RnoINT0123392 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000009402 | Rabgap1
Description
RAB GTPase activating protein 1 [Source:RGD Symbol;Acc:1304691]
Coordinates
chr3:21698032-21721564:+
Coord C1 exon
chr3:21698032-21698218
Coord A exon
chr3:21698219-21721365
Coord C2 exon
chr3:21721366-21721564
Length
23147 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTGGTAAGT
5' ss Score
10.36
3' ss Seq
TTATGGTTTGTGTTTTTCAGGCA
3' ss Score
9.81
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTGTGGGCGGGGCGCGGGGCGAGGTTGGGGAATCCGGCCGCGGAGAGTCGGCTCTGTGAGCTCCGCAGTTGCGGCTCTTCTGTAGCAGGTGGGCCAGAGCTCTGTTCTTCGCGGCTGCAGTCACGAAGGGCTCCCGCCGGCCGTTGTCTGCATGGGCCTGAGCAGCCTGTCTGCGAGCAAGCCGTG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.920
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]