RnoINT0061076 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000027230 | Fhod3
Description
formin homology 2 domain containing 3 [Source:RGD Symbol;Acc:2322319]
Coordinates
chr18:17160027-17176089:+
Coord C1 exon
chr18:17160027-17160121
Coord A exon
chr18:17160122-17175977
Coord C2 exon
chr18:17175978-17176089
Length
15856 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGA
5' ss Score
10.57
3' ss Seq
ATGTTCTGTCTTTTCTCCAGTTC
3' ss Score
10.01
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
TTCCGCCTGGTGGTGAAGACGGCCCTGAAGCTTCTGCTGGTCTTTGTGGAGTATTCTGAGTCCAATGCACCGCTTCTCATTCAGGCTGTTTCTGCTGTTGACACCAAAAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000027230:ENSRNOT00000041961:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF063718=Drf_GBD=FE(22.1=100)
A:
NA
C2:
PF063718=Drf_GBD=PD(10.7=39.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]