BtaINT0034502 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000017866 | CD36
Description
Bos taurus CD36 molecule (thrombospondin receptor) (CD36), transcript variant 1, mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001278621]
Coordinates
chr4:40616165-40641934:-
Coord C1 exon
chr4:40641763-40641934
Coord A exon
chr4:40616251-40641762
Coord C2 exon
chr4:40616165-40616250
Length
25512 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAATT
5' ss Score
5.99
3' ss Seq
TTTTTTGTTTTAACTGATAGGTT
3' ss Score
9.03
Exon sequences
Seq C1 exon
CCATTCTTGGATACTTGGAGGTGGGGCTGACGGATGTACAGCGGTGATTTGACCCAGCACTTGAGGCAGACACAACAAGAGTCATCAGTGTTAATTTCGTTGTCCTCCAACCAGCATTCTGAAAGTGCGTTGACACTGGTGGCCTTGCACTTTTTCATCGGACTTCCAACTG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTTACCACTGATTAGAAGAACTGACTCCTTCTAAGACTCATCAGATCGTTTACTGTAAAAACTGTATCTTTCTAATTGTGAAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000017866:ENSBTAT00000023750:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]