Special

RnoINT0166118 @ rn6

Intron Retention

Gene
Description
xin actin-binding repeat containing 2 [Source:RGD Symbol;Acc:1302980]
Coordinates
chr3:53563194-53592662:+
Coord C1 exon
chr3:53563194-53563381
Coord A exon
chr3:53563382-53592513
Coord C2 exon
chr3:53592514-53592662
Length
29132 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGT
5' ss Score
9.79
3' ss Seq
AATGCTACATTTGTTTTCAGAGA
3' ss Score
6.67
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

5' UTR

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=NA A=NA C2=0.526
Domain overlap (PFAM):

C1:
NA
A:
NA
C2:
NO


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:
NA


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]