HsaINT0014173 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000119787 | ATL2
Description
atlastin GTPase 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:24047]
Coordinates
chr2:38546027-38570654:-
Coord C1 exon
chr2:38570410-38570654
Coord A exon
chr2:38546162-38570409
Coord C2 exon
chr2:38546027-38546161
Length
24248 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAAT
5' ss Score
6.38
3' ss Seq
TTTATCCTTGACTTTAACAGGAT
3' ss Score
8.97
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Domain overlap (PFAM):
C1:
PF117293=Capsid-VNN=PD(40.3=30.5),PF0226314=GBP=WD(100=63.4),PF0226314=GBP=PU(2.8=4.9)
A:
NA
C2:
PF0226314=GBP=FE(16.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)