RnoINT0168510 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000014501 | Zfp638
Description
zinc finger protein 638 [Source:RGD Symbol;Acc:1309746]
Coordinates
chr4:115670902-115676053:+
Coord C1 exon
chr4:115670902-115670939
Coord A exon
chr4:115670940-115674837
Coord C2 exon
chr4:115674838-115676053
Length
3898 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGT
5' ss Score
9.79
3' ss Seq
TTGTTTTTAAATACTTTTAGCCC
3' ss Score
6
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTCAAAAGAAGAATGATCCAGAACTTGGAAAAGAAAG
Seq A exon
GTATGTTGCTTTAAGGTTTTTTTCTTCTTGATTTTTGTGTTTAAGTATTTCTGGATCTTAGAGTAACTATTATGTACTGAAATTCCTACCTGACTGTTCCTGTTGGTTATGTGTAAGCTTGTTGTCCTTTTACTTTTGGGTTCTGTTTGGCCCTTGGGATTGTTTTGGTTGATGGCTATATTTAAACTCATTCAGGTGTTTATTGACTATTTAGAGAAACTGCATGTATAAACTATTTGAATCAGGTATAAAAATATTGATTCTTTATGCTTTGTAAACCATCTGGAGCAGTTCAATCTGTGATAGGTATGATATGGCTCTTCCTAGATTGTTCTGCTCTAAATGGCAGTTTTATGTTTCCATCTTAAAATTTCATTAGCTATAAATAAAAAATAGAAGTTCAGTGTATTTTTTTTTTGGTTCTTTTTTCGGATCTGGGGACCGAACCCAGGGCCTTGTGCTTGCTAGGCAAGCGCTCTACCACTGAGCTAAATCCCCAGCCCCCAGTGTATTTTTTTAAGTTGGTACAATTTAAGACTGTTTTGAAGATGGTATTTGTCCAAAAATTTACTACTTCGTATCCACAAATAAAGCTTGATTTCAACTACCAACAAAAACATTTGTTTTAGCTATGATGCTTACTATTTATTGTCTGTTTTTAAAAATCTTATAAGTTTAATAATTTGAAAATCTTTAAATAGAAAAGTAATTATTTGATACTTTACAATGTCTTATAAAATTCTTCTCATTAACTAGTTTTTTATAAAATCGGACTATTTGGGGTTGTTAAAATGATCATGAGCATATTAAATACATTGGTAACTCATAAGCCCCATTTGAGGTTACCGTGTGTCACCACATAGCTTTTTAAAAGAAAGTTTACCCTCAACCAATAATAGTCATGTGAAAGTCCATAGAAAGCTTAATAATTACAATGTCATACGTGTTCGTATGGGCAGACCTACAGTTTTGCTCTATTGGTAGTAAGAAATAGATTTCCCCCAAAATTTATTTTTGTGTATTCTGTTTTTTAATTTTTTAATCTGCAAAAACTTGTTTTTAATCAGAAACAGTGGGTTATTGTCTTTTTATTGGTTTTGGATTCTTCTTAGAAACTCAATATTGATATGTTTACAGATAGTTTCTAGTCTTAAATTGATGTTTTTAAAACTGCTTCCAATTTCATTTTTTTCTGACATGTATTACAGAGAGAAAAATGTGGGGTATGGCTAGAGTATTTAACATTACTTTTGGAGTAAACCTATAACACCCTTCCCCCAAAAACCAAACCAAAAACCAAAAAACTGTACTGGTGTTATTTGTTTTAAATATTGAGTCTTTTAGAAGTAAATATGGTTGCCCATTTACCTTAAAGCATAATTTTTTTGTTTCTAATTAATGTGAATTCTAATCACAGATTGCTTTGAGGAAATTTTATATTAATAGTTTAATAGTAACTTAAATTATCCTTTATTAACCTCTCTAAATATATCCTATTTATGTGTCATTTGATTATGACTTTAAATAAGGATGCTAGATGAAATTTCCCTTTTTTAAAATAATATTGGGGAATACCTGGTGAAACTTTGCAATTACTTTTCTCTGTTAAATCTTATTCTAAACTGTCTTGAGATGTGTGCATTATGGTGTCATCTTCTACCCTCATGTCTAGCTTTTATAGTATTCCTTTTTGGGAAATTCTTAATTGATGAGGTTGGGAAGTAGGATCACCGTATACTAATTAATTGCCTTTCTGGAATTTTTTTCATGTTGTTACTCTGAATGTGACTTTTCCTTTCATTTCCTTAAAAACAAATACAAGCAAACAAAACTGTTCTTTTAACTCTGGTCTTAATATTGTCATTTATTTGACATCTCACTGGTATTCCAAACTAAATTGATCATTAACATTGAAACTTTCCTTCATTATAGCTAATGAATAGATACTCACTTTTGAAATAATGTCTAAGAAAACACTATAATACTGAAAGATTTACACAGTCTTTAGGTGCTGGAGAGACATCTTAACAGTTACGAGTACTTGTTGTTCTTTGGGAGAACCTAAGTTCAATTTCTCGTAGCCACATGGAGGCTCACAACTTTGTGCAGTTCTAGCTCCAAATGTCCAGTACCTTCTTCTGACCTCCAAAGATTCCTGTGCTTACACAGTGTACATAGATTCACACAGGCGCGTGTGCACGCACGCACACACACACAAATAAATATAAACTTTAAAATGACCGTCACAGAAGCAAAATATGTAACTGAGCTATCTTTACTAACAGACCTGTGTTTCATGTGTGGAATTGTGTAGTTTTCTTAGTGTAAATGGTAACTTTTTAAACATTTTAAATATGGTAATCGAGAAAGCTTTTTACATCTTTCAGATGATATTTAAAAAGTCTTCATGTTTGTTCAGACTCATAAATGTTTCTATATAGTTCAATTTATAAATCGTTAGGATCAATATATAGCTCACTAATGAGGCAGGAATTTGAGTTCATTCTTTATTATAGATATGAATCTTGTAATTTCAAAATGCTTGTACTTTGAGGAATATCCATGTAACTCTTGAATGTCACAGTTGTTTTTTCGTCATATTTGTGCTTGACCACAGATTCTACTCTAGTTCCAAGAGTTTTGAATACCTAATATCAGCCCTTGGTATCTTCGGTGTTAGAAATAGCAATAATTTAAGATGGGAGCACTTGAATATACTAAATAGTTCATACAGAAATTACTATATATTGTTATTAAGACCTACGGTCCCTAGATGTTCATCTTAAACTTCTTATGCTTCACAGGGAACAGTATGTTTATTTATAAACTTCCGGTTATTCTTCTGGGGGAACCAATTTATTTAATTTAACAATTAGACCCTGGCCAGGGCAGATAGCACCTTTTTGAAATCTCTGAAATAAAAATAGCATCTTATGACAGAGATAGACATTATCTAGTGTCAAGTAAAGCACATGTGGCCATCTTCTGAAAAGCATGTCAGAAATGACAGTTTATCCTCTCCTTGGAAACAAAGAGTTAATAATACTAACTATATTATAATGTTTGATCCCTTTCTGGTGTCTTTCTCTAACTTTCCATTTGTAACAAAATTACATGACTGTGTTAGACATGATCCTTTTATATACAATTAGCCATGCATTTTCTTTAGTTTATCTAGATAATCAAAATATATGATAACTAAATGAGTGGTTTGTTTATAGTAAGAGTGTATGTTATGTTTAGGTAGTTCTAACAGTTTTACTTAGAATTTTAAATCTTCAAAAGTTACCTAGGTGATTCTAAAGAAAGGTTTCTTTTAAATGTTATCATTCATAAATACATTTTTTTTTAGAAAATTTAAAGTAGGTCTTTTGCATTCAAAAAGGAGATAAAATGGTTAAATGGCATTTCTCTCCATGCCAGTTTCATGTTGTTTTTATGGAAGTTCAGTATCCATTTTAAGGTTACATGTATGGTCACTAATTTTATTATAAAACTGTACACACTTTGTTTAGCTACCTGTGTCATGAGTAAAGGGCTAATAATAATCTGCGATGTCTCAAATTTTTGTTCAGTCTTTTTAGGTACAAACCTGAAGCAGGAGTGAAAAATTGTTAACTCACACAAGTAAAAGGAAGATATTAACACTCCTAGTTTTTCTGTTGTTTCCTTTGAATTAAAAAGATAGAAGCTCTCTATATTGTTCACCTTGTGTATTTCCATCAGAACATCTTGGCCACTTTAATGCTGATTGGCTGGATTTCCCAGTGCTTATCATTTGTGCATTAGGAAACCTGTACAGTTGGCATCAACAAGGTTTTACAATGATTGAATTCTCATCATAGTTTGATTTTTGTTTGTTTTGTGTTCTTTTTTGTTTGTTTTTAAATACTTTTAG
Seq C2 exon
CCCTGACTTGAAAAACAGTCCTGTTGATGAAAGTGAGGTACAAACAGCAGCTGATAGTCCCTCTGTTAAACCTAGTGAGGTTGAAGAAGAAACCACTTCCAATATTGGAACAGAACCTTCAGTGCATCAGGAAGAACTTGGTAAGGAAGAACCCAAACAAGCCTTGTGTGAGTCTGACTTTGCAATTCAAACACTAGAACTTGAAGCTCAAGGAGCAGAGGTCAGCATAGAAATTCCTCTTGTAGCATCCACTCCAGCCAATATTGAGTTATTCAGTGAAAATATAGATGAGTCTGCTTTAAAGCAGCAGATGTACGCCAGTGACTTTGAAAAGGAAGAGGCAGAAGTTACAAACCTTGAAACAGAATTACCAGGATCCGACAGTGTCTTCATTGAAGAAAGGAACATCAAGGGAATTCTAGAAGAGTCTCCATCTGAAACAGAAGATATATTTTCTGGAAGTGCACAGCCTATGGTAGAAGCCATAGCTGAAGTGGATAAACATGAAACTGTTTCAGAAGTACTGCCATCTGCTTGTATTGTGACCCAAGTACAAGGAGGTTACGAAGATGAGAAGTCTGTGAGCAAAAAGGATATTACTGAAAAAGGTAGTGTGGATGAAAAGAAGGAAAATGAATTTAGTACTACGGGGACCAGAATGGATTTACAAATGAAAATGGAGAAGGCTGAGGAGAGTGAAGCTAACATATTTGCAGAAAAACTGGAGAAGATTATTGCAGCCATAAGAGAAAAGCCAATTGAAAGTGCTGTAATCAAGGCAGACCCAGCTAAAGGAGTGGAGCAGAGCAGTAAGCCTGATGAAACTGGTAAAACTAGTGTGCTGACTGTATCAAGTGTGTACAGTAGTAAGTCAAGCATCAAGGCTACTGTGGTCTCTTCTCCTAAAGCAAAAAGTACACCTTCAAAAACTGAAAGTCAGAACATCTTTCCAAAACCTGTGCTTAGAGAGCAAATAAATGCTGAAAAGAAAGTTTCAGCCAAGGAATTTGGTCTGCTTAAAAATACCAGATCAGGCTTGGCAGAAAGCAACAGTAAATCCAAACCCACTCAGATTGGTGTTAACAGAGGGTGCAGTGGAAGGATCTCAGCCCTTCAGTGCAAGGATTCTAAAGTGGATTACAAGGACATAACAAAACAGTCTCAGGAAACAGAGACTAAACCTCCCATCATGAAACGGGATGACAGCAACAATAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000014501:ENSRNOT00000019617:21
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.682
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]