BtaINT0007546 @ bosTau6
Intron Retention
Description
Uncharacterized protein [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:E1B7M0]
Coordinates
chr25:2257961-2267896:+
Coord C1 exon
chr25:2257961-2258244
Coord A exon
chr25:2258245-2267741
Coord C2 exon
chr25:2267742-2267896
Length
9497 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGAGTGAGG
5' ss Score
2.6
3' ss Seq
CTGCCCTCAACCCCTGGCAGAGC
3' ss Score
5.85
Exon sequences
Seq C1 exon
GAACAGTTACCCCTCCGAATGGTCAGTCCAGTTTGGGGAACTATCTGCCACACCATCCATTTGGAGCCTGCGGGCCTTCCTGCGTCGATATGGAGTCCAGGATATTATCACATTCTCCCAATTCAGGAAGAATTTTCAGCATGACATCGCCCTGGTGAAGCTCTCCTCCCCGGTTACCTTCAATAAGCACGTCCAGCCCGTCTGCGTCACGTCCTCCTCCTTGGAGTTCAAGAACCGGAATGACTGCTGGGTGACTGGCTGGGGGAACATCGGCGAGAGACAGA
Seq A exon
GTGAGGCTGGGGACAGACGGGCGGGGGAGGGGAGCACTGTCCACCAGGCCCTGTGCCGGCCCGCACAGCAGCTGCAGGGGCCCCGCCTCGGTCTGTGCCCACACTGCCCTCTCTGTGCCCCCTCAGCAGTCGGCCTTCACCCCCTCCCCGCCCCCACCACGGAGCAGCGCTTTCTGCACCCACACTCAGCTCCCCCTCCCTTCCGGAGGCTTCGAGCCTGGAGCCAGGGACCAAGGCCCACCTGCCCAGACCTGCAGCCCCAGACTGCAGGGGTGCGCGAGGTTTTGGGGTGCACTTATCAGAAAAGCACCGGGCTTTTTTTTTTTTGGAGATACAGTTCACAAAGCATAAAAATCATCCTTTTAAACTGTACAATTCAGGGACTTCCCTGGTGGTGGTGGTTAAGACTCTACCCTTCCACCGCAGGGGGGCATGGATTCAATCCCTGGCTGGGGAACTGAAATCCCACATACTATGTGATATGACAAAAAAAAAAAAAAAGCATAAAATTCAGAGTGGTTTTTTTTTTTTTTTTTGGATACTCAGAATGGTGCAGGTACCACCACTATCTAATTATGGAACATTTTCATCATCTCAAAATGAAATCCCAGACTTATTAGCCATTACTCCTTACTCCTCGTTGTCCTTGGCCATAGTCCCTGGCAACCACTAATCTGCTTTCTGTCTTTATGGATTTACCTACTCTGGTCACTTCACATGAACACGATCTACAACATATGGTCTTTGGTGCCTAGCTTCTCTCACTCAGCATAACATTTTCAATGTTCACTTTTGTTTTGGCATGTCAGTACTTCACTCCTTCTTTCTAAGCTATTTCTCATATTAACCATTTTTAAATACATAATTTGAGACTTCCCTGGTGGTCCAGGGGTTAAGATTTCGCCTTGCAATGCAGGGGGTGTGGGTTCCATCCCCGGTCAGGGGACTAACATCCCACATGTTGTTGTTCAGTTCCTAAGTCGAGTCCGACTTTGTGACCCCCACAGACTGCAGCATGCAGGATCCCACGTGCCTTGCGGCCAAAAAAAAACAAAACATAAAACAGAAGTGATGTTGTAACAAATTCAATAAAGATTTTTTAAATGGTCCACATCAAAAATAAAGTCTATAATTCAATGGCATTTCAAACATGCACAGTGCATAACCGTTGACTATCAAGTTCAAAAACATTTTCATCAAGCCCAAAGGAAATCCCATAACCATTAAGTAATCACTCCCCATTACAGCCCTCCGTCCAGCCCTTAGCAACCACTACCAGCTTTTTGCCTCTATGGATTTATGTGTTCTGGGTATTTCAAGTAAATAGAATCATCCACTATGTCACCTTTCATGTTTGACTTCCTTCACTTAGTATAAAGTTTTCAAGATTCATCCATGTTATAGTATATATCAAAACTTCATTCTTTTTTTTACAGGGAATAATATTCCATTGTATGGATGGACCACAATTTGTTTATTCATTCATTCACTGATGACTGTGTCATTCAATCTTTTGGGTATTTGTGTCAATAGTGAAGTGAAGTCACTCAGTCGTGTCCCACTCTTAGCGACCCCATGGACTGCAGCCTACCAGGCTCCTCCATCCATAGGATTTTCCAGGCAAGAGTACTGGAGTGGGTTGCCATTGCCTTCTCCGTCAATATTGTGTCAATATTAGTATACAAATTTGTGCTTGAATACCTCTTTTTGGTTATTTTGTGAATGCATTTAGCAGTGCAATCCTGGATCACATGATAATTCTATTTTAACTTCTTGAGGAGCTGACAGTGTTCCATAGCAGCTGCTCCATTTTATAGTCCCATCAACAATGAGGGTTATAATTTCTTTCCATTCTCCTCCACACTTATTATTTTACAGGTTGCTGTTGTTTGCGGGGAGGGCATCCTAGTGCGTGTGAAGTGGTGTCTCACTGTGCTTTTGATTTGTGTTTCTCTAATGACCAGTGATGTTGAGCATCTTTTCATGTGCTAGTTGGCCATTTGTATCTTCCTTGGAGTAGTGCCTATTTAAGTACATTACCTTGGTGTGTTTTTTTTTTTTTTTTTGGCCACACTACATGACTTGTGGGATCTTAGGGATTGAACCTGTATCCTCAACAGTGAAAGCATGGAGTTGTAACCACTGGACCACCAGGGAATTCCCAATTGATTAAAAAATATATATTTAATTTATTTATTTTTGGCTGATTCTGGTCTTAGTTACTGCACAAGGGATCATCGATCTTCATTGCAGCATGAGGGATTTTTTTTTTTTTTTAGTTGCTGCATGTGGGAGCTAGTTCCCTGAAAAGGGATAGAGCCTGGGCCTCCTGCATTGGGAGCAGGGAGTCTTAGCCACTGGATCACCAGGGAAGACCCCCAACCCATTTTTAAATTGAGTTGCCTTTGCAGTTGAGTTGTAATAGTTCCTTATATATTCTGGATACTAGACTCTTTTTAGAGATGTGATCTGCAAATATTTGTTCCTATTTTGTGGGTTTCTTTTTTTTATTTTTTCCCCTTTTTTCTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTAATGTTCCTGGGTCTCACTCCATAGATTTAATTGGTCTGGGATGTGGCATGGACACTGGGGTATTTTAAAGCTTCCCAGGTAATTATAATATGTAGCTAGGGGTGAGACCAGCTGGCTTGGTGGGATTCATGATGAGCAGAGGGCCAAGTGATGCCAGGAAGGAGGGTTATGATAATCTCCAGGAAACGGATAAAGAGCTAAAGATTTGAAAGTTGAAATGAAGACCTGGCCCAAGTTCTGTCGAACAGGTAGGCTTTAGTGTCTGAAAGTTGTGTTTTGAATCCTCTTACATAACTCTTCAAATTCCTCGAAATAGGGATCATAACCTCCTTCCTCCCAGGTTTCTCCACATTGTCAGTCCCTGGTGTTGATGCGGAAATAGCACTTCAGATGCAGGGCTGAGCCAAGACTCACGGACCACATCTCTTTTCACTTTCATGATAGTGTCTATTTTTAAAATATATTTAATTATTTAGTTTTGGCTGCCCTGGGTCTTTGTTGCTGCTCATGGGCTTTCTTTCGTTGCAGTGTGCAGGCTTCTCATTGCAGAGGCTTCTCTTACTGTGGAGCATGGGTTCCATGGCATGCAGCTTCAGTAGTTTTGTGGCATGTGACCTCAGTAATTGCAGCTCACAGGCTCAGTAGACGTGGCATGTGGGATCTTCGAGGACCAGGGATTGAACTTGTGTCCCCTGCATTGGCAGGTGGATTCTTAACCACTGAACCACCAGGGAAGTTCATGATAGTGTCTGCTGATGCACAACATTTTTAATTTTGATGAAGTTCAGGTTGCTTTTTTCTTTTGCTGCTTTAACTTTTGATGTCATGTCTAAGAAATCATTTTCAAGTTCAAGGTCATGAAAGTGTACTCTCATGTTTTCTTGAAGAGTTTTAAGTTTGGTTATAGTGCAAGGAGATCCAACCAGTCCATTCTGAAGGAGATCAGCCCTGGAATTTCTTTGGAAGGAATGATGCTAAAGCTGAAACTCCAGTACTTTGGCCACCTCATGCGAAGAGTTGACTCATTGGAAAAGACTCTGATGCTGGGAGGGATTGGGGGCAGGAGGAGAAGGGGACAACAGAGAATGAGATAGCTGGATGGCATCACTGATTCGATGGACATGAGTCTCAGTGAACTCCAGGAGTTGGTGATGGACAGGGAGGCCTGGCATGCTGCGATTCATGGGGTCTCAAAGAGTCAGACATGACTGACCTGATCTGATCTGATCTGATCTGATAATGTTAGCTGTTATATTGATATGTATGTCTTTGATTCATTTTGAGTTGATCTTTGTTTATAGTGTGAGATAAGGGGTCTGGCTTCATTTTTTGCATTTGGATATCTAGTTGTCTCAGCACCATTTGGTGAAGAGACTGTTCTCTACTCTACTGAATTGTCTTGGCACCCTTGCCAAAAATCAGTTGGCCAAAGAAGAAAGGGTTTGGTTTTTTTTCTACACTCAAAATTATATTCCATTGGTCTGTGTTTCTATCTGTTTGTCAGCACCCCATTGTTTGATGCCTGTACCTTCCAATTATATTTTGAAATTGAAAAGTGTGTGTTCTCCAACTTGTACTTTTTCAAATATTGGTTTGTTATTTGAGTTCAAAACATCTCTTGATATTTTACATAAATTTTAAAATCAACTTGTCAATTTCCACTCAAAAGACCTTTGGAGTTTGGATAGAGGTTGCATTGAATCTGTAAATTGCTTTAGGAGAGTATTGTCATTGAAATAATATTAAGTCTCCAGTCCATTCACATGAGATATACTTCCATTTATTTAAATCTTCTTTAATATCTTTCAGCAATCTTGTGTAGTGCTTCTTGTGGGCAGATCTTTCATCTCCTCAATTAAATCTATTTCTAACTTTTATTCTTATTGATGTTATTATATAAATAAATTTTGTTTTCTGATATTGTTTTGGAATTGTTCATTGGCAGTGTATAGAAATATAATTGATTTTTATGTCGATTTCAGATCTGCAGATTTGCCAAGTTTATTAATTCTAGTCCTTTCTTGTGTATTCTTTATGATTTTCTGTATATAAGATCATGTCATCTGTGAATAAAGAGTTTCACTTCTTCCTTTCCAACTTGAATATGTTCTTATTTCTTTTTCTTGCCTAATTTCTCTGACTAGAACTTCCAATAAAATGTTAAGTGGAAGTGGCAAAAAAAAAACTGGCATCCTTGTCTTAGGGAGAAAGCTTTCAGTCTTTCACAGTTCTGTATATTAGCTGTGGATGCTTCACATATGATCATTATCAGGTTAAGAAAGTTCTCTCTATGCTTAGTTTATTGATTGTCTTTATAATGAAAGAGTGTTGGATTTTCCTGCATCAATCAGGATAACCATGTGGGTTTTTTCCTTTGTTCTATTACTATAGTATGCAGTGTATTGATTGATTTTTATATATTGGACCCCCCCCGCCTTGCACTCTTCAGATA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Seq C2 exon
AGCTGCTGCCTCCCTACAATCTCCGGGAAGTGCAGGTCTCCATCATAAACAAATCCAGGTGTTCCTACCTGTTCCAGCAGCCTTTATACCGCAGAAACATCAATCATGGCATGATTTGTGCTGGCTCTGAAGATGGCGATGCTGACAGCTGCAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000038568:ENSBTAT00000052985:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0008921=Trypsin=FE(39.7=100)
A:
NA
C2:
PF0008921=Trypsin=FE(21.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]