RnoINT0044394 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000030466 | Cyp2j16
Description
cytochrome P450, family 2, subfamily j, polypeptide 16 [Source:RGD Symbol;Acc:1561242]
Coordinates
chr5:119494857-119505586:-
Coord C1 exon
chr5:119505180-119505586
Coord A exon
chr5:119495020-119505179
Coord C2 exon
chr5:119494857-119495019
Length
10160 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
5' ss Score
10.77
3' ss Seq
ATTATTGAAATGTTTTTCAGTTT
3' ss Score
6.19
Exon sequences
Seq C1 exon
TATGACTAAGTGCTGAGGACAGAGGCAGGGCACAGCATGGGGGTGGGACCAATGGGCATAAAATGAACATAGCAGAATAGAGATGTTCTGGAAAGACACAGATTGACAGACTTGGTTAGCAAGGAACAGGGTGGAAGTTAGCAGAGGGCAGTCAGTATTATCAGGGGACTGGTCCAGCTCAGACTCTCACTATGCTCGCCACTGTGGGCTCCCTGTTGGCTAAAATATGGTCAGCAATCAATTTCTGGACTTTGTTGCTCACTCTTCTCACCTTCCTGCTCTTGGCTGACTACCTCAAAAACAGGCGCCCCAACAACTACCCTCCAGGGCCCTGGCGCCTTCCATTTGTGGGTAACTTGTTCCAGTTTGATTTAAATATATCACATCTGCATTTGAGGATCCAGCAG
Seq A exon
GTAAGAAAGGGAAAGGGTGTCTTGTTGTGCCGTGACACATTCCAGAACTGTAGACACATCTGCAGGAGGCTATGGCTGCAGACTGATGCTTCTTGCCTGTTAATTTAGCCAGCTTCTAATCAGGGACTCCATTTAAGAGACATGTCTCGCTGCCAAAAAGTTGACTTTATTATCCTTGAATGAACCATTTCCCTTTTTATTCCATTATGGTCTGACAACACACTTTGCAAGATTTTTTTCCATAATGCAGATATCTATTTTATTAAAAAAAAGTTACAAGGGGTTGGGAATTTGGCTCAGTGGTAGAGCGCTTGCCTAGCAAGTGCAAGGCCCTGGGTTCGGTCCCCAGCTCCAAAAAAAAGAATAGGAAAAAAAATGTTACAAACAGGTGGACTGCAGGGTCATCTTACAAAATGACAAGAATGACATCTATTGGAAAAACTTTACTTTTACAAATCTTTATAGGTAATTATTCAATGTTTGTACTTGTTATTGGAGATTTTACTGTTCACTGATAACGTTACAGTACATTAGATCCATGATAATAGGTGTCATGATTTATTTGCAGAGCCCTACTGAGGTGATTTGAACAACTGCTAAACAGATGTCAAGGTTGATGGGAGAGTTGATGGTTCATCTTGATAAATAAGCACTGTTACTTTAACCAATGTGTAAGCAAGTTCTCGTTGCTCATTTTCTGAGTTTATCAAACACTCAAGCACGAAGCATAAACACAAACTGTTCTCTTGACCAGAATTTTCTGTAGTATTAGCTCTCTCTTATTGATATTTGTTTATTCTATGTCCTTACTGACTGTATATACTGACTTTATCAAATACAGGGAAATGTACTGCAACTCCACTGGGAGTTTGCCCCCAGCACTCCTTCACGCCATTGCTCAGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATTTATTTGAGATCAATAGGTAGTAGGAAGTTGTTTGGTGGTTTTGGTGCAAAGATCATCTTTCTTTGTAATGTAATGTTGCTTTTTATCTGTAGTAATTTCCTGCTACCTTTACCTAGACAGAATATGCTTGAGCAATGATGTTAAATGATTATTCCTACATGTTAATCTATTATTTAATATCCCTATATCTTACCACTGGCTGGAAAAACAGAATATTTTGTAGAATTATTGATATATACAAATTTTTATTTTTATTTATGTTAGCATTTATCCTTCTTTATCCTCCTCTATCCCTTCTCTGTGTGTGTCTTGGACACTTTCTTAGTGGTCACATTTTTACTCACTTTCATTCTTTCCTTACACCTCTTTTATCATCCACTCCACAGCTTCTCTGTGCTATGCAATAGGCACGTGTAGCTTACGAGACTTACTAACAGCATTTTCGATTAAAACACAGTAGCCACAAGCATAGAGGACCCCTGTCTCCCCTCTATGTTACAGCATTCTCAGGTGTCTCCACACATACTGAGAACCACATCAGACACTAAGCTGTTCTTCAGTGTTCTGTGTATCTGGAAATGGAAGGCAGAAGAATATGAGGCCTTTGGCCTTCACCTATCTTCCCATTGCTCTGTCTTTTTTTTCTGACCCTTCAAGGTCACAGTTTCCTTTCTGACCTTAAGCACTTCCTTTCTCCATTCCTTCAGAGGAGACTACAGCAAGGAAACTTCTTAGCTTTGCCTCAATTTAGAATGTATTTCCCCTCCAATGCCACAGTGTCTTCCCCTGATTATAGGAAACTACGTAGATGAAATACTTCACTGCAAGCTTTTACACAGTATCCTACCTTGTTCTAGTTTTGTGTTTTCTTCATAATAAATCATACATTGTTTTCGCCTGCTTTCAAGAATTTTCTGGTTTTAGTTTCTCTATTGATTGTGGTGATTTTGCTTGGAGTAAAGCTTGTGGCTTGATGCTGTTGAGTTCTTCTTGGCAGGTTTGTATTGTGTCCCACTAGGAAAATTCTACAACTCTTTAAGTATTTTCTCATCTCCACAATCTCTTTCTTGTTTTGGATGCCAGCTGGACAATGAGGTAAACTGTGTTATGTATAGTGTTGAGTCTTGGTGATGGCTACCTGCATTTTCTGTGCTGTAGAGGCTGAACCTGTTTCTCACCTCTCCATGGACCACTGTTATTCTCAAGTTGCTTCTCTGTTGTGCTCTGAAGTAAATATCTCCATTTAGATAACCGCAACTTCCTAACTTCAAATTTCCCTTTGCTTCCTCTATGTAACTTTCATTTCTTTGCCAAGGCATGTCAATGTTTGAAAAAAATTATGGCAGTTGCTTAATAATCTTTGATTATCCTGAATTCCAAAGTGTGTCATCTCTAAAGGCTGGACATGTTCCTGTTTAAAAATGAGTAATTTTACTTCCAGAGGTAGCCTGTTGGGGATCTGAATATTTTTGAGTAGATATCCAAAAGTAAATTTAGTTATAAAGAGGCAAAAGAGTGAATCTTGGTGTTCTCAGTGTGTGGGCCCACTCTTATAGGAATTCCCCTGAAAGTCTCATCAGCATAATGTGGGGAGACTGAGGATAACTGTAACCTATAGGTCTTCATCAGATTAGGGGTCACACTTCACTATAGGAACATAAAAATTAGAGCTGCTTTTCTTTGTCTTTTCTGTGAGGGAGAGGCACTTTTGCTACAATAGGAGAAGAGGAGAGACCATAGTCCCATCCCAGGCTCTTTGCAGACTATCTTTGTCACAATGCAGCTGTGGAGCTCAGAGTTCTACTCAGACACTCAGCCCAGATGTGATACCAAGGGAGTGAGTGACAGGACTCTACCTATGATATCCACTACTGTAACCCATTGAAACCTTGTGAAATCCACATTGTTTTATGGTGTTCAACAAAAGACATACAGGACAGGCAAGAAGGCATGAATGTTGTCCTGTTGGTCAGCATGTGTCGTGGCTTTTGACCAAAGACTGCAAACTCTGGTTGGTATTTACCCTCTGTCCACTGTTGCTGTAATTAGCATGATTAAGAAATTATTTTACTTGTTCTTAGTTTCTTAAAAATATTGACCTATATCTATCATGTGTTGCTTAGGTATGACCACAGGGCTTAGGTGAAATGCCTGGTGTCACAACCATGGTTCATGATGAAACTGAGACTGGCCTCTTCTTCCCAGTTGAGTTGTATTTCATTCATTCATTTTGTACTTTATATAAGGTTACATTTTGTGGTCTTTGGGTAGAAACAAGTGAAGTAAAATGGCACAGTTCTTTGATGATTGTTTGGATTTTTGCCACTAGTAAACAATCCTCAACATCTGGTGGCCTTCACTCTTGTTTGCATGCCCCTTTTCTTTCAGGCTTCATGACAGGCACACATGTGCGCTTTAATCTGCTAGCATTTCTAGTTACCACTGAGCACACTTGCCTAGGAAAATGGAGATCTGTCTTTCCAACATTGTTTACCAGCCTAATGGCAAAAAAGGTCCTGAATCCAATGTGATTTGATTTAACATTTAATCTCTGCCCTTCCTGCTTACAACTCCATGGCATAATTAGAGGCTGTTTTCTTATGTACTTATTTAGTGAACAACGTTTATGAAGTACCTACCAGGACTAGCATAATGTAAGATCAGCACATGAAGAATCTGTTCAATAATTTTGCCATCAGATCAGATCACACTGTGTGGGAGACTCTGTAGATAGTCTCTGGGAGAACGATGGCCTAAATTGGGCTGCCCTTAAAAGTAATGCTAAACAATTATCTAGTAGAGTGAAAGTATAAGTCATTATAAATGGAGGAGCTGGCAAGAGTTAAAAACAGTGACAATGAAGAAGGTGGCCTTCTTGTTCAGTGTGTGGGAACTGTACTTCCTTCTACCTCACAGTGTCTCACATTGCTCTAGTACAACTTACTGAATTATTTTTAGAATGGTTTTTCTTAATTTTTTAAATCTCTCTCTCTCTCTCTCCCCCCCCTCTCTCTGTGGGGGGGTGGTGTTGGAGAGGTTTGTGTTTTTGTGTGTTGGTATGTTTGTGCGAGCATGTACCTATAGGGGCCAGAGTTTGCATAGTTGGATCTCTGGAATTGAAATTACAAGCAGTTTTGAGCCAAACAACATGGTTGCTAGGAACCACACTCTAGTCCCTTGTAAGAGCAGGAAGCTCTTTTAACCATGGGGCTAACGCTTCAGCCCTGGAACATGCTTTAACTAAGACCAAAATCTAATAGTCTGAAGTGGTATATAAATTGTATATTTGCATGTATTACTAGTTAGTTGTTACAAAGTACCCTTAATATAGTGGTGTTAACAAGATTACATTTCCCCTAGCATAATTGTAGTTATGATCTGGAGGCTGAATACCCAAGACACAAAGCCTACCTTGTACCTCAAGCTTACTTGAGAAATCTACTTGCTTTGCATTACAGCTCTAGTCCTCCACTAGTTACATCTGTATGTGTTCTGCTAGGGGGAAGGGAATTGTCAAGACAAATATTCTGATGATCTATGACACGGAAGGCATAATATACCTGCCATATTTATAGAACTGATACTATCTAGAGAAGGATAAAAAAAGAAATAATTTCTTAATAAGATTCTGGTCATATAGTACTTTTTCATCTCCATCACTCAGGTTAGAACAGAAAAAGAATTTCTTCATATCTTCACCAAGTAATGGTATCTGTAGCATGTTTGGGAAAGAGTCCATATTTCTATTATAGTATTTTCTTATACTTTGAAACTTTCATATATTTATTTAATCTATTTTGCCATATCCATCCACCATTACATCTTTCAACTCTGTATTGTAGCCCCTACATGTCTCCTCTTTATTTTTAACATTAATAACTTACCAAGTCCAATTAATGCTGCCTATAAGTGCACAGCATAGGCTGGGGTATGGGCAACCTATCAACCTCCACGATCCCAAATGAGATTGGTTATCCCTCTCTCAATTTTCTTAAAATCATTACCTAAGGAAGGGGTCTCAGGGGCACCTTGCTTGATCACACTAAAATTTG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Seq C2 exon
TTTGTGAAGAAATATGGAAACCTAATTAGCCTTGATTTTGGCAACATCTCAGTAGTGGTCATAACTGGACTGCCCTTAATCAAAGAAGCTCTCATCAACAATGAACAAAACTTTTTAAAACGCCCCATTGTACCTAGCAGGTACCGTGTCTTTAAAGATAATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000030466:ENSRNOT00000089521:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006717=p450=PU(6.1=38.9)
A:
NA
C2:
PF0006717=p450=FE(11.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Human
(hg19)
No conservation detected
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]