description
cytochrome P450, family 2, subfamily c, polypeptide 12 [Source:RGD Symbol;Acc:2470]
Coordinates
chr1:258709721-258716818:-
Coord C1 exon
chr1:258716677-258716818
Coord A exon
chr1:258710148-258716676
Coord C2 exon
chr1:258709721-258710147
Length
6529 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAATA
5' ss Score
8.55
3' ss Seq
TAACTCTTTATTTCCTAAAGGAA
3' ss Score
6.38
Exon sequences
Seq C1 exon
GGAACAGCAGTACTAACATCACTTACATCAGTGCTGCATGACAGTAAGGAATTCCCCAACCCAGAGATGTTTGACCCAGGTCACTTTCTAGATGAGAATGGAAACTTTAAGAAAAGTGACTACTTCATGCCTTTCTCAGCAG
Seq A exon
GTAATAGAAACTCATTCCAGGGGCTCCAGTGACATGAGTGAGAGCCTGTGGGGACTTTTAAAGTGGCTCTCAATTGTTGGTGGACTTGTAATTTGTGCATGATCAGAAGCATTACTTCCAGCGTCCTTTACATTGATATTGATGACTCTTTCTCCTTAACTGAATCAAGTATTAACAATTCAATTTGTTCATCCTTTCCTAGCCATCCTAGGAAAACTCCTTAATGTACATTTTGGGGAGGGAAAGACATTATCCTAGAGAATAACTGCCACAGGCCTTTGATCACCTTTAAGAAAACGAATCAACCATAATTTGAATGTATGTCTTCGTTGTGCCACTCTCCTTCAGGCTCAGCTATACATAAACATTAAAAAGTTAAAATAAAACAAATAAGATAAAATCACCAAAAAGTTTCAATATGCATAAAGTTCATGCAGGGAAGTCAATGAACAAACAGGCTGATAGAGTTGGACTTGTGGTTGGAGAGGATTACATATCACTGAACAAGCATGCTGTTCGGGAGAATTCTCCATAATTTTTCCTCTCTAGTATGTCAAATTTAAAATGCAAATGTGAATCAACATTATAATTGAGAAATTTCTACCTGCCACAGAGAATATAAGTGATAGACAGCAGGGAAAAAAAAGAATATTTCTAGGTTTCATTTTTTATTGTTTTAGTTTCATACATATACACAAGGCTGTCCTTTTATATGTTCATTTGTTTATTAACAATCTCCAGAGAATAAATAAGCCACAAATGGCCTATGGTGAATAAAACTGGCTTTCCTTCTCTAAGTAGCCTGCAGCTTCCTGTAACTTTTCATTAGGATTGAGGGTTTGTGAGTACATTCCAAGAAATTACTGGAAATTTGGCTGGCGCTTCACATTCTTACAAAGCTAATAAAGGGCTTGATAGATGGCCCATCAATTAAGAGAGCATGCAGCTCTTGCTATAAACCTGAGTTGAATGCCTAGCACCTACCATCTGCATTTCCTCCTCCAGGAGACCTTGAGAAGTCTTCTGAACTCCCTAAACAGCTAACTTTGACATTCACTCAGCAACACATGCAAACACTATACACATTTACTTATATAAAAAAGATAATGAAACACAGTTATACAATACTTTCTAGGTCTAGATTTAAGAAACTTCAAGGTCCCCATAAGGTCATTGAGACCTTGTAATTGTGACAAGAGGCTATGCTGGGATCATGAGCTTCCCTACTGCTCCATCAATGAGGATGTTTTATGAGCATCACATCTCCTCACCTAAAGTGTTTGTTGAGGCCATGGAGATGGATTCATGTTCAGTCATCAATTGAGTTTGATAACAAACTCATAACGACTCAGCCTGTTTGGTTTTGTGTCAATACCATCCTAATTCTATTACTATAGCACCTCTGCCTCCCAGAATTATTTCCTCTCCATTCTAAAAAGGACTGAAGAAGCATCTAAATGTTGACCTTCCTTCTTCTTGAGCTTTATATGGGCTGTGAGTTGCATGGTGGGTATTCCAAGCTTCATGCATAGTATTCACTTATAAGTGACTACATACTATGTGTGTTCTTTTTTGACTTGGTTCCTTTACTCGGGCTATTTTCTAGTCCCATTCATTTGCCTGAGAAATTTATGAAGTCATTTTTTTTAATAGCTGAGTAGTACTCCATTGTTTAAATGTACCACATTTTCTGTATTCATTCTTTTGTTGAGGGACATTTTGATTGTTTCCAGTTTCTGGCTATTGTGAATAAAGCTGCTATGAACATAGTGAAACATAGTCCTTTTTTATGTTGGAGCATCTTTTGGTTATATGCCCAGAAGTGGTGTAGCTGGGTCCTTAGGTAGTACTATGTCCAATTTTCTGAAGAACCAACAGACTGATTTCTGTAGTGATTGCATCAACTTGCAATCACAACAGCAATGGAGGAGTGGTCCTCTTTCTCTACATCCTCACCAACATCTGTGATCACCTGAGTTTTTTATCTTAGCCATTCTGACTCTATGAGGTGGACCTCAGGGTCGACTTGACTTGCCTTTCTCTGATGCATAAGGGTATTGAACATTTATTTATGTACTTCTCGGCCATTTGAGGTTGAGTAGTTGATAATTTTTGGTTAGCTCCATACACCATTTTCTTTTGAATTTCTTTTTTTTTCATCTTTATTAACTTGGGTATTTCTTATTTACATTTCGATTGTTATTCCCTTTCCTGGTTTCCAGGCCAGCATCCTCCAAAACCCTCCCCCTCCCCTTCTCTATGGGTGTTCCCCTCTCCATCCTTCCCCCATTACCACCCTCCCCACAACAATCATGTTCACTGGGGGTTCAGTTTTGGCAGGACCCAAGGCTTCCCCTTCCACTGGTGCTCTTACTGGGCTATCCATTGCTACCTAGAGATGGCTAAGCCGTTAAAGGCTAGGCTCACAGCCAAAAATATAAGAGTCCATACACCATTTTTAATAGGCTAGATTCTCTGGAGTTTTCCTTCCTGAGTTCTTTGTATATATTGAAGGTTAGCTTTCTATCAGATGTAGGATTGGTAAAGACCTTTTCCAATTTGTAGGTTGCCGTTTTGTCCTGATGACAGTGTCCTTTGACTTACAGAAAAATTTTCAATTTTCTAAAATCCCATTTGTCTATATTTGATCATAGAGTCTTGGTCATTGTTGTTCTATTCAGGAAATTTTCCCTTGTGCCAATTTGTTGAAGGCTTTTTACTACTTCCTCTTCTGTGTCAGTGTATCTGGATCTATGTGGAAGTCTTTGATACACTTGGACTTGAGCACTGGACAAGAAGTTAAGAATGGTTCAATTTACATTCTTCTGCATGCCAACAACCACTTAAGTCAGCACCATTTGTTGACTATGCTGTCCTTTTTCCATTGAAGAGTTTTGGCCCCTTTGTCAAAAATAAGGTGACCATAGGTGTATGGGTTTAATTCTGAGTCTTCAATTCTGTTACATTGATCTACCTGCCTGTCTCATTACCAATACCATTTAGTTTTATCACGATTGCTCTGTAATACAGCTTGAGGTCAGGAATGGTGATCCCCCCAGAAGTTCTCTTATTACTGAGGTTTTTTTTTTGTTGTTGTTCTAAATAAATTTGAGAATTATTCTTTCTAATTCTGTGGAGAATTGAGTTAGAATTTCGATAGGCATTGCACTGACTCTGTAGATTGGTTTTGGTAAGATGGACATTTTTACTATGTTAATTATGCTGATCCATGAGCATGGGAGGTCATTCCATCTTCTGAGGCCTTCTTCTATTGTTTTCTTCAGGGACATGTACTTCTTGACATACAGATATTTCACTTGTTTTGTTAGAGTCACACCAAGATACTTTATATTATTTCTTACTATTGTGAAGTGAAGGTTGTTGTCCTCCTATTTCTTTCAAACCATTTGCTGAGGATGTTTTTCAGCTGTAGAAGTTCTCTGGTAGAATTTTTGGATTCACAGAAGTACACTATTTTATCATCTGCATTACCATTACATCTTCATTTACAATTTATATCCCCTTGAACTCTTTTTGTTGTCTAATTGCTCTTGCAAGAACTTCAAGTATTACATTGAATACATAGGGAATGAGTGTGTAGCCTTGGCTAGTCACTGATTTTGGGGGACAGTTTGGGAAACTTTTAATGACTGCTTCTATTACTTTAGGCATTATAGAACCTTTTTTAGATGGTTTAACTTTTTACCTTGTATTTGTCTAGAAAATTGTCCATTTCATTCATATTTTCCAGGTTTGTTGAATATAAGTTTTTATGGTAGGATCTGATGATTTTTAAAAATTTCTTCAGGTTCTGTGAAGTATATGTTATGTCTCCCTTTGCATTTATAATTTCATTAATTTTGATAGTGTCTCTGTGCCCTCTTGTTAGTCTGGCTAAAGGTTTATCTATCTTGTGGATTTTCTCAATGAACCAGCTCCTGGTTTTGTTGATTCTTTGTATGATTCTTTTTGTTTCTACTTGGTTGGTTTCAACCCAAAGTTTGATTATTTCCTGCCATCTACTCCTCATTAACCTTTTGCTTCTTTTTGTTCTAGAGCTTTTAGATGTGCTGTTAAGCTGCTAGTGTATGCTCTCTCCAATTATTTTCTGGAGGCAACCAGAGTTATGAATTTTCCTTTTAGCAGCCCTCATTTCCTATAAATTTGGGCATGTTGTACCATCATTTTCATTAAATTCTAAGAAGTCTTTAATTTCTTTATTTTCTCCTTGATCAAGTTATCATCAAGTAGAGAGTTGTTCAGCTTCCATGTGCATTTGGTTTTCTATTGTTTTTTTTATTTTAATTGAAGATCAGCATTAATGTGTGGTGATCTGACAGGGTACATGGGATTATTTTAATTTTTTCGTATCACTGAGAGTTGTTTTGTTCAATTTTGGAGAAGGTTGCATGAGGTATTGAGGAGAAGGTATATTCTTTTATTTTATGGATATATATATATATAAATATATATATAAATATATATATATATATATAATCTATTTGATTCATTTTTTCTTTAGTTTGACTGTGTCTCTGCTTTGTTTCTGTTTCCATGATCTGTTCATTTGTGATAATATGCTGTGGATGTTTCCCACTATTATTGTATGAGGTTCAATGTGTGCTTTGAGTCTTAGAGCCATTTTTTTTACAAATGTATTTTTTCTTGCATTTGGTGCATAGATGTTCAGAACTGCGCATTCAACTTGGAAGATCTTTCTTGATAACTTTTGGTTGAATGTCAATTTTATTCAGTATTAGAATGGCTACTCTAGCTTGTTTCTTGCAACTATTTGATTGGAATTTTTTTCTAGCCCTTTACTCTGAGTTAGTGTCTGTCTTTGTCACTGAGGTGTGTTTCCAGTATGCAGCAAATTCTGGGTCCTGTTTACATATTCATTCTGTTAGTTTCTGTCCATTTATAGGGAACATAATTCCATTGATATTAAGAAATAGTAGGGACCAGTTATTGTGCTTCTTGTTATTTTTATTGTGAGAGGT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Seq C2 exon
GAAAACGGAAATGTGTGGGAGAGGGCCTTGCCAGTATGGAGCTGTTTTTGTTCCTGACCACCATTTTACAGAATTTCAAACTGAAATCTCTGTCTGATCCAAAGGACATCGATATAAACTCAATACGTTCTGAGTTTTCATCAATTCCTCCAACTTTCCAGCTGTGCTTCATTCCTGTCTAATGAAGACCTAAAAGCAGAAATGAAGATGAGGAAACATTCTATTGTGATGTCTTCTGACATCACCCACAGAAATTTCTATTTACAACTGTCCTAGAAATACCACTATGTACTTTCTTCTTCCCACAGCTTATGTCTTCTAATTGCCCAAAGATAACAATTCTACATTATACAGTTTCTGAAGTTAATGTAAAAGATTCTGAGAAAAAAAAGTCAATTCAAATAAAAAAAGTTCTAATGTGATACCC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000047945:ENSRNOT00000015801:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006717=p450=FE(10.3=100)
A:
NA
C2:
PF0006717=p450=PD(12.2=91.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg19)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]