BtaINT0038236 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000008028 | CHN1
Description
Bos taurus chimerin (chimaerin) 1 (CHN1), transcript variant 2, mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001113247]
Coordinates
chr2:22058542-22068483:+
Coord C1 exon
chr2:22058542-22058626
Coord A exon
chr2:22058627-22068309
Coord C2 exon
chr2:22068310-22068483
Length
9683 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
5' ss Score
10.77
3' ss Seq
TTCCTTTTTAAATTCTTCAGATT
3' ss Score
8.52
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCCACACATTCAGAGGGCCACACTGGTGTGAATACTGTGCCAACTTCATGTGGGGGCTCATTGCTCAGGGAGTGAAATGTGCAG
Seq A exon
GTAAGAGCTCGTCCCCTTTCTCTTTATTGAGTAAGACATGAAGTTATAAGGAATAACTTAGGAGGAGACTGGCTGTTAGGCGCATAAAATGGGCTGAATCCCTATTTGCTCTTAACATGCAATAGGCCATTGACATCTCAGGCATCCCCTTTGGATATTGATATTTTATCTGCCTTTAACCTTCCTGTACTTAATGGGCAGCAGTCTGGTCCATTAAAAAGAGGGAAGTCATCTTGTTCAGAAAGTCTGATAAAAGGAGGTAAAAGTAAGGCAGTTAAATTTGCCTTGCCTTTGATGTTGCAGTAACTAAATTTGTAAAAATGATTTTTTTTTTAAAAGCAATGTACAGGGACCTATGATTGTTGCCTTAGAAACTGAATTTTAAAAAGCTTGTTAAGCTGAATTGTCCTTACTAAATTTTGTGAAATCAAATTGAAGCTTTAAAAACCTGTGAATTTATCTTCAAAGATGATTATCATATTTTGAAAAACCACTTAGTCACTGATACTTTGTTTTTGATATTTTGAAAGCTTGAATTTGCCAAATCCTTTTTATAACATATGACCATAGTATTTTAGATTTAAATTTAGAAACTTGTAAGATTTCCACATAAATAACCAACTCAGGGATTTATTGAAATGCTTTATGAAATAAGTGTTACTGAAATCATGTGAACTTCATTTGTATATAACAACTATACTGAGTACTGGCCATTTACTCAACTGCTCTAAATTCTGGCACAGACTTAAAAATTATTATTTGTTTCAAGTGTGTGATATTAGGTCATAGAAGTTTCTGCTATTTAAATTTTAAAGCTAAAAAATATGTTCTTACATGTTTTTTGCATGAAGTTTAACTGTAAATATGTATATGAAGAGTAAAGTATTTTGAAGGTAACTGAAGTAATTGTCAAACTTAGCACTGTAAAAATCCACATTTCTTTTGTGGCATGATTCTTAATGGAATATTTTTGTTGTCCATTATGTGCAGAAACTTCTAGAGTCTGATTTTTTTATTTCTCAATTGCATTTTCTTTGAATAGCTAGATAAGTATGCATTGCATGTGAGCATTCCAAGTTACCCTCCCCCCCACAACCTTCGACTTCCTTAGCACCACTAAGGCATGATAAGGTTCCAGGCTTATGTCACTAGCCAGATCCATTCATGGACTTCTCTGCCACATGGAGCGGTAAGAATTCCCCACGCCTTGACTTTGAACTGTGCAAAGGTGTCCTTCAAGGAGAGCCTCAGCTCAGCCAGTCTAATTCCTCCATCATCCTAGAGGACTGACAGCCCCATTTGCAGGTTTCTGCCCAGAGAGTAAATGAGAACATTAGCTTTCTGGCTGGTGGTTGCCCAGAGTCATTATGAGGAAGCATCACTGGGAAGGCTATGGTTGAGCCTCGAACTGGAAGGGACCACAGTGGAACATAGTGGTGTAGTTAAGATCAACCACATTGTCATGGTGTTTCAAAGGCAAATGACATACACTTCCCAAAGCACAGATCACCTGTTCAAAGAATGATGGTCTCGATAAGCTTGGTTTGCCTTTATGACATAACCTTGACCAGCTAAGACTACAATGGTTTTCAAACACTTTATGACTATCACTAACTCAAAAGCTTTTCTTTGACTAGAGTGATGGTGTGTATCATATATGTTTTGAAAGAGTGAAGGCCATCTACATGAGAATTCTGAGTTAGCTATTGGCAGAAAACTAGCACCACACATATGAATAATTTTTGGCAGTATGCTACAGTCCAAAATCATATTTGAAAGAAATGTTTTGGAATGTTTATGATAGTAATAATGTGAAGGAAAAGAAATAAAATGATTCATCCCATCCCATAGGCACTGACTTGAATAGCCTTTTGTTTTTATTGTGAGTAAAGGTATGTAAAGAATGTATGTGAGTAAAGGTATGTGAGTAAAGAATGTAAAGAAAAGCTTATTGGTTTTATGTTATATCTTGCCTTCAAAAGCATTATATTCTGTGTGACTGGAACTGTATTACTGAGCTGTATAAAACAGGTCAACCCAGTTTTTAAATGTAGAAGGTTGGGATTTGAATTATTCTATGACTAATTACATTTAGATTGACAGTGAGATTCTTTCATCTAAAATGGCTCATCCTGATTTTTGAGCCATCTACTTTATTTAAAACAAAATGCAAAGAATTAATAATTTAAAGAGAGAAAGAACTATGGTAGGGTGAACACTGGCTGCCCGAAAATGTCTGCTTCCTAATCACCAGAACCTGTGCCCATGGCATAGGTCTTGCCTTTCATGGCAAAGGAGACTCTGTGACCAAGTTAAGGAATTTGAGATGGAGATGGGGAGAGTCCTGTGGATTGTCAGAATGGGCCCAATGTAGTCATAATTGCAAGAGTCCCTAGAAGAGCGATGCAGTAGAGGCTGATTCAGAGAAAAGATACAAGCACAGAAGCAGAGGTCAGGAAAGAGCAAAGATGCTATACAGCTGGCTTTGAAGGGGGCCACGAGCCAATGAATGCAGGTGGCCTCTGGAAGCTGGAAAAAGCTAGAAAAGAAACAGATTCTTCCCTGGAGCCTCCAGAGGGAACACAGGCTAGCTAAGGCCTTGATTTCAGTCCAGTGAAACTGATTTTGTACTTCCGACTTCTAGAACTGTTAGATGATACGCTTGTATTGTTTTAAACCCCTGAGTTTATGGTAATTTGTTACAGCAGCAATAGTAAACTAATACACTAGCCACTGAACATTAAAGCTGGTACTTCCAAAGAAAAATGGCTTGCTTACAACTTGTCAGAAAAGAGATGTATTTTTCTGCTTTTGACAGCTTGCTTTCTTTTCTTCAAAATCCACCAAGGCAGAAGAGAGCTTGTCAGGAACTTTTAAAGAATGTTTGGCAAGAGCAGCAATTTTGTATCCCACCACCCCTTTTTTTTAAAACATTATATAAAGTGTTGGGTGGTGTTCCAGTCACCAGGCTGGCAGCCAATAGCAAGCAAGCTGTCCCTTCAGGACCCAACGCTCTAGGCTTGCTCAGCAGCCCACACAGACAAGGACAACCGAGGGAACAGCGAGGGTAGGCATGGGCCTGCAGTCACTGCAGATGTGCTCTCCAAAGCCCCACAGTCTGCGTTAAACATCCCCGCTACGACAGTCTGCCTTACTCTCGCTTCTTTAAAGTGAGTAAAACGACATTGCAAGGGACCATCTAACTGCAGCTTGGGAGCACTGCTCCTCCTACTAAAATATTTATGAGCAAAGTAAGTAGCGTTCAAAAGTAAAGGGCAAAGGATCATTGTCGTTCAGATAGAATAATATTACGAGACCATTTTTCCTTTATGCAATGTAAGCTTATAGGTTAAAGTAATCTATTATTATTATATAATCACTGAGATCATCAAACATCCCTCTCATTAAAAAGACCATTATTCCACCAGCATTCCTGAATTGTTTTCATTTAGCCTGCCCAGAATATTCTAAGAAGTTAAGCCGGATGATAATTGTAAATCAGACATATCAGCTTAGTGTTTGTTATTTAGGAAAGTGACTTCATTTTTCCAGTGTATCATTGTCATTGCTGCCAGCCCTCAAAAGGAAATAGCAGCAGTTTTTTCCTAATAATAAAATGTATTTATTGCTTTGTGTATAAAGCACTTAACTCTTAGGTTAGAGAAAGGGAAGTAATGTCTTTTCATTACTGCTTTGATTGTATCTAAAAAGTTACAGTTGTCCTTGTAATCCAATGAGAAATTGGTCAGACTTGCCTAAGACTTTCATATAGCTCCTTTTATACATGAAAGCAGTATTTTCATAAATATTCCCAAAAGCAAAATATTCTCAATTTTGCTTGTGAAAATAAGGCCTTCTAATGCATGTTAAAAATGAGCTAGTCCCACTATTCTGGGGTGGTAGTGGGATCAACTACGAGACATGTTTAAAAACTTCTATTTGCAGTTATTTAAAATGGGAACACTCATAGAAAAGAATGAATAATTACCTTTCTTTTCAAAACACATATTAATATTACCCCTTAATCCTCTCAGTAGAATATAAATATCAGCTGTGTATTTCAAAAAATAGGTTTCTGTGCTTTTTAGATATAAAACACATTTTTTTGGGAGAACTCAAGCCCAGAAAATCTGACAGTAACTTCAAGTTAGTAGTCTAACAGAAATACTTTATAAGGATAGGTTATGTTTTGAATTTCTCATTCCTCCTTTCTTGTGTTTATTCTGTGCTTATTAACTTGAAGAATTGGGAGGGGACAATGTGGTTTAATTGTAACATAAAAATAACCTGCCAAGCCAAGAGATGCAACAAATGAAATAATCTTTTATGGATTTTTTTTTTTTAATTTATAGTGTAGAGCTTCCCTGGGAGAAATGGAACTATATAGGAGTTATATGACTTTAATAAATAAGTATGAAAACCAAATAAAGTCTTAATGGCAAACTGAAATATTGATATACTGCTAGTCCCTGAAGCAGCAATTTTCAGAGCACGCTCAGAGCTGGTATATTGCACTGTGAACTTAAGGGTATAAAGATGCTGTATTTTAATGACTTTGCCCTATCCTTTGGTCCTCTGAAGGACTTCATATCCAATCCTGCCAAAAATTTGGCCTTTGAAATTCTAAAATTGAGCATAATATATTGTCCCATAGTTTAATCTTATTCAAATAGAAGAAAGAATATCAGAAAGCATTTCCATCCTCATTAAATACCTAAATCTGACCATAGTCATCACTTTATCCAGTTTTCAGTGAATCACAAATAAATTAGGCATTTGCTGATGTTTAAAATGAGAGAGAACTGCAAACACTCAAAGGAAAAAAAGTTAGTATCAGACCATTAGTGCCATTCAGATATTTTGATATTCTGTGGATACATTCAAATTTTACTGTTTCCTTTCTACTGGATTTCCATTTAGAGTTTATAGTTAGGAAAGAATGTGACAAAATAAGATATAATGGGTAGGTTTTATCACTGCTTTTTAAACGTCCTTGCCAA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Seq C2 exon
ATTGTGGTTTGAATGTTCATAAGCAGTGTTCCAAGATGGTCCCAAATGACTGTAAGCCAGACTTGAAACATGTCAAGAAGGTGTACAGCTGTGACCTGACGACGCTCGTGAAAGCCCGCACCACCAAGCGGCCCATGGTGGTGGACATGTGCATCAGGGAGATCGAAGCTCGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000008028:ENSBTAT00000010556:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0231811=FYVE_2=FE(25.0=100),PF0013017=C1_1=FE(52.8=100)
A:
NA
C2:
PF0231811=FYVE_2=PD(39.3=74.6),PF0013017=C1_1=PD(37.7=33.9),PF0062022=RhoGAP=PU(9.1=23.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
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Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]