BtaINT0042222 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000030190 | COL6A3
Description
collagen, type VI, alpha 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2213]
Coordinates
chr3:117410969-117421129:-
Coord C1 exon
chr3:117421031-117421129
Coord A exon
chr3:117411134-117421030
Coord C2 exon
chr3:117410969-117411133
Length
9897 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGC
5' ss Score
9.6
3' ss Seq
TCCCCATCTTGTTCCTCAAGATA
3' ss Score
6.62
Exon sequences
Seq C1 exon
AGAAAATTCAGCCTCCACCTCCACAAACAGAGCGATCAGCCTCTAGTGCAACCATCAACCTAGTGGTGAGCGCAGACCGGTTGGCTGGGAGTAAAGCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
ATATATGTAAGTTGCCAAAGGACGGCGGAACTTGCAGAGAGTTTGTATTAAAGTGGTACTATGATTCCGTAACTGAAAACTGCGCCCGATTCTGGTATGGAGGCTGCGGTGGAAACGAAAACAGATTTAATTCGCAGGATGAATGTGAAAAGGTTTGCCCTCCTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000030190:ENSBTAT00000018479:43
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.500 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0001418=Kunitz_BPTI=WD(100=94.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
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