MmuINT0032287 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000002944 | Cd36
Description
CD36 antigen [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:107899]
Coordinates
chr5:17335274-17355610:-
Coord C1 exon
chr5:17355475-17355610
Coord A exon
chr5:17335368-17355474
Coord C2 exon
chr5:17335274-17335367
Length
20107 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTAGTAAGT
5' ss Score
8.01
3' ss Seq
TTTTGTTGTTGTTTTGACAGGTA
3' ss Score
9.7
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTAGTTTACAAATGATTTGAAGTGCTGATCCTTTCAGAGTCTCAACAGATTATTTCTTAAACAGCTCATACATTGCTGTTTATGCATGAATTAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000002944-Cd36:NM_001159556:1
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs: