RnoINT0088649 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000012559 | Man1b1
Description
mannosidase, alpha, class 1B, member 1 [Source:RGD Symbol;Acc:1563595]
Coordinates
chr3:2559332-2561257:+
Coord C1 exon
chr3:2559332-2559480
Coord A exon
chr3:2559481-2561068
Coord C2 exon
chr3:2561069-2561257
Length
1588 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCCGTGAGT
5' ss Score
8.56
3' ss Seq
CTCTGGTGCTCTTATGCTAGGAG
3' ss Score
5.85
Exon sequences
Seq C1 exon
AATTTAAGGAAGCCAGGAAGTGGGTGTCGGAGAACTTAGACTTTCAGAAGAATGTCGATGTCAACCTGTTTGAGAGTACTATCCGAATCTTAGGGGGCCTGCTGAGTGCCTACCACCTGTCTGGGGACAGCCTCTTCCTGAGCAAGGCC
Seq A exon
GTGAGTATTCCCGGTCAGTCTCCCCGTGACCCGCTGTGCGGAATTTGGAGAAATTGTTTCTGCTTCCCTCTTTCAGTGCATTTCCCTGCACTGGCATGTGTGAGCTGCCTTCCGATTACTGCTGCTGTGACGTATAGGACGGTGCTGATGCTGCTGCTGATGCTGTGACATATAGGAAGGTGCTGATGCTGATGCTGTGACGTATAGGAAGGTGCTGATGCTGATGCTGTGACGTATAGGAAGGTGCTGATGCTGTGACGTATAGGAGGGTGCTGATGCTGATGCTGTGACGTATAGGAAGGTGCTGATGCTGATGCTGTGACGTATAGGACCGTGATGGATGCTGATGCTGATGCTGTGACGTATAGGAAGGTGGTGATGCTGATGCTGTGACGTATAGGAAGGTGCTGATGCTGTGACATATAGGAAGGTGCTGATGCTGTAGCTGTGACGTATAGGACCGTGATGGATGCTGATGCTGTGATGTATAGGAAGGTGCTGATGCTGATGCTGTGATGTATAGGAAGGTGCTGGATGCTGATGCTGTGATGTATAGGAAGGTGCTGGATGCTGATGCTGTGATGTATAGGAAGGTGCTGATGCTGATGCTGTGACGTATAGGAAGGTGGTGATGCTGATGCTGTGACGTATAGGAAGGTGCTGATGCTGTGACGTATAGGAAGGTGCTGGATGCTGATGCTGTGACGTATAGGACCGTGATGGATGCTGATGCTGATGCTGTGACGTATAGGAAGGTGGTGATGCTGATGCTGTGACGTATAGGAAGGTGCTGATGCTGTAGCTGTGACGTATAGGACCGTGATGGATGCTGATGCTGTGATGTATAGGAAGGTGCTGATGCTGATGCTGTGATGTATAGGAAGGTGCTGGATGCTGATGCTGTGATGTATAGGAAGGTGCTGGATGCTGATGCTGTGATGTATAGGAAGGTGCTGATGCTGATGCTGTGACGTATAGGAAGGTGGTGATGCTGATGCTGTGACGTATAGGAAGGTGCTGATGCTGTGACGTATAGGAAGGTGCTGGATGCTGATGCTGTGACGTATAGGACCGTGATGGATGCTGATGCTGATGCTGTGACGTATAGGAAGGTGGTGATGCTGATGCTGTGACGTATAGGAAGGTGGTGATGCTGATGCTGTGATGTATAGGAAGGTGGTGGATGCTGATGCTGTGACGTATAGGAAGGTGCTGGATGCTGATGCTGTGACGTATAGGACCGTGATGGATGCTGATGCTGATGCTGTGACGTATAGGACCGTGATGGATGCTGATGCTGTGACGTATAGGAAGGTGCTGGATGCTGTAGCTGTGACGTATAGGACCGTGATGGATGCTGATGCTGTGACGTATAGGACCGTGATGGATGCTGATGCTGTGACGTATAGGACCGTGATGGATGCTGATGCTGTGACGTATAGGACCGTGATGGGTGCTGATGCTGTAGCCTGGTTTTGCTGTGAAGTAGTGTTAGAAAGCCACCAAACCGTGCTTCACTACCTGGTTGGACACAGATGGGTAAAGTGGAAAACTGCTCTAACTTGGATCTCTGGTGCTCTTATGCTAG
Seq C2 exon
GAGGATTTTGGAAACCGGTTAATGCCTGCCTTCACCACACCCTCCAAGATTCCATACTCTGATGTGAACATTGGCACTGGGTTTGCCCACTCGCCCCAGTGGACTTCAGACAGCACGGTGGCAGAAGTGACGAGCATTCAGTTGGAGTTCCGAGAGCTCTCCCGTCTTACCGGGATTAAGAAATTCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000012559:ENSRNOT00000016846:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0153215=Glyco_hydro_47=FE(11.1=100)
A:
NA
C2:
PF0153215=Glyco_hydro_47=FE(14.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
CCAGGAAGTGGGTGTCGGAG
R:
CTGGAATTTCTTAATCCCGGTAAGAC
Band lengths:
326-1914
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]