RnoINT0092929 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000022249 | Mllt10
Description
MLLT10, histone lysine methyltransferase DOT1L cofactor [Source:RGD Symbol;Acc:1310874]
Coordinates
chr17:84881616-84888911:+
Coord C1 exon
chr17:84881616-84881670
Coord A exon
chr17:84881671-84888801
Coord C2 exon
chr17:84888802-84888911
Length
7131 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GGGGTAAGT
5' ss Score
9.65
3' ss Seq
TATTTATTTATCTATTTTAGGTT
3' ss Score
11.72
Exon sequences
Seq C1 exon
AGATGTGAGCTGTGTCCCCATAAAGATGGAGCTTTAAAAAGAACAGATAATGGGG
Seq A exon
GTAAGTACAGTCTTTGAAAAATACTGACAACTGGAATGGTATAGCATTTCAAACCATTTGGTAGTTCATACTGTTTTATCACACACTGTTTACTAAAATGTTACTAGTGATGTAACTGTTAATTGGAGACAAGGTCTTGCTATGTGGTGCAGGCTAACTTGAATTCTCCGTCTTCTTGCTGCATTGTCTCATGTTCTGCAGTTGTAGGTAGATACATTTAGATGTAGCTTAAATGATCTTCTGAATTCAGTTTGTCTTCACGAGTTAAACTTCACACTTAAGTATTAGCTGCTTTACGTAGAACGGTTCACATTCTTCTACTTGAAACCTTGATTTATTTTATGTTTCACTGTCTGTCCTGGAACTCACGCTAGAGACCAGGCTGCCTCCAAACTCCTCAGAGATGTGGCTGCCTCTGTCTCTGCCTCCTGAGTGCTGGGACTGAGGTGTGCCCCACCTGCTTTGTCTTTGTGGTAGCTCTTTGAGACAGGGCCGCACTACTGTGCCCTAGGTGCTAGGGTTATAGGACCAATCTTACCTGGCAAAGTATCCTTCCTACTGTGTCCCTCCTAGGTGCTAGCTCACAGTACCAACCATGCTTGGCAGGATGGTCTTTCCTGAGGATTCTGACTGAGCGTTTCCTCTTCTGAAAACTCTGAATCTGAAATATTAAAATCTAGTACCTTGTAAACATTTGTTTCAGATTTTGGGTTTTTGGATTAGTGATCTTAGATGGTAAAAATCACTGTAAATGTCTTCTGGTTCTAGTCATTTTAGAGGAGAATTACTCCATTTTTAGTTTTCATCTCCACTTTGAGTTATCTTTCCTTGAGAAATGTGTCCCCCTCTGCAACTAACTCCCCTTCTGTCTGTTTTTGTTTTGGTCCTCACCTCCCTAGTCCTTGTATAGTTCAGGGCTTAGCAGTTTTCTGTGTAGTCCAGCCTGGCCTAAATGTGTGGCAGTGCCCTATCCCTGCCTCTAAGTTCTACGGGACTGTTATCCTGTGTACGTCAGTGTCATTCTTACCGTATAGGCATGAGCTTGTTAAACTGTAAAGTATCGGGAAAGTCATAAAGCATTTCTTCCTTATTTTGTTAGGGATTACACTGGTTTATTTTTGGAAGTAAAATCAGCCTATTTTCCTAAAATAATGAGATTCATTTATTTAATTAACATTTTGTTAACAATACTGATTTCTGGAGGGTAAATGAATAAAGAAATTCATAAGGGATTAAAACTGTGATTTCCCTTCTTACATTGTTTTTAGCTTTTGCATTATTAGTGTTATGGTGGCGTTATAATGAATTGGGAAATATTCTTGTGGAGGTATTTCTGTAAAACTGGAATTTTATAATCTTTAAATATTTGGTAGGAATAACTGGGAAATATATCGAGTGTTCTTAAGATAATCAATTTGAATAGTTGATTTTAGTGATTAAATAATTAAAAATTTTCTATTGCTTTGTTCTATTGTTTGTTTCATTTGTAAACTTTGGCAATTTATTGATTTCTCTAGTTTTAAAACTATTGGTAAATGTTGACTATTTTAACTGTTTACATGTGGTCATAAACTGCTTAAATGTGAGAAATGTGTCCTAGGTGCTTTTCCTGAGTAAACCTCATAGATGGAGTGCATTTACACAAACCTAGACGTATAGTCTGCTACATAATTGTATTATACGATGAAGTTATTGCCTCTAGGTTACAAACACATCATATCGCTATACTACTGAATAATGTAAATACAACACAGTGGTAAGTCGTTAAAAATCTAAAGAAAGAAATGGATAATAGCTGTCTGTTCAGGGTACTTAGTTTGTGAGCCTTGAAGTTCTCTTTGGTGAGTAACTGAATCGTGGTTAGGGAATGTGAAGATCTAAGGCAGGAAGGTGTTCTGGCTTTGGTTTTTCAAGACAGGGTTTCTCTGTGTAACCCTGGCTGTCTTGGTCCCGAGCCATCTGCCTGCTTCTGCCTCTTGTGCGATGGGATTAAAGGCGCTTGCCACCGCCGCCAGGGTGGGTCTTAACTATACTGCTGGGCCCCGGCTGACCTGGAAGTCTGTGTAGACCAGGCTTGCCTCAAGCTGAGACTCCCCTGCCTCTTTCTTCGGCTGTGTGCTACCTACCTCAGCTATCCCCTGTCTGTGCTCGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCAGGAAGTTCCGGGGCATCAGTATCCGTATATCCCCCCTTCACACACCATCTCGAGAGGCCTTCAGGGCAGGTGTGTTCATGGGCTGAGAATGTAGTTTGCTGGTGAGCACTGCTTAGCATGAGTGAGGGGCTGAATTCAGTCTTTAGCACATAACAAAACAAACACAAAACCAAGAAACCACTGCTACCAAAGAAACGTGGAGCTGTTAGGACTTGTATAACAGTGCCTTAGTATACCTTCTTGAGGACCTGGCTGCATATATAGTTAACATATTTTGTTTTTAAAAAGCAAATGGAAGGCATAAAAATTAAAATATCTATAAACATAGTACACACATTGGCCAGTAGCATAATTTTTTGTTTTTACTACTAAATATTGTTACATACACACATAGTTGCATGTGGGTAGCCTATTGAATGCTAGCGTTTTAAGTTTGTTCAGATCAGTGTTACTATAAACATGTTAATAGTGTAGTGTGCAGGGACTTGTAATGGCTGGAAAAATTTGCCTTTCTAATAATCGTATGGGAACATGGTTCTATGTGTAGAGTGTGGCATTTGTCATAAAGTTATGTCTGACTGCACTGTCATCTGAAGATATATTTAGTAGCGTCTCTCCTCTTCCTCCTATATTTTATTTTATTTTATTTTTTTGGGATAGGTTTTTTTGTGTGTGTAGCCTTGGCTGTCCTAAAACTCTCTGTAGACTAGGCTGGCCCGGAACTCAGATTTTCCTGCTTCTGCCTCTCAAGTGCTGGGATTAAAGGCATGCACCACTACTGCCAGGCATGATTTTGTTTGGTTCTTTTAAGTAATTTCTATTTCTTCATCAGTATGTAATTCTTGTGCATGTGTAAGACAGTTCAGCTGAGGTATTTACTTAAAAAGTCCAGTTATACTTTTGTATGAAGTTTCTGTTACTATCTCCTATGAATGAGCCATGTGTGCACATGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATACGTACCTTATGTACGAATGTGAAGACGGTTAGAGGTTAAGTACTTGTCTTCCTCTATCACCTCATTTTTAATACAGGGTATCATGGAGCCTGGGATTCATTGAGCTGCTAGACTGACTGGTTAGCTGACCTCTCTCCTGCCTGCTTTCCAGCAGAGTGCAGCCGTGTGTTCCACACCGTATGATTATGTGGGCGCTGGGGATCTCAGTGCAAGTGCTTGTGCTTACACAGCTAGCGCTCTACCTACTGCACTGTCTCCCTGGGTCTGTGTGCTTCCCTGTACACGCTTAAACTTAGTTAGAATGTGTGCACTGGGGCTGAGCTTCAGCTGGGGGCGCTGTGCTGTAAATCCATCCTGAGCATTACAAAACCAAAAACCGGATATACCTGAATGTTAAAACGTTTAATTCTGGAGTAAAGTTCTGCCTTTTAAAGTTTAGGTTTGCTGCTTTCTGTGGTTTTTCTTTCTTTTTTGTTGTAATTGATGCACACTCTTCGGTGAGTGTTTTGATGATTGATTTCCTTGAGCATGTCGTGTAAAATAGTGAGACAGAGGGGGACAATTAAAAAAGAAACTCTATGTTTGTATTTTCTGTGTTCTTTCCAGTTTATCTGCCATACCACTCTTCCTTACCTCTTACTTCTTGTTTGTACCACACCCAGATTCTAGCCAGAGGTCAACTGAGGGTCAGCTTAGATCTTAAATTTAGAAGCTGAGTTCTGCCTTAGTCAGGTCTGTGGTCTCCACATCCTCCAGCACATCCAGGTTGCACCAGGTTGCCAGAGACCTCTCTAGTTTTTCCTCCTAGTCTTTGGTACTTAGTCATGTGTTTCACCTATATTCTTTTTCCTCCAGGCATCTGTGAGTTAAATTTAAGGGTTGCTTTTCTCTCTTGAATCAACTCAGAGAGAACAACACAGGCACACCTTAGTCCTTGGCTAGCTTTCAGACCCTTTGAAGAATTGACAGACACAATTCTTTGCTCATAAAACTTGGTTCTGGTTCTTCTGCCATCAGAGACTAGAGTCTATCTACACCGGAAACTCAGTTGAAATTAAGACCTTAAGGGAAAGAAGATTCCAAAGAGGGCCCCCACCCCACCCCCCAGGTGCTTGGTTGTGGCAAACCTTTTACTGTTTTCCATAATTTAATAAGAGAATTTAACAATTTCTATGTAATTTTTGTTATTTCTGGTGTGGTAACTAGCTTTGTACCTGCTTCCTTCACCGTTTTTTGTTGGTATGTATCTGGATACTTTGCTTCTTATGTGTATGTATATATGCATATATTTATGTACTACAGTCTCATGGCCTAGGCTCCTGTTCTTTCTGCCTTAGCCTCTCTAGTGATGGATCACCACGTGATGCCTCACTATGCCTCACCCTTTTCAAAATTTCAAGCTTTGTCTGAGATATGTTAAGGCTTCTGGAAACAGATCTTATATTTGTTAGGTTAATTTGGATCCATGTACCATACCATTGAGACAATAATTCTTAGTTTTCCTTCTTTCTTCTCCCTCNCCTCCCTCCCTCCCTCCCACCCGCTCCCCTTCCTGTACACTTGCTCCCACCTTTATCTCTCAGTTGTAGGCCAGTTCCCCTGGCAGTGTTTTATAATCTTAGTTGAAAGATTTATTTCTTTTTATTGTATGTGTATTGAACTTCATGTTCATCATGTAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCGAGCACAGACAGGGGATAGCTGAGGTAGGTACGCTCCCTACCCTCCCACCCGCTCCCCTTCCTGT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Seq C2 exon
GTTGGGCTCATGTGGTTTGTGCCCTCTATATCCCAGAGGTACAATTTGCCAATGTTTCTACAATGGAGCCAATCGTTTTACAGTCTGTCCCACATGATCGTTATAATAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000022249:ENSRNOT00000034157:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF138321=zf-HC5HC2H_2=FE(15.3=100)
A:
NA
C2:
PF138321=zf-HC5HC2H_2=FE(30.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg19)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]