RnoINT0111293 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000034228 | Pik3c2g
Description
phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase, catalytic subunit type 2 gamma [Source:RGD Symbol;Acc:620231]
Coordinates
chr4:173732248-173770197:+
Coord C1 exon
chr4:173732248-173732279
Coord A exon
chr4:173732280-173769444
Coord C2 exon
chr4:173769445-173770197
Length
37165 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTACGG
5' ss Score
10.26
3' ss Seq
TTTGTTTTGCTTTTTTCTAGGAA
3' ss Score
11.56
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGGAAGCAAAGACCGGGCAAAACACATGAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000034228:ENSRNOT00000041499:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.636
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg19)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]