BtaINT0007072 @ bosTau6
Intron Retention
Description
NA
Coordinates
chr16:78555135-78590234:-
Coord C1 exon
chr16:78590189-78590234
Coord A exon
chr16:78555185-78590188
Coord C2 exon
chr16:78555135-78555184
Length
35004 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTTGGA
5' ss Score
5.59
3' ss Seq
TTTAAAATTTGCATTCACAGGAA
3' ss Score
8.01
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GAAGTACTACAGACTGTGCCAAAGTTCTGCTTCCCCTTTGACGTTGAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000037661:ENSBTAT00000056230:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF0345613=uDENN=PU(34.0=94.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development