BtaINT0022826 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000016167 | ATL2
Description
atlastin GTPase 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:24047]
Coordinates
chr11:20707113-20729649:-
Coord C1 exon
chr11:20729405-20729649
Coord A exon
chr11:20707248-20729404
Coord C2 exon
chr11:20707113-20707247
Length
22157 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAAT
5' ss Score
6.38
3' ss Seq
TTTATGCTTGATTTCAACAGGAT
3' ss Score
8.14
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GATTCTCAGAGTTGGATTGGTGGAAACAATGAACCATTGACTGGCTTTACATGGCGAGGTGGTTGCGAAAGAGAAACAACAGGCATACAAGTCTGGAATGAAGTGTTTGTGATCGAGAGACCTAATGGAACAAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000016167:ENSBTAT00000061283:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.037 A=NA C2=0.044
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0226314=GBP=PU(18.8=62.2)
A:
NA
C2:
PF0226314=GBP=FE(16.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development