RnoINT0048685 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000005451 | Dnah11
Description
dynein, axonemal, heavy chain 11 [Source:RGD Symbol;Acc:621088]
Coordinates
chr6:146077698-146087148:-
Coord C1 exon
chr6:146086937-146087148
Coord A exon
chr6:146077932-146086936
Coord C2 exon
chr6:146077698-146077931
Length
9005 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGA
5' ss Score
9.46
3' ss Seq
CCTTCTTAATTAAATCCTAGGCA
3' ss Score
6.28
Exon sequences
Seq C1 exon
CTCTTCTTGAAGCCCGGGATGTGGAACTTCACCTAAGACCTCTGAGGAAGCACATTCAAGGTCTCCAGGAGGCAGATTTCCCACAGACCGGAATACTGATTGCACCGTTGATTCACACCATCTGTCTCATCTGGAGCCATTCCAAGTTCTATAACAGCCCTGCTCGGGTTATAGTTTTACTGCAAGAGTTTTGTAACCTCTTCATTGACCAG
Seq A exon
GTATGAGGCACTGACAATTAAGTGTAATAAGAATCATTGGCATGAAGTAGTGGGCTTCATTAACCCAACAAGAATGAAAAGACCTAACGGTGAACAACCTAATGTCAGCGAGAACACCATTTTCCTTTCGCTTTCAGACAGGACTTGCATGAGCAATGGCAGGTGACCTTACATTGCATTAGCACTCAGCAGTGCTCAAAACAAAGTGGAAGAACAAACTGGTTCTGGGTTTTGTTTATTTAAGCAAATGGAATCAAAAGGCCAAGAGGTTAAACAAATTCAATGTAGCTTCCAGGAACAGACGCTTAGCCATGCTTTGTATTTTGTACTTCCCTTGGTTTCTATAGGAGCGTGGGCTGCTGGGAGACCTTTGGAGAGGAAAGTAAGAAAATTACTCAAAAATCAAGTGTCCTTGAAAAACAGTAATGGGAGTATATGGAAATAATTCTGATTCACTGTTTTGAAACTTTCTTATGTTTCTGTACCCCTTGCTTAGCTTGGGAACTGTCTTTCGAAAACAGGATTGAAGTACCTTCCTCCCCCTCCCCAACCCTGCACCTTCTCCTCCTCCTCTGTGGACTTTCATCCTTGTATCCACAAAGGATATTGTTGCCTGTACACTGGACAGCTCTCTACCTGGCCCTTCCTGCCCTTGGGGGTTGGAGGGGTGAGTTGGAGCAGAGTTGACACAGACTCAGGTAGCAGGTGAGAAACACTGTAGCAAGCTCCTCATCTGAGCACTGCTGCAAGCGCCTTTAAAAATCCTCTACCCATGCCCCCATTGGTCCCAAGAGAGCATCTATTCTAAACACCAGTTCCTGATTGGCTGGCATTGTTTTCATTAGCAATCCTTTTTTCGCAGGCAGTCTTCAATTAGGTCCTCCTGCAGGAATGCTGGTGTCACAGACAGTCCTCAATTAGGTTTCCTGTAGGAGATGCTTTTGCAGCTGCACAACCCCCCAGAGTTTACACAGAGGTGGCCCTGCCATTCCTGCTACAGGATATGATGAGAGAACACCACCCAAGGAGAGCTGAGAGATGCTTGGACACCATGTGGTTCAGTGTGGTCTTTCTTAGTTGTCTGGGGATGCCACATCTAAACAATTCAGAGTAACAGATTGTGCTCTGCAGTCAGGGGGAGGTCAGGGTCAAGTTCTGGAGAAGAAGCTCTTTGTTCTGTTTTCAGCCTGTTTTTCCTCCTTGTAATCCACACAGTCCTGTTGGGTTAGAAGCCTGGCATCTGGAAAAGAACAAGGCAGAAAAAACAGCAATAGCCCATGCTGGCCTTGAACTCAATGTGTAGTCGAGGATGGTCTTAAACTCCTGATCTCCCTGCTTCACTCTTCTGAGAGTTGATGTTATACCCACTCTTTCAACATCATTTAACCTTAGTTAAATATATGCAAAAAAGCCTCAAGTCCATGTAGAATCTTCAAGGTGCCAGACTCTACAGATGTGTGAACTTTAGAGCTTCTAGACCAGAGTTTCTCAACCTTCCTAATACAGTCACCTTTTAATACAACTCCTCATGTTGTAGTGACCCCCAACAACCATAAGATTATTTCATTGCTACTTCATAACTAGTTATTACTGTTATGAATTGTGATGTGTAAATATCTCATATACAGGATATATGCTATGCAGCCCACAGGTTGAGAACCTCTGTTCTAGCACGTGTGCTTGGCTTGTTAAATTTTCCCTCCTATGTGCTTCTGGTGCGGCAGTGTGTGGGAAGGCTTTGCATACATACCATCTAGGATCTGACCTACCCACTTACAGGAAGTTAAACACTTGTCGAGCCTCAATGCCCCCAGTTAGTGGTATCATGAGGGGCAGAAGAGAGAATGTGGTGCCTGGTGTTTAACAGAAGCTCAACACCAGGCACATCTTTGATCTCTCAACAGTTTACTGACTGCTAGGCTGGCTGTGGTTATTGATTGGGGGGGGGGGGTAAACAGCAGCGAGCCAGTTCCTTGGTTCCATCTCTCCTGGTTTCTGTCCTTCGAGGGTCAACTCTGCCTCGCCCTGTGGGTATGCAGGTACTTGCTGCCAGCATCTTGCATCTCCAAGTGAGACCGAAACTGTTTGTTTTCTCATTTAGCTAGTACTTCTCCCTGACCTCTTTTAAAGGACGTTTTCAGTTTGAAAATGGACGGAAACCATTTCACCACAAAGCCCTGTTGTCTGTGGCTCATGAGATAGCCCTAGTTACCTTTAAGCCTGCCAAGCTATTATCTTAGTTCCCAGTCTGTGTTAAAAGCCAGAGCTGCCAAGCTCCCAAGGAAATACTGTGACTTCTCTTGTTCCTAGTTCTGGCTTCTGCCCAAAGGTTCTCTTGACCTGATTTTCATGATTCTCAAAGTAGCAGACCACTAAGTTTGAAGTAAGCCTGCCCTAACATGTTAGGAATCAAGATCCCCAATGAGCCAACTCTGGGACTGGATACTCCAAAGATGTAATTACTCCCTCCTTTCCTCATTGTTTATCATTTGATGTGTTTAACGAAACCATACACACACTATTTTGTCAATCTCTCTTTTAAGCGTGTATGTGTTGTCCATGTTTGCATGTCCATGTCCATGGGCACACGTATGTGAGTGTACATGCACTTGTGTGATACCTGGAGTCTTCCTGAGACATTCACTATCTTATCCTTTGAGACAGGATGCCTCACAGAACTTGGTGGTCACTGATTGCTAGGCTGGATAGTCAGGAACTCTGGGGACCCATCTCCCTGCCCACCCTGTGCTATGGCTACACACTTGCAACCTCTGTGGGTGCCAGGGATCAAACTTAGGTCTTCACGCTCCTGTGACCAGCATTTTCCTGAGTAAGCACCACCCCGGGCCCAGAAACTTTCTAACCAACTAACTAACTAATTTCCTAACTCTAAATTTCTTAACTAATTAACTAACTAACTTACTGACTTACTGACTTACTTCCCAACTGACTCAATTTCTAACTTTCTAGCTGACTTTCTTTTCTTACTTTAAAAAAAGTTATTTTTGCATTGGTGTTTTGCTTGTGTGTATGTCTGTATGTGTGCCTGATCCCCCAAAACTGGAGTTACAGATGGCTGTGATCTGCCCTGTGAGTGCTGGGTTTGAACCTTGGTCCTCTGGAAGACCAGCCAGTACTCTGAGTCATGTCTTCATCAGTCCCTCCTTCCTTCCTTCCTTAAATAATATATTGTATATTATACACATATACACATGGGGGAGAGAGGGAGAGAGGGAGAGCGGGAGAGCGGGAGAGCGGGAGAGCGGGAGAGCGGGAGAGCGGGAGAGAGGGAGAGAGGGAGAGACTGAGACCTGCTATATACAAGTTGGTATAGAACACTCAGGGTATCCCAGGATAGACTTGAGCTTATGATCTTCCTGTTTCTGCTTCTTGAGTGCTAGGATCATAGGGTATACAATATACCACGCCGTGAATTTTATAAAAGCAAAATAACAAACAACAGGCAAACGCACAGGGACTGTGTACCCCTGGCAAGCCTGGAACTCCTAGGGATCCATCCACCTCTGTCTTCTGAGTGGTGGAATTAAAGGCAGCACTATTATGCCCAGACACAATACTTTTTTAAAAAATTCCATTCCATTTATTTATCTGTACATGTCTGTATGTGTCTCTCTGTGTGTGGGTGGCTTTGCCACCATGTTCATACCGGAGGCAGAGAAAATAAGTTGCAGGAGCAGATTCTTTTCTCCCACAATGAGGGTGTCGGGGATTGAACTCGGGTCATCAGGTTTAACAGCAGATGCCTTTTAACCTGCTAAGCCATCTTGCCTCCCCTGCATAATACCTTTTAATTTAAAAAAAAAATCAGCACTGATACTTAAGTTGTATAGATTTTACTTGCACCCACCAGCCTACACCGAAAAGTCAAAGATGTTTTCACACTGTCTTTGCCATCCCCAGTGGCACAGCTGGTTGCTGGAAGCTCAGGTACCCCGTAGGTGGGGGGAGCTTTCAATTGCTTGCCATTCCTGTCTGCTGCACTCATTGGTTGGTTCTACTTTAATAGCAAGTGTGTTTGGTTTTACTTGCCTTATAGTGACCATTAATGTCATTCTTTAAGACAGTGCCATGAGAAACATCACCAGCTTGCTGGCATGATAATGCACATACATGCGTGCGCGTGCGCGCACACGTGCACGCACACACACACACACACACACACACACACACACACTTTGGTAACGGGCTCTTCTCTCATTTCCATGTTAACCTGACACTACTATGTTGTCATTGTGAATTAGCACTAATTTGGTCTCACTACCCTTATCTAGTCCGTGGTGTGTTCTCTCGTAGATATTGCCATCCACAGATTCTTAGGAAGGCTAAGTTTGTCTTGGTCAAAGGGTATGTTGACAGTTAGCCAAAAGTATGAGTCTATAAAAGTTATAAGAGGAACAGGGAGAGAACAGCTGGGAGATAGAAGCAAGATGGCAAGTTGATAAATTGGCCAATCAGCAATTGATTGGCTTATGGATAATATATTTACCATCAGGTTTATATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATACCCAAACAGTATGGGTACTAACATTGCAGGGCCTACCATAGCTACCAAACTAATCCCAATATAAAAGTGATCTAGTATTTGGGTGTGATCTATGCATGTCATGCCACACCATGTGCTTTAAATGATCTCCAAATTGCTCGCAGTGCCCCATAATGCAGTGTAAATGAAATATAAATAGCTGTTCTAATGCCTTGCTCAGAAAATGGTGACAATAAAAAGCCTCTGGGTGCTCAAGTGGGCTCTTAAAAAAAGCATTTGATTCATGGTTTTGAACAAGGAACCCGTTGATGTGCAAGGCTGTTTTACCTTAAAGGGTTCTGAGGTTGGCTAGGTGCTCATGAGGGCCTCCCAAGCACCACTTCTCATTTTGCAAAGAAGGGAATCAATTCCATGAGACAGCTTAGCTGATGACACAAAAGTAATTAGCAGATTCTAGCTTGAC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Seq C2 exon
GCAAGAGCATACCTGTCACCTGAAGACCTTTTGAAAGGAGAAATTGAAGATGCACTGGAAAAGGTGCAGGTGGCCATTGGTGTCTTAAGGATGTTCCAGAATTCTTTTTTCAAGTATCGAAGGGGATTAACAAGCTACTTCACAGGAGACACAGAGCAGAGACCCTGGGATTTCCAGTCTCACCTGGTCTTTAGCAGATTTAACAAATTTCTTGACCGGCTGGTAAAAATAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000005451:ENSRNOT00000007233:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF083857=DHC_N1=FE(12.1=100)
A:
NA
C2:
PF083857=DHC_N1=FE(13.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg19)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]